SAXSdb — 2wu1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–266	未记录	16G 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 FGS 5-(ACETYLAMINO)-5-DEOXY-1-O-PHOSPHONO-L-IDITOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；SODIUM ACETATE, HEPES, N-ACETYL-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.191
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–266	未记录	16G 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 FGS 5-(ACETYLAMINO)-5-DEOXY-1-O-PHOSPHONO-L-IDITOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；SODIUM ACETATE, HEPES, N-ACETYL-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2WU1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CD5 GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, T CONFORMER 提交 1999-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；sodium acetate, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
1DEA STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）链 B 1–266（266 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1DEA STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–266（266 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1DEA STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–266（266 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1FQO GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE OF THE REVERSE REACTION FRUCTOSE 6-PHOSPHATE (OPEN FORM) 提交 2000-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）链 B 1–266（266 aa）	未记录	F6R FRUCTOSE -6-PHOSPHATE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；sodium acetate, HEPES, fructose 6-phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
1FRZ GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, R CONFORMER. COMPLEXED WITH THE ALLOSTERIC ACTIVATOR N-ACETYL-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE AT 2.2 A RESOLUTION 提交 2000-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）链 B 1–266（266 aa）	未记录	16G 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
1FS5 A DISCOVERY OF THREE ALTERNATE CONFORMATIONS IN THE ACTIVE SITE OF GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE ISOMERASE 提交 2000-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）链 B 1–266（266 aa）	未记录	16G 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 6 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；HEPES, sodium potassium tatrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 1.73 Å R-free 0.251
1FS6 GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, T CONFORMER, AT 2.2A RESOLUTION 提交 2000-09-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；HEPES, sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1FSF GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, T CONFORMER, AT 1.9A RESOLUTION 提交 2000-09-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；HEPES, sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.232
1HOR STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）链 B 1–266（266 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6 AGP 2-DEOXY-2-AMINO GLUCITOL-6-PHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1JT9 Structure of the mutant F174A T form of the Glucosamine-6-Phosphate deaminase from E.coli 提交 2001-08-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）	突变：F174A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；HEPES, sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.06 Å R-free 0.224
1JT9 Structure of the mutant F174A T form of the Glucosamine-6-Phosphate deaminase from E.coli 提交 2001-08-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–266（266 aa）	突变：F174A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；HEPES, sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.06 Å R-free 0.224

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NAGB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 B； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wu1
沉积日期 deposition_date	2009-09-25
结构标题 title	Glucosamine-6-Phosphate Deaminase Complexed with the Allosteric Activator N-Acetyl-Glucoamine-6-Phosphate both in the Active and Allosteric sites.
关键词 keywords	ALLOSTERIC ENZYME, CARBOHYDRATE METABOLISM, ALDOSE-KETOSE ISOMERASE, HYDROLASE, DISULFIDE BOND, ENTROPIC EFFECTS; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.65 Å
零角强度 I(0) i0	59985100.00
分子量 molecular_weight	60751.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75815 Å³
包络体积 envelope_volume	93900 Å³
水化壳体积 shell_volume	26126 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.43 Å
包络 Rg envelope_rg	31.47 Å
形状 Rg shape_rg	31.74 Å
总 Rg total_rg	31.76 Å
总原子数 total_atoms	4260
残基数 n_residues	532
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59980000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7923
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.420
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.801
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.564; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.671; Smooth: 0.932

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE
分子量 formula_weight	29812.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.99.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4515

MRLIPLTTAEQVGKWAARHIVNRINAFKPTADRPFVLGLPTGGTPMTTYKALVEMHKAGQVSFKHVVTFNMDEYVGLPKEHPESYYSFMHRNFFDHVDIPAENINLLNGNAPDIDAECRQYEEKIRSYGKIHLFMGGVGNDGHIAFNEPASSLASRTRIKTLTHDTRVANSRFFDNDVNQVPKYALTVGVGTLLDAEEVMILVLGSQKALALQAAVEGCVNHMWTISCLQLHPKAIMVCDEPSTMELKVKTLRYFNELEAENIKGL

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	301.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5-(ACETYLAMINO)-5-DEOXY-1-O-PHOSPHONO-L-IDITOL
分子量 formula_weight	303.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	255

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2wu1a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.124 — NagB/RpiA/CoA transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.124.1 — NagB/RpiA/CoA transferase-like
家族 Family family	c.124.1.1 — NagB-like

结构域编号 domain_id	d2wu1b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.124 — NagB/RpiA/CoA transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.124.1 — NagB/RpiA/CoA transferase-like
家族 Family family	c.124.1.1 — NagB-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2wu1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1360 —

结构域编号 domain_id	2wu1B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1360 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	125.720 Å
晶胞边长 b length_b	125.720 Å
晶胞边长 c length_c	223.952 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	9.983 Å
R 因子 r_factor	0.1511
R_work r_work	0.1490
R_free r_free	0.1914

fit	/app/data/saxs_computation/wu/2wu1/2wu1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wu/2wu1/2wu1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wu/2wu1/2wu1.dat

Glucosamine-6-Phosphate Deaminase Complexed with the Allosteric Activator N-Acetyl-Glucoamine-6-Phosphate both in the Active and Allosteric sites.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction