2vn5

The Clostridium cellulolyticum dockerin displays a dual binding mode for its cohesin partner

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SCAFFOLDING PROTEIN

CLOSTRIDIUM CELLULOLYTICUM

UniProt Q45996

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 ENDOGLUCANASE A × 1 (P17901) CALCIUM ION × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 ENDOGLUCANASE A × 1 (P17901) CALCIUM ION × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q45996_CLOCE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–151; UniProt 277–427 作者链 C; PDB构建体 1–151; UniProt 277–427

ENDOGLUCANASE A

CLOSTRIDIUM CELLULOLYTICUM

UniProt P17901

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 SCAFFOLDING PROTEIN × 1 (Q45996) CALCIUM ION × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 SCAFFOLDING PROTEIN × 1 (Q45996) CALCIUM ION × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GUNA_CLOCE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–66; UniProt 410–475 作者链 D; PDB构建体 1–66; UniProt 410–475

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vn5
沉积日期 deposition_date2008-01-31
结构标题 titleThe Clostridium cellulolyticum dockerin displays a dual binding mode for its cohesin partner
关键词 keywords;CARBOHYDRATE METABOLISM, POLYSACCHARIDE DEGRADATION, COHESIN, DOCKERIN, HYDROLASE, CELLULOSOME, GLYCOSIDASE, CELLULOSE DEGRADATION, CELL ADHESION ;; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vn5__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vn5__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vn5__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)18.88 Å
Rg(电子密度)17.96 Å
总 Rg18.97 Å
原子数1494
残基数203
排除体积26929 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2vn5__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2vn5__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2vn5a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.2 — Carbohydrate-binding domain
家族 Family familyb.2.2.2 — Cellulose-binding domain family III
结构域编号 domain_idd2vn5b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.139 — Type I dockerin domain
超家族 Superfamily superfamilya.139.1 — Type I dockerin domain
家族 Family familya.139.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2vn5c_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.2 — Carbohydrate-binding domain
家族 Family familyb.2.2.2 — Cellulose-binding domain family III
结构域编号 domain_idd2vn5d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.139 — Type I dockerin domain
超家族 Superfamily superfamilya.139.1 — Type I dockerin domain
家族 Family familya.139.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2vn5A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily680
结构域编号 domain_id2vn5B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1330 — Type 1 dockerin domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dockerin domain
结构域编号 domain_id2vn5C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily680
结构域编号 domain_id2vn5D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1330 — Type 1 dockerin domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dockerin domain

7. 引用文献 (1)