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2wvr

Human Cdt1:Geminin complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GEMININ

HOMO SAPIENS

UniProt O75496

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–209 链 B； UniProt 1–209 未记录 DNA REPLICATION FACTOR CDT1 × 2 （Q9H211） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；PH 7.5 100-150 MM NACL CAPILLARY GRADIENT 分辨率 3.30 Å R-free 0.301

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2WVR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1T6F Crystal Structure of the Coiled-coil Dimerization Motif of Geminin 提交 2004-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 109–145（37 aa） 片段：COILED-COIL DOMAIN
链 B 109–145（37 aa） 片段：COILED-COIL DOMAIN
突变：A1T 突变：A1T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；10% PEG 6000, 5% MPD, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.47 Å R-free 0.221
1UII Crystal structure of Geminin coiled-coil domain 提交 2003-07-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 70–152（83 aa） 片段：coiled-coil domain
链 B 70–152（83 aa） 片段：coiled-coil domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；0.36M Sodium Acetate, 0.1M TRIS, 30% PEG 4000, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.239
2LP0 The solution structure of homeodomain-protein complex 提交 2012-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 171–190（20 aa） 片段：UNP residues 171-190
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；296 K；离子强度（mmCIF原始值）0.125；压力 ambient
NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Hox-C9-1, 1.0 mM Geminin-2, 25 mM potassium phosphate-3, 100 mM sodium chloride-4, 5 mM DTT-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM Hox-C9-6, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Geminin-7, 25 mM potassium phosphate-8, 100 mM sodium chloride-9, 5 mM DTT-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Hox-C9-11, 1.0 mM Geminin-12, 25 mM potassium phosphate-13, 100 mM sodium chloride-14, 5 mM DTT-15, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1.0 mM Hox-C9-16, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Geminin-17, 25 mM potassium phosphate-18, 100 mM sodium chloride-19, 5 mM DTT-20, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
4BRY The Idas:Geminin heterodimeric parallel coiled-coil 提交 2013-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 83–160（78 aa） 片段：COILED-COIL, RESIDUES 83-160
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M SPG PH 7.5, 10 % ISOPROPANOL
分辨率 2.89 Å R-free 0.226
7KLZ Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide 提交 2020-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 195–209（15 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350
分辨率 3.40 Å R-free 0.241
7KLZ Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide 提交 2020-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 195–209（15 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350
分辨率 3.40 Å R-free 0.241

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GEMI_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209 作者链 B； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209

DNA REPLICATION FACTOR CDT1

HOMO SAPIENS

UniProt Q9H211

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–546 未记录 GEMININ × 4 （O75496） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；PH 7.5 100-150 MM NACL CAPILLARY GRADIENT 分辨率 3.30 Å R-free 0.301

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2WVR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2LE8 The protein complex for DNA replication 提交 2011-06-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 413–440（28 aa） 片段：UNP residues 413-440
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）3；压力 ambient
NMR样品组成 25 mM MES-1, 300 mM sodium chloride-2, 1 % glycerol-3, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-4, 1 mM entity_1-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 25 mM [U-100% 15N] MES-6, 300 mM sodium chloride-7, 1 % glycerol-8, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-9, 1.0 mM entity_2-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 25 mM MES-11, 300 mM sodium chloride-12, 1 % glycerol-13, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-14, 1.0 mM entity_2-15, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 25 mM MES-16, 300 mM sodium chloride-17, 1 % glycerol-18, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-19, 1.0 mM entity_1-20, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
6QCG PCNA complex with Cdt1 N-terminal PIP-box peptide 提交 2018-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–14（14 aa）
链 H 1–14（14 aa）
链 I 1–14（14 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；300 K；15% (w/v) PEG 400, 100 mM calcium acetate, 100 mM MES/HCl
分辨率 3.40 Å R-free 0.253
6QCG PCNA complex with Cdt1 N-terminal PIP-box peptide 提交 2018-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 1–14（14 aa）
链 K 1–14（14 aa）
链 L 1–14（14 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；300 K；15% (w/v) PEG 400, 100 mM calcium acetate, 100 mM MES/HCl
分辨率 3.40 Å R-free 0.253
8RWV Human OCCM DNA licensing intermediate 提交 2024-02-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 G 158–546（389 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.68 Å
8S0E H. sapiens OCCM bound to double stranded DNA 提交 2024-02-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 8 1–546（546 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8S0F H. sapiens OC1M bound to double stranded DNA 提交 2024-02-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 8 1–546（546 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDT1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–546； UniProt 1–546

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wvr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wvr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wvr
沉积日期 deposition_date2009-10-19
结构标题 titleHuman Cdt1:Geminin complex
关键词 keywords;REPLICATION, DNA REPLICATION LICENSE, DNA REPLICATION INHIBITOR, PHOSPHOPROTEIN, UBL CONJUGATION, DNA REPLICATION, DNA-BINDING, POLYMORPHISM, PROTO-ONCOGENE, NUCLEUS, CELL CYCLE, ACETYLATION, COILED COIL ;; REPLICATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.59 Å
零角强度 I(0) i023342600.00
分子量 molecular_weight37055.0 kDa
排除体积 excluded_volume46418 ų
包络体积 envelope_volume63450 ų
水化壳体积 shell_volume20540 ų
包络直径 envelope_diameter113.1 Å
壳层 Rg shell_rg31.85 Å
包络 Rg envelope_rg29.46 Å
形状 Rg shape_rg28.57 Å
总 Rg total_rg29.02 Å
总原子数 total_atoms2611
残基数 n_residues316
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.3 Å
Rg (实空间) rg_real29.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23340000.0000
解质量估计 total_estimate0.8066
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.9 Å
偏度 Skewness skewness0.558
峰度 Kurtosis kurtosis-0.148
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2557000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.702; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.429; Smooth: 0.945
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2wvrA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1180 — Geminin coiled-coil domain
结构域编号 domain_id2wvrB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1180 — Geminin coiled-coil domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)