2vei

Structure-based enzyme engineering efforts with an inactive monomeric TIM variant: the importance of a single point mutation for generating an active site with suitable binding properties

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI

UniProt P04789

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–13 链 A; UniProt 15–72 链 A; UniProt 80–234 链 A; UniProt 238–250 链 B; UniProt 2–13 链 B; UniProt 15–72 链 B; UniProt 80–234 链 B; UniProt 238–250 链 C; UniProt 2–13 链 C; UniProt 15–72 链 C; UniProt 80–234 链 C; UniProt 238–250 片段:RESIDUES 2-13,15-72,80-234,238-250 SO4 SULFATE ION × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;0.1 M TRIS/HCL PH 8.5, 1.9 M MGSO4 分辨率 1.89 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、80 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TPIS_TRYBB
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–12; UniProt 2–13 作者链 A; PDB构建体 13–70; UniProt 15–72 作者链 A; PDB构建体 71–225; UniProt 80–234 作者链 A; PDB构建体 226–238; UniProt 238–250 作者链 B; PDB构建体 1–12; UniProt 2–13 作者链 B; PDB构建体 13–70; UniProt 15–72 作者链 B; PDB构建体 71–225; UniProt 80–234 作者链 B; PDB构建体 226–238; UniProt 238–250 作者链 C; PDB构建体 1–12; UniProt 2–13 作者链 C; PDB构建体 13–70; UniProt 15–72 作者链 C; PDB构建体 71–225; UniProt 80–234 作者链 C; PDB构建体 226–238; UniProt 238–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2vei

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2vei
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vei
沉积日期 deposition_date2007-10-24
结构标题 titleStructure-based enzyme engineering efforts with an inactive monomeric TIM variant: the importance of a single point mutation for generating an active site with suitable binding properties
关键词 keywords;ISOMERASE, TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, TIM BARREL, GLYCOLYSIS, ENGINEERING, PENTOSE SHUNT, BINDING POCKET, GLUCONEOGENESIS, LIPID SYNTHESIS, SUBSTRATE SPECIFICITY, FATTY ACID BIOSYNTHESIS, TIM, ENZYME, MONOMERIC, GLYCOSOME ;; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.25
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.94
零角强度 I(0) i0102493000.00
分子量 molecular_weight78518.0 kDa
排除体积 excluded_volume98015 ų
包络体积 envelope_volume118670 ų
水化壳体积 shell_volume36004 ų
包络直径 envelope_diameter85.6
壳层 Rg shell_rg35.08
包络 Rg envelope_rg26.84
形状 Rg shape_rg26.90
总 Rg total_rg27.90
总原子数 total_atoms5513
残基数 n_residues714
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.8
Rg (实空间) rg_real28.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44
I(0) (实空间) i0_real1.0250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.13
I(0) (倒空间) i0_reciprocal102500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9130
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.3
偏度 Skewness skewness0.138
峰度 Kurtosis kurtosis-0.649
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26940000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.969; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.962

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2veia_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family familyc.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
结构域编号 domain_idd2veib_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family familyc.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
结构域编号 domain_idd2veic_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family familyc.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2veiA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id2veiB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id2veiC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)