2x1s

Crystallographic binding studies with an engineered monomeric variant of triosephosphate isomerase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL

TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI

UniProt P04789

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–13 链 A; UniProt 15–72 链 A; UniProt 80–234 链 A; UniProt 238–250 片段:RESIDUES 2-13,15-72,80-234,238-250 突变:YES X1S 3-SULFOPROPANOIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.5;20% PEG6000, 0.1M CITRATE, PH 5.5 分辨率 1.93 Å R-free 0.201
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–13 链 B; UniProt 15–72 链 B; UniProt 80–234 链 B; UniProt 238–250 片段:RESIDUES 2-13,15-72,80-234,238-250 突变:YES X1S 3-SULFOPROPANOIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.5;20% PEG6000, 0.1M CITRATE, PH 5.5 分辨率 1.93 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、79 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TPIS_TRYBB
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–12; UniProt 2–13 作者链 A; PDB构建体 13–70; UniProt 15–72 作者链 A; PDB构建体 71–225; UniProt 80–234 作者链 A; PDB构建体 226–238; UniProt 238–250 作者链 B; PDB构建体 1–12; UniProt 2–13 作者链 B; PDB构建体 13–70; UniProt 15–72 作者链 B; PDB构建体 71–225; UniProt 80–234 作者链 B; PDB构建体 226–238; UniProt 238–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2x1s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2x1s
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2x1s
沉积日期 deposition_date2010-01-04
结构标题 titleCrystallographic binding studies with an engineered monomeric variant of triosephosphate isomerase
关键词 keywordsGLUCONEOGENESIS, LIPID SYNTHESIS, FATTY ACID BIOSYNTHESIS, TIM BARREL, PEROXISOME, GLYCOLYSIS, ISOMERASE, GLYCOSOME; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.91
零角强度 I(0) i042228700.00
分子量 molecular_weight50629.0 kDa
排除体积 excluded_volume63632 ų
包络体积 envelope_volume74589 ų
水化壳体积 shell_volume27146 ų
包络直径 envelope_diameter81.4
壳层 Rg shell_rg30.01
包络 Rg envelope_rg22.91
形状 Rg shape_rg22.91
总 Rg total_rg23.73
总原子数 total_atoms3566
残基数 n_residues468
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.0
Rg (实空间) rg_real23.80
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49
I(0) (实空间) i0_real4.2230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.4310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal42230000.0000
解质量估计 total_estimate0.7069
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary79.7
偏度 Skewness skewness0.336
峰度 Kurtosis kurtosis-0.273
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12480000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.788; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.286; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.977

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2x1sa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family familyc.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
结构域编号 domain_idd2x1sb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family familyc.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2x1sA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id2x1sB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)