2wzp

Structures of Lactococcal Phage p2 Baseplate Shed Light on a Novel Mechanism of Host Attachment and Activation in Siphoviridae

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN

LACTOCOCCUS PHAGE P2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 45	CAMELID VHH5 × 18 LACTOCOCCAL PHAGE P2 ORF15 × 6 LACTOCOCCAL PHAGE P2 ORF16 × 3 water × 42	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q1RNF7_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 B； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 C； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 G； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 H； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 I； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wzp
沉积日期 deposition_date	2009-12-01
结构标题 title	Structures of Lactococcal Phage p2 Baseplate Shed Light on a Novel Mechanism of Host Attachment and Activation in Siphoviridae
关键词 keywords	BASEPLATE, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wzp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wzp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wzp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	76.28 Å
Rg（电子密度）	75.46 Å
总 Rg	75.63 Å
原子数	76914
残基数	9897
排除体积	1360600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wzp__assembly_1__model_1`	45-meric （45）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
分子量 formula_weight	28881.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,G,H,I
原子数 atom_count	27647

TIKNFTFFSPNSTEFPVGSNNDGKLYMMLTGMDYRTIRRKDWSSPLNTALNVQYTNTSIIAGGRYFELLNETVALKGDSVNYIHANIDLTQTANPVSLSAETANNSNGVDINNGSGVLKVCFDIVTTSGTGVTSTKPIVQTSTLDSISVNDMTVSGSIDVPVQTLTVEAGNGLQLQLTKKNNDLVIVRFFGSVSNIQKGWNMSGTWVDRPFRPAAVQSLVGHFAGRDTSFHIDINPNGSITWWGANIDKTPIATRGNGSYFIKSAW

来源 Source

来源生物 organism	LACTOCOCCUS PHAGE P2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	254252
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CAMELID VHH5
分子量 formula_weight	13499.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,J,K,L

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCTASRRTGSNWCMGWFRQLAGKEPELVVALNFDYDMTYYADSVKGRFTVSRDSGKNTVYLQMNSLKPEDTAIYYCAARSGGFSSNRELYDGWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	LAMA GLAMA
通用名 common_name	LLAMA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	LACTOCOCCAL PHAGE P2 ORF15
分子量 formula_weight	37899.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

MSYYHHHHHHLESTSLYKKAGLENLYFQGVRQYKIHTNLDGTDDKVWDVTNGKVRFYQPSNLGLQSTNNIWQSNGIGVMGTRSITQPQIEFKLETFGESLEENYQLMKDFVNDILSKKFVTLEYQTEIFQVYADLALADVTKTEGYGKNGTFSEKITFDIITKWYTYENLTFDKIQNGKVIAGMSKIYGGTAPGNYKYIKGTSYTYYGESDIDRLSRWDIKEEIFSFMGILYPKLPKTPAGVRFLDDIGNEYTAIVFKTEQVQDYILINTDVNDETYQGWKGTTALNLFPVMDFERYRTRIIEKGQMELINLSKAEFKIKRKADFV

来源 Source

来源生物 organism	LACTOCOCCUS PHAGE P2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	254252
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	LACTOCOCCAL PHAGE P2 ORF16
分子量 formula_weight	42883.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MLEANVYDNFNPNYYNISDFSMPNGKKEKRGLPIPKARCQVINYELWETGYLYTSSATLTVSVEVGDIVQILFPEVVPIEEALGKKKKLNLDMVYLVTDVDESNKATLKNYFWAMIESLDVPNAITKTTNFAIIDYLIDPNKNNLMSYGYFFNSSIFAGKATINRKAETSSAHDVAKRIFSKVQFQPTTTIQHAPSETDPRNLLFINFASRNWNRKRITTRVDIKQSVTMDTETIVERSAYNFAVVFVKNKATDDYTDPPKMYIAKNNGDVIDYSTYHGDGTDLPDVRTAKTLFYDRDDHGNPPELSTIKVEISPSTIVTRLIFNQNELLPLYVNDLVDIWYEGKLYSGYIADRVKTEFNDRLIFVESGDKPNVI

来源 Source

来源生物 organism	LACTOCOCCUS PHAGE P2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	254252
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2009

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 41 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2wzpd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2wzpd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2wzpe1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2wzpe2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2wzpf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2wzpf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2wzpj1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2wzpj2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2wzpk1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2wzpk2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2wzpl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2wzpl2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (29 domains)

结构域编号 domain_id	2wzpA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	520 — Triple-stranded beta-helix
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phage fibre proteins

结构域编号 domain_id	2wzpA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1830 — Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain

结构域编号 domain_id	2wzpB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	520 — Triple-stranded beta-helix
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phage fibre proteins

结构域编号 domain_id	2wzpB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1830 — Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain

结构域编号 domain_id	2wzpC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	520 — Triple-stranded beta-helix
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phage fibre proteins

结构域编号 domain_id	2wzpC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1830 — Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain

结构域编号 domain_id	2wzpD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2wzpE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2wzpF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2wzpG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	520 — Triple-stranded beta-helix
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phage fibre proteins

结构域编号 domain_id	2wzpG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1830 — Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain

结构域编号 domain_id	2wzpH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	520 — Triple-stranded beta-helix
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phage fibre proteins

结构域编号 domain_id	2wzpH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1830 — Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain

结构域编号 domain_id	2wzpI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	520 — Triple-stranded beta-helix
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phage fibre proteins

结构域编号 domain_id	2wzpI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1830 — Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain

结构域编号 domain_id	2wzpJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2wzpK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2wzpL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2wzpP01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	2wzpP02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	370 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2wzpP03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 —

结构域编号 domain_id	2wzpP04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2wzpQ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	2wzpQ02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	370 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2wzpQ03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 —

结构域编号 domain_id	2wzpQ04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2wzpR01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	300 — Phage tail proteins - horseshoe like beta roll fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phage tail base-plate attachment protein, domain D1/D2

结构域编号 domain_id	2wzpR02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Phage tail base-plate attachment protein, domain D4

结构域编号 domain_id	2wzpR03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1920 — Phage tail proteins - 2 layer sandwich fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phage tail base-plate attachment protein, domain D3

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晶胞边长 a length_a	202.881 Å
晶胞边长 b length_b	202.881 Å
晶胞边长 c length_c	760.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	108

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	38.070 Å
R 因子 r_factor	0.1794
R_work r_work	0.1789
R_free r_free	0.2078

Structures of Lactococcal Phage p2 Baseplate Shed Light on a Novel Mechanism of Host Attachment and Activation in Siphoviridae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wzp__assembly_1__model_1

2wzp__assembly_1__model_1 | I(q)

2wzp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 41 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (29 domains)

7. 引用文献 (2)

Structures of Lactococcal Phage p2 Baseplate Shed Light on a Novel Mechanism of Host Attachment and Activation in Siphoviridae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wzp__assembly_1__model_1

2wzp__assembly_1__model_1 | I(q)

2wzp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 41 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (29 domains)

7. 引用文献 (2)