SAXSdb — 2wqz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEUROLIGIN 4, X-LINKED

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NEUREXIN-1-BETA × 1 （Q63373） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NEUREXIN-1-BETA × 1 （Q63373） CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NLGNX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–588； UniProt 43–619 作者链 B； PDB构建体 12–588； UniProt 43–619

NEUREXIN-1-BETA

RATTUS NORVEGICUS

UniProt Q63373

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NEUROLIGIN 4, X-LINKED × 1 （Q8N0W4） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NEUROLIGIN 4, X-LINKED × 1 （Q8N0W4） CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRX1B_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–121； UniProt 80–200 作者链 C； PDB构建体 122–179； UniProt 201–258 作者链 D； PDB构建体 1–121； UniProt 80–200 作者链 D； PDB构建体 122–179； UniProt 201–258

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wqz
沉积日期 deposition_date	2009-08-28
结构标题 title	Crystal structure of synaptic protein neuroligin-4 in complex with neurexin-beta 1: alternative refinement
关键词 keywords	;TRANSMEMBRANE, DISULFIDE BOND, ALPHA/BETA-HYDROLASE CHOLINESTERASE AUTISM BRAIN, ALTERNATIVE PROMOTER USAGE, MEMBRANE, GLYCOPROTEIN, CELL ADHESION ;; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wqz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wqz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wqz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.21 Å
Rg（电子密度）	28.26 Å
总 Rg	29.05 Å
原子数	5698
残基数	722
排除体积	101000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wqz__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2wqz__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NEUROLIGIN 4, X-LINKED
分子量 formula_weight	66230.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11360

DYKDDDDKLAAAQYPVVNTNYGKIRGLRTPLPNEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLLHDMLPIWFTANLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPTEDDIHDQNSKKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGAFGGDPKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRILADKVGCNMLDTTDMVECLRNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEMKPSWADSAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVAWSRYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNLNEIFQYVSTTTKVPPPDMT

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NEUREXIN-1-BETA
分子量 formula_weight	19367.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GGHAGTTYIFSKGGGQITYKWPPNDRPSTRADRLAIGFSTVQKEAVLVRVDSSSGLGDYLELHIHQGKIGVKFNVGTDDIAIEESNAIINDGKYHVVRFTRSGGNATLQVDSWPVIERYPAGRQLTIFNSQATIIIGGKEQGQPFQGQLSGLYYNGLKVLNMAAENDANIAIVGNVRLV

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	NORWAY RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI (BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2wqzc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.4 — Laminin G-like module

结构域编号 domain_id	d2wqzd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.4 — Laminin G-like module

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2wqzA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2wqzB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2wqzC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	2wqzD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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晶胞边长 a length_a	158.520 Å
晶胞边长 b length_b	198.670 Å
晶胞边长 c length_c	85.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2080
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2760

Crystal structure of synaptic protein neuroligin-4 in complex with neurexin-beta 1: alternative refinement

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEUROLIGIN 4, X-LINKED

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NEUREXIN-1-BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wqz__assembly_1__model_1

2wqz__assembly_1__model_1 | I(q)

2wqz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of synaptic protein neuroligin-4 in complex with neurexin-beta 1: alternative refinement

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEUROLIGIN 4, X-LINKED

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NEUREXIN-1-BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wqz__assembly_1__model_1

2wqz__assembly_1__model_1 | I(q)

2wqz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)