SAXSdb — 2wbv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIBER PROTEIN

CANINE ADENOVIRUS 2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 358–542 链 B； UniProt 358–542 链 D； UniProt 358–542	片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：5% PEG 4000, 5% ISOPROPANOL, 0.1 M HEPES PH 7.4	分辨率 1.90 Å R-free 0.195
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 358–542 链 E； UniProt 358–542 链 F； UniProt 358–542	片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542	GOL GLYCEROL × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：5% PEG 4000, 5% ISOPROPANOL, 0.1 M HEPES PH 7.4	分辨率 1.90 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2WBV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2J1K CAV-2 fibre head in complex with CAR D1 提交 2006-08-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 H 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 I 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.220
2J1K CAV-2 fibre head in complex with CAR D1 提交 2006-08-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 E 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 F 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.220
2J1K CAV-2 fibre head in complex with CAR D1 提交 2006-08-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 M 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 N 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.220
2J1K CAV-2 fibre head in complex with CAR D1 提交 2006-08-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 Q 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 R 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 S 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.220
2J2J Canine adenovirus fibre head at 1.5 A resolution 提交 2006-08-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 B 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 D 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.15 M KBR, 30% PEG MONOMETHYL-ETHER 2000	分辨率 1.50 Å R-free 0.206
2J2J Canine adenovirus fibre head at 1.5 A resolution 提交 2006-08-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 E 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 F 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.15 M KBR, 30% PEG MONOMETHYL-ETHER 2000	分辨率 1.50 Å R-free 0.206
2W9L CANINE ADENOVIRUS TYPE 2 FIBRE HEAD IN COMPLEX WITH CAR DOMAIN D1 AND SIALIC ACID 提交 2009-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 Q 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 R 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 S 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL-ETHER 550, 0.1 M BICINE, PH 9, 0.1 M NACL	分辨率 2.91 Å R-free 0.254
2W9L CANINE ADENOVIRUS TYPE 2 FIBRE HEAD IN COMPLEX WITH CAR DOMAIN D1 AND SIALIC ACID 提交 2009-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 E 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 F 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL-ETHER 550, 0.1 M BICINE, PH 9, 0.1 M NACL	分辨率 2.91 Å R-free 0.254
2W9L CANINE ADENOVIRUS TYPE 2 FIBRE HEAD IN COMPLEX WITH CAR DOMAIN D1 AND SIALIC ACID 提交 2009-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 H 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 I 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL-ETHER 550, 0.1 M BICINE, PH 9, 0.1 M NACL	分辨率 2.91 Å R-free 0.254
2W9L CANINE ADENOVIRUS TYPE 2 FIBRE HEAD IN COMPLEX WITH CAR DOMAIN D1 AND SIALIC ACID 提交 2009-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 M 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 N 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL-ETHER 550, 0.1 M BICINE, PH 9, 0.1 M NACL	分辨率 2.91 Å R-free 0.254

共 3 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBP_ADECT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–189； UniProt 358–542 作者链 B； PDB构建体 5–189； UniProt 358–542 作者链 C； PDB构建体 5–189； UniProt 358–542 作者链 D； PDB构建体 5–189； UniProt 358–542 作者链 E； PDB构建体 5–189； UniProt 358–542 作者链 F； PDB构建体 5–189； UniProt 358–542

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wbv
沉积日期 deposition_date	2009-03-05
结构标题 title	Canine adenovirus 2 fibre head in complex with sialic acid
关键词 keywords	;KNOB, HEAD, FIBER, VIRUS, FIBRE, ADENOVIRUS, HEMAGGLUTINATION, STRUCTURAL PROTEIN, RED BLOOD CELL, SIALYL-LACTOSE, CELL ATTACHMENT, ERYTHROCYTE, SIALIC ACID, FIBER PROTEIN ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.40 Å
零角强度 I(0) i0	235209000.00
分子量 molecular_weight	123440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	154280 Å³
包络体积 envelope_volume	184420 Å³
水化壳体积 shell_volume	44899 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.7 Å
壳层 Rg shell_rg	40.65 Å
包络 Rg envelope_rg	34.10 Å
形状 Rg shape_rg	34.42 Å
总 Rg total_rg	34.78 Å
总原子数 total_atoms	8665
残基数 n_residues	1101
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.2 Å
Rg (实空间) rg_real	34.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	235200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8593
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.443
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.425
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	61080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.654

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FIBER PROTEIN
分子量 formula_weight	20626.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	9900

GAMSPPAAPITLWTGPGPSINGFINDTPVIRCFICLTRDSNLVTVNASFVGEGGYRIVSPTQSQFSLIMEFDQFGQLMSTGNINSTTTWGEKPWGNNTVQPRPSHTWKLCMPNREVYSTPAATISRCGLDSIAVDGAPSRSIDCMLIINKPKGVATYTLTFRFLNFNRLSGGTLFKTDVLTFTYVGENQ

来源 Source

来源生物 organism	CANINE ADENOVIRUS 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10514
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	471.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1152

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2wbva_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d2wbvb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d2wbvc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d2wbvd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d2wbve_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d2wbvf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2wbvA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	2wbvB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	2wbvC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	2wbvD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	2wbvE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	2wbvF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	215.000 Å
晶胞边长 b length_b	61.250 Å
晶胞边长 c length_c	143.110 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	131.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	46.130 Å
R 因子 r_factor	0.1590
R_work r_work	0.1570
R_free r_free	0.1950

fit	/app/data/saxs_computation/wb/2wbv/2wbv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wb/2wbv/2wbv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wb/2wbv/2wbv.dat

Canine adenovirus 2 fibre head in complex with sialic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIBER PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction