2vxt

Crystal structure of human IL-18 complexed to murine reference antibody 125-2H Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.7 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INTERLEUKIN-18

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 37–193	突变：YES	MURINE IGG 125-2H × 1 MURINE IGG 125-2H × 1 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；IL-18 AND 125-2H FAB WERE MIXED (1:3 MASS RATIO), INCUBATED OVERNIGHT AT 277 K, PURIFIED BY MONOQ ANION EXCHANGE CHROMATOGRAPHY, AND CONCENTRATED TO 10 MG/ML. THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION BY MIXING COMPLEX (1.5 MICROLITERS [UL]) WITH 1.8 UL OF RESERVOIR SOLUTION (30% PEG 4000, 100 MM TRIS, PH 8.5, 0.2 M MGCL2) AND 0.3 UL OF 300 MM SULFO-BETAINE 201, AND SUSPENDING THE DROP OVER THE RESERVOIR AT 291 K. ROD-LIKE CRYSTALS APPEARED WITHIN ONE WEEK.	分辨率 1.49 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2VXT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1J0S Solution structure of the human interleukin-18 提交 2002-11-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–193（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM KCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM interleukin-18 U-15N,13C; 50mM phosphate buffer K \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3F62 Crystal Structure of Human IL-18 in complex with Ectromelia virus IL-18 Binding Protein 提交 2008-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 37–193（157 aa）片段：UNP residues 37-193	突变：C38S, C68S, C76S, C127S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；30% Peg 3350, 0.5M KCl, 0.1M Sodium Citrate, pH 4.5, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
3WO2 Crystal structure of human interleukin-18 提交 2013-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–193（157 aa）	未记录	CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 3 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；100mM Bis-Tris-HCl, 2.5M ammonium sulfate, 0.2%(w/v) CHAPS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.33 Å R-free 0.271
3WO2 Crystal structure of human interleukin-18 提交 2013-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 37–193（157 aa）	未记录	CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；100mM Bis-Tris-HCl, 2.5M ammonium sulfate, 0.2%(w/v) CHAPS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.33 Å R-free 0.271
3WO2 Crystal structure of human interleukin-18 提交 2013-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 37–193（157 aa）	未记录	CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；100mM Bis-Tris-HCl, 2.5M ammonium sulfate, 0.2%(w/v) CHAPS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.33 Å R-free 0.271
3WO2 Crystal structure of human interleukin-18 提交 2013-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 37–193（157 aa）	未记录	CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；100mM Bis-Tris-HCl, 2.5M ammonium sulfate, 0.2%(w/v) CHAPS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.33 Å R-free 0.271
3WO3 Crystal structure of IL-18 in complex with IL-18 receptor alpha 提交 2013-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 37–193（157 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；50mM N-Cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid, 35% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 350mM ammonium sulfate, 50mM LysoFos Choline 10, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.222
3WO3 Crystal structure of IL-18 in complex with IL-18 receptor alpha 提交 2013-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 37–193（157 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 12 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；50mM N-Cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid, 35% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 350mM ammonium sulfate, 50mM LysoFos Choline 10, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.222
3WO3 Crystal structure of IL-18 in complex with IL-18 receptor alpha 提交 2013-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 37–193（157 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；50mM N-Cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid, 35% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 350mM ammonium sulfate, 50mM LysoFos Choline 10, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.222
3WO3 Crystal structure of IL-18 in complex with IL-18 receptor alpha 提交 2013-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 37–193（157 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；50mM N-Cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid, 35% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 350mM ammonium sulfate, 50mM LysoFos Choline 10, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.222
3WO3 Crystal structure of IL-18 in complex with IL-18 receptor alpha 提交 2013-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 37–193（157 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；50mM N-Cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid, 35% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 350mM ammonium sulfate, 50mM LysoFos Choline 10, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.222
3WO3 Crystal structure of IL-18 in complex with IL-18 receptor alpha 提交 2013-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 37–193（157 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；50mM N-Cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid, 35% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 350mM ammonium sulfate, 50mM LysoFos Choline 10, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.222
3WO4 Crystal structure of the IL-18 signaling ternary complex 提交 2013-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 37–193（157 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；100mM Tris-HCl, 18% polyethylene glycol 4000, 200mM magnesium chloride, 40mM hexaamminecobalt (III) chloride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.232
4EEE Crystal Structure of YLDV 14L IL-18 Binding Protein in Complex with Human IL-18 提交 2012-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 37–193（157 aa）链 D 37–193（157 aa）	突变：C38S, K67A, C68S, E69A, K70A, I71A, C76S, C127S 突变：C38S, K67A, C68S, E69A, K70A, I71A, C76S, C127S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；18% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS PROPANE/CITRIC ACID PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.71 Å R-free 0.270
4EKX Crystal Structure of YLDV 14L IL-18 Binding Protein in Complex with Human IL-18 提交 2012-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 37–193（157 aa）链 D 37–193（157 aa）	突变：C38S, K67A, C68S, E69A, K70A, I71A, C76S, C127S 突变：C38S, K67A, C68S, E69A, K70A, I71A, C76S, C127S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；12% PEG 3350, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.231
4EKX Crystal Structure of YLDV 14L IL-18 Binding Protein in Complex with Human IL-18 提交 2012-04-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 37–193（157 aa）	突变：C38S, K67A, C68S, E69A, K70A, I71A, C76S, C127S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；12% PEG 3350, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.231
4EKX Crystal Structure of YLDV 14L IL-18 Binding Protein in Complex with Human IL-18 提交 2012-04-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 37–193（157 aa）	突变：C38S, K67A, C68S, E69A, K70A, I71A, C76S, C127S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；12% PEG 3350, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.231
4HJJ Structure Reveals Function of the Dual Variable Domain Immunoglobulin (DVD-Ig) Molecule 提交 2012-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 37–192（156 aa）片段：UNP resiudes 37-192	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate., pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.220
4R6U IL-18 receptor complex 提交 2014-08-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 37–193（157 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；20% PEG3350, 0.03 M citric acid, 0.07 M Bis-Tris propane, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
4R6U IL-18 receptor complex 提交 2014-08-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 37–193（157 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；20% PEG3350, 0.03 M citric acid, 0.07 M Bis-Tris propane, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
4XFS Structure of IL-18 SER Mutant I 提交 2014-12-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–193（157 aa）	突变：K139A, K140A, E141A, E143A, L144A	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；47% PEG 2K MME, 0.1M HEPES, 5% DMSO	分辨率 1.91 Å R-free 0.229
4XFS Structure of IL-18 SER Mutant I 提交 2014-12-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 37–193（157 aa）	突变：K139A, K140A, E141A, E143A, L144A	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；47% PEG 2K MME, 0.1M HEPES, 5% DMSO	分辨率 1.91 Å R-free 0.229
4XFS Structure of IL-18 SER Mutant I 提交 2014-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 37–193（157 aa）链 B 37–193（157 aa）	突变：K139A, K140A, E141A, E143A, L144A 突变：K139A, K140A, E141A, E143A, L144A	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；47% PEG 2K MME, 0.1M HEPES, 5% DMSO	分辨率 1.91 Å R-free 0.229
4XFT Structure of IL-18 SER Mutant III 提交 2014-12-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–193（157 aa）	突变：K67A, E69A, K70A, I71A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；35% PEG 3350, 0.1M MES, 5% DMSO	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
4XFT Structure of IL-18 SER Mutant III 提交 2014-12-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 37–193（157 aa）	突变：K67A, E69A, K70A, I71A	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；35% PEG 3350, 0.1M MES, 5% DMSO	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
4XFT Structure of IL-18 SER Mutant III 提交 2014-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 37–193（157 aa）链 B 37–193（157 aa）	突变：K67A, E69A, K70A, I71A 突变：K67A, E69A, K70A, I71A	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；35% PEG 3350, 0.1M MES, 5% DMSO	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
4XFU Structure of IL-18 SER Mutant V 提交 2014-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–189（157 aa）	突变：P57R, K67A, E69A, K70A, I71A, S105R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；35% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.1M Sodium Acetate	分辨率 2.85 Å R-free 0.287
4XFU Structure of IL-18 SER Mutant V 提交 2014-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 33–189（157 aa）	突变：P57R, K67A, E69A, K70A, I71A, S105R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；35% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.1M Sodium Acetate	分辨率 2.85 Å R-free 0.287
4XFU Structure of IL-18 SER Mutant V 提交 2014-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 33–189（157 aa）链 B 33–189（157 aa）	突变：P57R, K67A, E69A, K70A, I71A, S105R 突变：P57R, K67A, E69A, K70A, I71A, S105R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；35% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.1M Sodium Acetate	分辨率 2.85 Å R-free 0.287
7AL7 The Crystal Structure of Human IL-18 in Complex With Human IL-18 Binding Protein 提交 2020-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–193（158 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.2 M Calcium acetate hydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 18% w/v Polyethylene glycol 8000	分辨率 1.80 Å R-free 0.232
8J6K Crystal structure of pro-interleukin-18 and caspase-4 complex 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–193（193 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Calcium acetate, 0.1M Tris-HCl pH 9.0, 13% PEG 8000, 0.01 M L-Glutathione reduced, 0.01 M L-Glutathione oxidized	分辨率 3.12 Å R-free 0.269
8SPB Caspase-4/Pro-IL-18 complex 提交 2023-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 6–193（188 aa）链 c 6–193（188 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8SV1 Caspase-1 complex with interleukin-18 提交 2023-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 6–193（188 aa）链 c 6–193（188 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8URV Solution NMR structure of pro-IL-18 提交 2023-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–193（193 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298.1 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR测量条件 pH 6.1；298.1 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] pro-interleukin-18, 20 mM MES, 50 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 97% H2O/3% D2O \| 97% H2O/3% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] pro-interleukin-18, 20 mM MES, 50 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.5 mM [5% U-13C; U-15N] pro-interleukin-18, 20 mM MES, 50 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 97% H2O/3% D2O \| 97% H2O/3% D2O	分辨率未提供
9OD7 Structure of disulfide-stabilized IL-18 variant 提交 2025-04-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–193（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；273.15 K；0.1M MIB buffer (mixing sodium malonate, imidazole, and boric acid in the molar ratios 2:3:3), pH 4.0, 25% PEG 1500	分辨率 1.90 Å R-free 0.195
9OD9 Structure of disulfide-stabilized IL-18 variant 提交 2025-04-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–193（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.1M sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG 600	分辨率 1.60 Å R-free 0.188

