2vnt

Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 122.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR

HOMO SAPIENS

UniProt P00749

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 156–431 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431 QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.295
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 156–431 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431 QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.295
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 156–431 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431 QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.295
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 156–431 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431 QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.295
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 156–431 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431 QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.295
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 156–431 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431 QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 147 个其他 PDB 条目、160 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UROK_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–273; UniProt 156–431 作者链 B; PDB构建体 1–276; UniProt 156–431 作者链 C; PDB构建体 1–276; UniProt 156–431 作者链 D; PDB构建体 1–276; UniProt 156–431 作者链 E; PDB构建体 1–276; UniProt 156–431 作者链 F; PDB构建体 1–276; UniProt 156–431

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2vnt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2vnt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vnt
沉积日期 deposition_date2008-02-07
结构标题 titleUrokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE
关键词 keywordsUPA, INHIBITOR COMPLEX, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.90
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.53
零角强度 I(0) i0505169000.00
分子量 molecular_weight177630.0 kDa
排除体积 excluded_volume219620 ų
包络体积 envelope_volume282360 ų
水化壳体积 shell_volume59737 ų
包络直径 envelope_diameter126.4
壳层 Rg shell_rg45.33
包络 Rg envelope_rg38.33
形状 Rg shape_rg38.50
总 Rg total_rg38.98
总原子数 total_atoms12421
残基数 n_residues1551
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.5
Rg (实空间) rg_real38.80
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.07
I(0) (实空间) i0_real5.0520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.4980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.87
I(0) (倒空间) i0_reciprocal505200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9056
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary44.8
偏度 Skewness skewness0.211
峰度 Kurtosis kurtosis-0.659
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha122000000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.924

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id2vntA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2vntA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2vntB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2vntB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2vntC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2vntC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2vntD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2vntD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2vntE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2vntE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2vntF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2vntF02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)