2vtb

Structure of cryptochrome 3 - DNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRYPTOCHROME DASH

ARABIDOPSIS THALIANA

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	5'-D(DTDTDTDT*DTP)-3' × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 5,10-METHENYL-6,7,8-TRIHYDROFOLIC ACID × 2 CHLORIDE ION × 3 ACETATE ION × 1 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	5'-D(DTDTDTDT*DTP)-3' × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 5,10-METHENYL-6,7,8-TRIHYDROFOLIC ACID × 2 CHLORIDE ION × 3 water × 4	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	5'-D(DTDTDTDT*DTP)-3' × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 5,10-METHENYL-6,7,8-TRIHYDROFOLIC ACID × 2 CHLORIDE ION × 2 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRYD_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–526； UniProt 44–569 作者链 C； PDB构建体 1–526； UniProt 44–569 作者链 D； PDB构建体 1–526； UniProt 44–569 作者链 E； PDB构建体 1–526； UniProt 44–569 作者链 F； PDB构建体 1–526； UniProt 44–569 作者链 B； PDB构建体 1–439； UniProt 44–482 作者链 B； PDB构建体 440–445； UniProt 484–489 作者链 B； PDB构建体 446–525； UniProt 490–569

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vtb
沉积日期 deposition_date	2008-05-13
结构标题 title	Structure of cryptochrome 3 - DNA complex
关键词 keywords	;LYASE-DNA COMPLEX, LYASE DNA COMPLEX, FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE, DNA, DNA-BINDING, CRYPTOCHROME, FLAVOPROTEIN, MITOCHONDRION, FAD, PHOTOLYASE, CHROMOPHORE, CHLOROPLAST, TRANSIT PEPTIDE, SINGLE-STRANDED DNA, CYCLOBUTANE-PYRIMIDINE DIMER ;; LYASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vtb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vtb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vtb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.52 Å
Rg（电子密度）	32.03 Å
总 Rg	32.72 Å
原子数	8424
残基数	999
排除体积	148990 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vtb__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vtb__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2vtb__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRYPTOCHROME DASH
分子量 formula_weight	60463.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.99.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,E,F
原子数 atom_count	26329

MNDHIHRVPALTEEEIDSVAIKTFERYALPSSSSVKRKGKGVTILWFRNDLRVLDNDALYKAWSSSDTILPVYCLDPRLFHTTHFFNFPKTGALRGGFLMECLVDLRKNLMKRGLNLLIRSGKPEEILPSLAKDFGARTVFAHKETCSEEVDVERLVNQGLKRVGNSTKLELIWGSTMYHKDDLPFDVFDLPDVYTQFRKSVEAKCSIRSSTRIPLSLGPTPSVDDWGDVPTLEKLGVEPQEVTRGMRFVGGESAGVGRVFEYFWKKDLLKVYKETRNGMLGPDYSTKFSPWLAFGCISPRFIYEEVQRYEKERVANNSTYWVLFELIWRDYFRFLSIKCGNSLFHLGGPRNVQGKWSQDQKLFESWRDAKTGYPLIDANMKELSTTGFMSNRGRQIVCSFLVRDMGLDWRMGAEWFETCLLDYDPCSNYGNWTYGAGVGNDPREDRYFSIPKQAQNYDPEGEYVAFWLQQLRRLPKEKRHWPGRLMYMDTVVPLKHGNGPMAGGSKSGGGFRGSHSGRRSRHNGP

来源 Source

来源生物 organism	ARABIDOPSIS THALIANA
通用名 common_name	MOUSE-EAR CRESS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CRYPTOCHROME DASH
分子量 formula_weight	60392.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.99.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MNDHIHRVPALTEEEIDSVAIKTFERYALPSSSSVKRKGKGVTILWFRNDLRVLDNDALYKAWSSSDTILPVYCLDPRLFHTTHFFNFPKTGALRGGFLMECLVDLRKNLMKRGLNLLIRSGKPEEILPSLAKDFGARTVFAHKETCSEEVDVERLVNQGLKRVGNSTKLELIWGSTMYHKDDLPFDVFDLPDVYTQFRKSVEAKCSIRSSTRIPLSLGPTPSVDDWGDVPTLEKLGVEPQEVTRGMRFVGGESAGVGRVFEYFWKKDLLKVYKETRNGMLGPDYSTKFSPWLAFGCISPRFIYEEVQRYEKERVANNSTYWVLFELIWRDYFRFLSIKCGNSLFHLGGPRNVNGKWSQDQKLFESWRDAKTGYPLIDANMKELSTTGFMSNRGRQIVCSFLVRDMGLDWRMGAEWFETCLLDYDPCSNYGNWTYGAGVNDPREDRYFSIPKQAQNYDPEGEYVAFWLQQLRRLPKEKRHWPGRLMYMDTVVPLKHGNGPMAGGSKSGGGFRGSHSGRRSRHNGP

来源 Source

来源生物 organism	ARABIDOPSIS THALIANA
通用名 common_name	MOUSE-EAR CRESS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(DTDTDTDT*DTP)-3'
分子量 formula_weight	1410.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

TTTTT

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	5,10-METHENYL-6,7,8-TRIHYDROFOLIC ACID
分子量 formula_weight	457.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1305

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	2vtbA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	2vtbA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	2vtbA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	579 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	2vtbB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	2vtbB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	2vtbB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	579 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	2vtbC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	2vtbC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	2vtbC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	579 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	2vtbD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	2vtbD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	2vtbD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	579 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	2vtbE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	2vtbE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	2vtbE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	579 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	2vtbF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	2vtbF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	2vtbF03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	579 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3

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晶胞边长 a length_a	120.734 Å
晶胞边长 b length_b	136.082 Å
晶胞边长 c length_c	211.484 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	15.030 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2220

Structure of cryptochrome 3 - DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRYPTOCHROME DASH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vtb__assembly_1__model_1

2vtb__assembly_1__model_1 | I(q)

2vtb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (2)

Structure of cryptochrome 3 - DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRYPTOCHROME DASH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vtb__assembly_1__model_1

2vtb__assembly_1__model_1 | I(q)

2vtb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (2)