2vr3

Structural and Biochemical Characterization of Fibrinogen binding to ClfA from Staphylocccus aureus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLUMPING FACTOR A

STAPHYLOCOCCUS AUREUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 229–545	片段：N2N3, RESIDUES 229-545 突变：YES	FIBRINOGEN GAMMA-CHAIN × 1 （P02679）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；16-20% PEG 8000, 100MM SUCCINIC ACID PH 6.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.279
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 229–545	片段：N2N3, RESIDUES 229-545 突变：YES	FIBRINOGEN GAMMA-CHAIN × 1 （P02679）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；16-20% PEG 8000, 100MM SUCCINIC ACID PH 6.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLFA_STAA8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–329； UniProt 229–545 作者链 B； PDB构建体 13–329； UniProt 229–545

FIBRINOGEN GAMMA-CHAIN

物种未注明

UniProt P02679

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 425–437	片段：C-TERMINAL GAMMA-CHAIN PEPTIDE ANALOG, RESIDUES 425-437 突变：YES	CLUMPING FACTOR A × 1 （Q2G015）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；16-20% PEG 8000, 100MM SUCCINIC ACID PH 6.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.279
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 425–437	片段：C-TERMINAL GAMMA-CHAIN PEPTIDE ANALOG, RESIDUES 425-437 突变：YES	CLUMPING FACTOR A × 1 （Q2G015）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；16-20% PEG 8000, 100MM SUCCINIC ACID PH 6.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2VR3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DUG STRUCTURE OF THE FIBRINOGEN G CHAIN INTEGRIN BINDING AND FACTOR XIIIA CROSSLINKING SITES OBTAINED THROUGH CARRIER PROTEIN DRIVEN CRYSTALLIZATION 提交 2000-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 424–437（14 aa）链 B 424–437（14 aa）	未记录	GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；PEG 3350, sodium acetate, sodium chloride, ammonium sulfate, Tris, reduced glutathione, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
1FIB RECOMBINANT HUMAN GAMMA-FIBRINOGEN CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT (RESIDUES 143-411) BOUND TO CALCIUM AT PH 6.0 提交 1996-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 169–437（269 aa）片段：CARBOXYL TERMINUS, RESIDUES 143 - 411	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
1FIC STRUCTURE OF HUMAN GAMMA FIBRINOGEN 30 KD CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT 提交 1996-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 169–437（269 aa）片段：30 KD CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT 链 B 169–437（269 aa）片段：30 KD CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.244
1FID STRUCTURE OF HUMAN GAMMA FIBRINOGEN 30 KD CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT 提交 1996-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 169–437（269 aa）片段：30 KD CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
1FZA CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN FRAGMENT D 提交 1997-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 111–432（322 aa）片段：FRAGMENT D 链 F 111–432（322 aa）片段：FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SYMMETRY OPERATIONS FOR NON-STANDARD SETTING: X, Y, Z -X, Y+1/2, -Z	分辨率 2.90 Å R-free 0.363
1FZB CRYSTAL STRUCTURE OF CROSSLINKED FRAGMENT D 提交 1997-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 111–432（322 aa）片段：DOUBLE FRAGMENT D 链 F 111–432（322 aa）片段：DOUBLE FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13-14% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 7.0, 10 MM CALCIUM CHLORIDE 1MM SODIUM AZIDE 5MM GLY-PRO-ARG-PRO-AMIDE	分辨率 2.90 Å R-free 0.318
1FZC CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN WITH TWO DIFFERENT BOUND LIGANDS 提交 1998-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 111–432（322 aa）片段：DOUBLE-D 链 F 111–432（322 aa）片段：DOUBLE-D	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；12% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 7.0, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 1MM SODIUM AZIDE, 5MM GLY-PRO-ARG-PRO-AMIDE, 5MM GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE	分辨率 2.30 Å R-free 0.290
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 115–432（318 aa）片段：FRAGMENT D 链 F 115–432（318 aa）片段：FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 115–432（318 aa）片段：FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 115–432（318 aa）片段：FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZF CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN WITH THE PEPTIDE LIGAND GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE 提交 1998-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 114–432（319 aa）片段：FRAGMENT DOUBLE-D 链 F 114–432（319 aa）片段：FRAGMENT DOUBLE-D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8	分辨率 2.70 Å R-free 0.302
1FZG CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT D FROM HUMAN FIBRINOGEN WITH THE PEPTIDE LIGAND GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE 提交 1999-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 115–432（318 aa）片段：FRAGMENT DOUBLE-D 链 F 115–432（318 aa）片段：FRAGMENT DOUBLE-D	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8	分辨率 2.50 Å R-free 0.302
1LT9 Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D 提交 2002-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 122–432（311 aa）片段：Fragment D (residues 96-406)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
1LT9 Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D 提交 2002-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 122–432（311 aa）片段：Fragment D (residues 96-406)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
1LTJ Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligands Gly-Pro-Arg-Pro-Amide and Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2002-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 122–432（311 aa）片段：Fragment D (residues 96-406)	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；7% PEG 3350, 12.5mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, 2mM GHRP-amide, 2mM GPRP-amide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1LTJ Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligands Gly-Pro-Arg-Pro-Amide and Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2002-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 122–432（311 aa）片段：Fragment D (residues 96-406)	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；7% PEG 3350, 12.5mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, 2mM GHRP-amide, 2mM GPRP-amide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1N8E Fragment Double-D from Human Fibrin 提交 2002-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 114–437（324 aa）片段：double-D gamma chain 链 F 114–437（324 aa）片段：double-D gamma chain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG-3350, 50 mM Tris, 7.5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 4.50 Å R-free 0.416
1RE3 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2003-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 122–432（311 aa）片段：Fragment D of fibrinogen gamma chain	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.263
1RE3 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2003-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 122–432（311 aa）片段：Fragment D of fibrinogen gamma chain	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.263
1RE4 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen 提交 2003-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 122–432（311 aa）片段：Fragment D of fibrinogen gamma chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.271
1RE4 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen 提交 2003-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 122–432（311 aa）片段：Fragment D of fibrinogen gamma chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.271
1RF0 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 122–432（311 aa）片段：Fibrinogen gamma chain	突变：E132A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.286
1RF0 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 122–432（311 aa）片段：Fibrinogen gamma chain	突变：E132A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.286
1RF1 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 122–432（311 aa）片段：Fibrinogen gamma chain	突变：E132A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9-10% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.53 Å R-free 0.281
1RF1 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 122–432（311 aa）片段：Fibrinogen gamma chain	突变：E132A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9-10% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.53 Å R-free 0.281
2A45 Crystal structure of the complex between thrombin and the central "E" region of fibrin 提交 2005-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 I 27–71（45 aa）链 L 27–71（45 aa）	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.9；298 K；PEG 3500, AMMONIUM PHOSPHATE, TRIS, pH 7.90, MICRODIALYSIS, temperature 298K	分辨率 3.65 Å R-free 0.290
2FFD Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE 提交 2005-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 122–432（311 aa）片段：residues 122-432	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.89 Å R-free 0.268
2FFD Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE 提交 2005-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 122–432（311 aa）片段：residues 122-432	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.89 Å R-free 0.268
2FIB RECOMBINANT HUMAN GAMMA-FIBRINOGEN CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT (RESIDUES 143-411) COMPLEXED TO THE PEPTIDE GLY-PRO-ARG-PRO AT PH 6.0 提交 1997-06-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 169–437（269 aa）片段：GAMMA CHAIN, CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT RESIDUES 143 - 411	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12% PEG8000, 70MM CACL2, 0.1 M MES, PH 6.0, 0.02%NAN3, ROOM TEMPERATURE, SITTING DROPS. THE CRYSTAL WAS SOAKED OVERNIGHT IN THE ORIGINAL SOLUTION PLUS 0.01M GLY-PRO-ARG-PRO (SIGMA), THEN BACK-SOAKED FOR 10 MINUTES., vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.01 Å R-free 0.282
2H43 Crystal Structure of Human Fragment D Complexed with Ala-His-Arg-Pro-amide 提交 2006-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 115–433（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；fragment D, 5 mg/mil, 4mM AHRPam, 50mM Tris, pH 7.5, 7.5% PEG, 7.5mM CaCl2, 1mM sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.307
2H43 Crystal Structure of Human Fragment D Complexed with Ala-His-Arg-Pro-amide 提交 2006-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 115–433（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；fragment D, 5 mg/mil, 4mM AHRPam, 50mM Tris, pH 7.5, 7.5% PEG, 7.5mM CaCl2, 1mM sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.307
2HLO Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 114–437（324 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；10mg/ml fibrinogen, 2mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 7.5mM CaCl2, 10% PEG, 50mM Tris, 2mM sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
2HLO Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 114–437（324 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；10mg/ml fibrinogen, 2mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 7.5mM CaCl2, 10% PEG, 50mM Tris, 2mM sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
2HWL Crystal structure of thrombin in complex with fibrinogen gamma' peptide 提交 2006-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 439–452（14 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25% PEG 4000, 100 mM HEPES sodium salt buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.249
2OYH Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 122–432（311 aa）片段：Residues 122-432	突变：D298A, D301A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GHRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2OYH Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 122–432（311 aa）片段：Residues 122-432	突变：D298A, D301A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GHRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2OYI Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 122–432（311 aa）片段：Residues 96-406	突变：D298A, D301A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GPRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.256
2OYI Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 122–432（311 aa）片段：Residues 96-406	突变：D298A, D301A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GPRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.256
2XNX BC1 fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 C 114–432（319 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 114-432 链 F 114–432（319 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 114-432 链 I 114–432（319 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 114-432 链 L 114–432（319 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 114-432	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 16% PEG 3350, 0.2 M SODIUM TARTRATE WITH SEEDS GROWN IN 0.6 M K2/NA2 PO4, 0.12 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES, PH 7.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.325
2XNY A fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 114–432（319 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 114-432	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.3 M AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M MES, PH 6.25.	分辨率 7.50 Å R-free 0.408
2XNY A fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 114–432（319 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 114-432	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.3 M AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M MES, PH 6.25.	分辨率 7.50 Å R-free 0.408
3BVH Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2008-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 128–420（293 aa）片段：residues 128-420	突变：D390A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
3BVH Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2008-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 128–420（293 aa）片段：residues 128-420	突变：D390A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
3E1I Crystal Structure of BbetaD432A Variant Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2008-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 114–432（319 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；50 mM Tris, 12.5 mM calcium chloride, 12% PEG 3350, 2 mM sodium azide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
3E1I Crystal Structure of BbetaD432A Variant Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2008-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 114–432（319 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；50 mM Tris, 12.5 mM calcium chloride, 12% PEG 3350, 2 mM sodium azide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
3FIB RECOMBINANT HUMAN GAMMA-FIBRINOGEN CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT (RESIDUES 143-411) BOUND TO CALCIUM AT PH 6.0: A FURTHER REFINEMENT OF PDB ENTRY 1FIB, AND DIFFERS FROM 1FIB BY THE MODELLING OF A CIS PEPTIDE BOND BETWEEN RESIDUES K338 AND C339 提交 1997-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 170–418（249 aa）片段：RESIDUES 143 - 411	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；18% PEG 8000, 0.1 M MES PH 6.0, 70MM CACL2, SITTING DROP VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.10 Å R-free 0.206
3GHG Crystal Structure of Human Fibrinogen 提交 2009-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 27–437（411 aa）片段：mature chain 链 F 27–437（411 aa）片段：mature chain	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.309
3GHG Crystal Structure of Human Fibrinogen 提交 2009-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 I 27–437（411 aa）片段：mature chain 链 L 27–437（411 aa）片段：mature chain	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.309
3H32 Crystal structure of D-dimer from human fibrin complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2009-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 121–437（317 aa）片段：UNP residues 27-437 链 F 121–437（317 aa）片段：UNP residues 27-437	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；Equal volumes of (a) 5 mg/mL D-dimer, 0.5 mM GHRPYam, 0.3 mM GPRPam, 0.05 M Tris-HCl pH 8.0 and (b) 1% PEG 3350, 1 mM Iodoacetamide, 1 mM CaCl2, 2mM Sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.60 Å R-free 0.320
3HUS Crystal structure of recombinant gamma N308K fibrinogen fragment D with the peptide ligand Gly-Pro-Arg-Pro-amide 提交 2009-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 122–432（311 aa）片段：Fragment D: UNP residues 122-432	突变：N308K	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM Sodium azide, 12.5 mM Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.04 Å R-free 0.288
3HUS Crystal structure of recombinant gamma N308K fibrinogen fragment D with the peptide ligand Gly-Pro-Arg-Pro-amide 提交 2009-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 122–432（311 aa）片段：Fragment D: UNP residues 122-432	突变：N308K	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM Sodium azide, 12.5 mM Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.04 Å R-free 0.288
4B60 Structure of rFnBPA(189-505) in complex with fibrinogen gamma chain C- terminal peptide 提交 2012-08-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 421–437（17 aa）片段：C-TERMINUS, RESIDUES 421-433	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 PEG 2K MME 25%, 0.2 M CA AC, ISOPROPANOL 10%	分辨率 1.83 Å R-free 0.246
4B60 Structure of rFnBPA(189-505) in complex with fibrinogen gamma chain C- terminal peptide 提交 2012-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 421–437（17 aa）片段：C-TERMINUS, RESIDUES 421-433	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 PEG 2K MME 25%, 0.2 M CA AC, ISOPROPANOL 10%	分辨率 1.83 Å R-free 0.246
9KHB Crystal structure of wild-type human fibrinogen gamma chain C-terminal domain (gamma-nodule) 提交 2024-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 169–437（269 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Reservoir solution (22% PEG 8000, 150 mM 2-Morpholinoethanesulfonic acid, pH 6.0, 70 mM calcium choride) Protein solution (20 mM 2-[4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinyl]ethanesulfonic acid, pH7.4, 120 mM sodium choride, 70 mM calcium choride)	分辨率 1.03 Å R-free 0.139
9KHC Crystal structure of wild-type human fibrinogen gamma chain C-terminal domain (gamma-nodule) complexed with GPRP peptide 提交 2024-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 169–437（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；The reservoir solution contains 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG8000, and 70 mM CaCl2. After clystals were grown, the reservoir solution containing 20 mM GPRP was added to the drop.	分辨率 1.32 Å R-free 0.203
9KHC Crystal structure of wild-type human fibrinogen gamma chain C-terminal domain (gamma-nodule) complexed with GPRP peptide 提交 2024-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 169–437（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；The reservoir solution contains 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG8000, and 70 mM CaCl2. After clystals were grown, the reservoir solution containing 20 mM GPRP was added to the drop.	分辨率 1.32 Å R-free 0.203

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–13； UniProt 425–437 作者链 D； PDB构建体 1–13； UniProt 425–437

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vr3
沉积日期 deposition_date	2008-03-25
结构标题 title	Structural and Biochemical Characterization of Fibrinogen binding to ClfA from Staphylocccus aureus
关键词 keywords	;PLATELET AGGREGATION, PEPTIDOGLYCAN-ANCHOR, CELL ADHESION, STAPHYLOCOCCUS AUREUS, FIBRINOGEN GAMMA-CHAIN, SECRETED, CELL WALL, VIRULENCE, CLUMPING FACTOR ;; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.10 Å
零角强度 I(0) i0	73467200.00
分子量 molecular_weight	66536.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82761 Å³
包络体积 envelope_volume	104360 Å³
水化壳体积 shell_volume	30614 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.39 Å
包络 Rg envelope_rg	28.96 Å
形状 Rg shape_rg	29.12 Å
总 Rg total_rg	29.63 Å
总原子数 total_atoms	4699
残基数 n_residues	644
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73470000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8120
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.356
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.347
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CLUMPING FACTOR A
分子量 formula_weight	35801.5 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5226

MRGSHHHHHHGSGTDITNQLTNVTVGIDSGTTVYPHQAGYVKLNYGFSVPNSAVKGDTFKITVPKELNLNGVTSTAKVPPIMAGDQVLANGVIDSDGNVIYTFTDYVNTKCDVKATLTMPAYIDPENVKKTGNVTLATGIGSTTANKTVLVDYEKYGKFYNLSIKGTIDQIDKTNNTYRQTIYVNPSGDNVIAPVLTGNLKPNTDSNALIDQQNTSIKVYKVDNAADLSESYFVNPENFEDVTNSVNITFPNPNQYKVEFNTPDDQITTPYIVVVNGHIDPNSKGDLALRSTLYGYNSNIIWRSMSWDNEVAFNNGSGSGDGIDCPVVP

来源 Source

来源生物 organism	STAPHYLOCOCCUS AUREUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FIBRINOGEN GAMMA-CHAIN
分子量 formula_weight	1276.4 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

QHHLGGAKQAGAV

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	527

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2vr3A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1280 —

结构域编号 domain_id	2vr3A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1290 —

结构域编号 domain_id	2vr3B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1280 —

结构域编号 domain_id	2vr3B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1290 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.427 Å
晶胞边长 b length_b	61.836 Å
晶胞边长 c length_c	81.777 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	85.44 °
晶胞夹角 β angle_beta	81.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	82.45 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2126
R_work r_work	0.2112
R_free r_free	0.2793

fit	/app/data/saxs_computation/vr/2vr3/2vr3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vr/2vr3/2vr3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vr/2vr3/2vr3.dat

Structural and Biochemical Characterization of Fibrinogen binding to ClfA from Staphylocccus aureus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLUMPING FACTOR A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FIBRINOGEN GAMMA-CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)