2wv5

Crystal structure of foot-and-mouth disease virus 3C protease in complex with a decameric peptide corresponding to the VP1-2A cleavage junction with a GLN to Glu substitution at P1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PICORNAIN 3C

FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN × 1 （Q65050） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN × 1 （Q65050） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN × 1 （Q65050） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN × 1 （Q65050） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_FMDV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–214； UniProt 1650–1862 作者链 B； PDB构建体 2–214； UniProt 1650–1862 作者链 C； PDB构建体 2–214； UniProt 1650–1862 作者链 D； PDB构建体 2–214； UniProt 1650–1862

FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN

物种未注明

UniProt Q65050

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PICORNAIN 3C × 1 （P03306） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PICORNAIN 3C × 1 （P03306） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PICORNAIN 3C × 1 （P03306） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PICORNAIN 3C × 1 （P03306） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q65050_9PICO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–11； UniProt 29–38 作者链 F； PDB构建体 2–11； UniProt 29–38 作者链 G； PDB构建体 2–11； UniProt 29–38 作者链 H； PDB构建体 2–11； UniProt 29–38

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wv5
沉积日期 deposition_date	2009-10-13
结构标题 title	Crystal structure of foot-and-mouth disease virus 3C protease in complex with a decameric peptide corresponding to the VP1-2A cleavage junction with a GLN to Glu substitution at P1
关键词 keywords	3C PROTEASE, HYDROLASE, VIRAL PROTEIN, HYDROLASE PEPTIDE COMPLEX, HYDROLASE-PEPTIDE complex; HYDROLASE/PEPTIDE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wv5__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wv5__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wv5__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.77 Å
Rg（电子密度）	15.53 Å
总 Rg	16.59 Å
原子数	1508
残基数	209
排除体积	26903 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wv5__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2wv5__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2wv5__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2wv5__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PICORNAIN 3C
分子量 formula_weight	23049.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.28
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6096

GSGAPPTDLQKMVMGNTKPVELILDGKTVAICCATGVFGTAYLVPRHLFAEKYDKIMLDGRAMTDSDYRVFEFEIKVKGQDMLSDAALMVLHRGNKVRDITKHFRDTARMKKGTPVVGVVNNADVGRLIFSGEALTYKDIVVLMDGDTMPGLFAYKAATRAGYAGGAVLAKDGADTFIVGTHSAGGNGVGYCSCVSRSMLQKMKAHVDPEPHHE

来源 Source

来源生物 organism	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12112
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN
分子量 formula_weight	1144.3 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

XAPAKELLNFD

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	52

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2wv5a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.4 — Viral cysteine protease of trypsin fold

结构域编号 domain_id	d2wv5b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.4 — Viral cysteine protease of trypsin fold

结构域编号 domain_id	d2wv5c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.4 — Viral cysteine protease of trypsin fold

结构域编号 domain_id	d2wv5d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.4 — Viral cysteine protease of trypsin fold

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2wv5A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2wv5A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2wv5B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2wv5B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2wv5C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2wv5C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2wv5D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2wv5D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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晶胞边长 a length_a	64.033 Å
晶胞边长 b length_b	75.105 Å
晶胞边长 c length_c	86.303 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	56.330 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2360
R_free r_free	0.2900

Crystal structure of foot-and-mouth disease virus 3C protease in complex with a decameric peptide corresponding to the VP1-2A cleavage junction with a GLN to Glu substitution at P1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PICORNAIN 3C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wv5__assembly_4__model_1

2wv5__assembly_4__model_1 | I(q)

2wv5__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of foot-and-mouth disease virus 3C protease in complex with a decameric peptide corresponding to the VP1-2A cleavage junction with a GLN to Glu substitution at P1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PICORNAIN 3C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wv5__assembly_4__model_1

2wv5__assembly_4__model_1 | I(q)

2wv5__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)