共 19 个其他 PDB 条目、36 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL18_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–157； UniProt 37–193

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vxt
沉积日期 deposition_date	2008-07-10
结构标题 title	Crystal structure of human IL-18 complexed to murine reference antibody 125-2H Fab
关键词 keywords	FAB, IL-18, SECRETED, CYTOKINE, AUTOIMMUNITY, GLYCOPROTEIN, TH1/TH2 CELLS, IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, IMMUNOGLOBULIN V REGION; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.54 Å
零角强度 I(0) i0	66833400.00
分子量 molecular_weight	63811.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79486 Å³
包络体积 envelope_volume	102130 Å³
水化壳体积 shell_volume	30150 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.23 Å
包络 Rg envelope_rg	30.45 Å
形状 Rg shape_rg	30.50 Å
总 Rg total_rg	31.08 Å
总原子数 total_atoms	4488
残基数 n_residues	572
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.7 Å
Rg (实空间) rg_real	31.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66830000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6483
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.577
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.235
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.193; Positv: 1.000; Valcen: 0.787; Smooth: 0.714

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MURINE IGG 125-2H
分子量 formula_weight	23260.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	5375

EIQLQQSGPELVKPGASVKVSCKASGYSFTDYFIYWVKQSHGKSLEWIGDIDPYNGDTSYNQKFRDKATLTVDQSSTTAFMHLNSLTSEDSAVYFCARGLRFWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCG

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	MUS MUSCULUS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	INTERLEUKIN-18
分子量 formula_weight	18111.5 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

YFGKLESKLSVIRNLNDQVLFIDQGNRPLFEDMTDSDARDNAPRTIFIISMYKDSQPRGMAVTISVKAEKISTLSAENKIISFKEMNPPDNIKDTKSDIIFFQRSVPGHDNKMQFESSSYEGYFLAAEKERDLFKLILKKEDELGDRSIMFTVQNED

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	MURINE IGG 125-2H
分子量 formula_weight	23626.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASLGERVSLTCRASQDIGSKLYWLQQEPDGTFKRLIYATSSLDSGVPKRFSGSRSGSDYSLTISSLESEDFVDYYCLQYASSPYTFGGGTKLAIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	MUS MUSCULUS

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	593

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2vxth_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2vxti_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.1 — Cytokine
家族 Family family	b.42.1.2 — Interleukin-1 (IL-1)

结构域编号 domain_id	d2vxtl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vxtl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2vxtH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vxtH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vxtI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2vxtL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vxtL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.345 Å
晶胞边长 b length_b	62.435 Å
晶胞边长 c length_c	104.734 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.490 Å
最低分辨率 resolution_low	31.160 Å
R 因子 r_factor	0.1640
R_work r_work	0.1620
R_free r_free	0.1960

fit	/app/data/saxs_computation/vx/2vxt/2vxt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vx/2vxt/2vxt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vx/2vxt/2vxt.dat

Crystal structure of human IL-18 complexed to murine reference antibody 125-2H Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INTERLEUKIN-18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)