2wsq

MonoTIM mutant RMM0-1, dimeric form.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL

TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI

UniProt P04789

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–67 链 B; UniProt 84–250 链 C; UniProt 2–67 链 C; UniProt 84–250 片段:RESIDUES 2-67,84-250 突变:YES SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.2;303 K;100 MM MES BUFFER PH 6.2, 180 MM LI2SO4, 26 PERCENT PEG 6000, 5 MM DITHIOTHREITOL, 1 MM EDTA AND 1 MM NAN3, AT 30 DEGREES CELSIUS. 分辨率 2.10 Å R-free 0.244
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–67 链 A; UniProt 84–250 链 D; UniProt 2–67 链 D; UniProt 84–250 片段:RESIDUES 2-67,84-250 突变:YES SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.2;303 K;100 MM MES BUFFER PH 6.2, 180 MM LI2SO4, 26 PERCENT PEG 6000, 5 MM DITHIOTHREITOL, 1 MM EDTA AND 1 MM NAN3, AT 30 DEGREES CELSIUS. 分辨率 2.10 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、79 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TPIS_TRYBB
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–66; UniProt 2–67 作者链 A; PDB构建体 76–242; UniProt 84–250 作者链 B; PDB构建体 1–66; UniProt 2–67 作者链 B; PDB构建体 76–242; UniProt 84–250 作者链 C; PDB构建体 1–66; UniProt 2–67 作者链 C; PDB构建体 76–242; UniProt 84–250 作者链 D; PDB构建体 1–66; UniProt 2–67 作者链 D; PDB构建体 76–242; UniProt 84–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wsq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wsq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wsq
沉积日期 deposition_date2009-09-08
结构标题 titleMonoTIM mutant RMM0-1, dimeric form.
关键词 keywords;TEMPERATURE DEPENDANT EQUILIBRIUM, CATALYSIS, ISOMERASE, GLYCOSOME, GLYCOLYSIS, PENTOSE SHUNT, GLUCONEOGENESIS, LIPID SYNTHESIS, FATTY ACID BIOSYNTHESIS ;; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.81
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.21
零角强度 I(0) i0170004000.00
分子量 molecular_weight104470.0 kDa
排除体积 excluded_volume130960 ų
包络体积 envelope_volume163160 ų
水化壳体积 shell_volume41392 ų
包络直径 envelope_diameter117.1
壳层 Rg shell_rg39.59
包络 Rg envelope_rg32.72
形状 Rg shape_rg33.20
总 Rg total_rg33.74
总原子数 total_atoms7351
残基数 n_residues968
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.2
Rg (实空间) rg_real33.85
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85
I(0) (实空间) i0_real1.7000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal170000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8878
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.2
偏度 Skewness skewness0.354
峰度 Kurtosis kurtosis-0.419
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha52350000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.846

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2wsqa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family familyc.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
结构域编号 domain_idd2wsqb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family familyc.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
结构域编号 domain_idd2wsqc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family familyc.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
结构域编号 domain_idd2wsqd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family familyc.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2wsqA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id2wsqB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id2wsqC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id2wsqD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)