SAXSdb — 2x4y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEREGRIN

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HISTONE H3.2 × 1 （Q71DI3） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HISTONE H3.2 × 1 （Q71DI3） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HISTONE H3.2 × 1 （Q71DI3） SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HISTONE H3.2 × 1 （Q71DI3） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HISTONE H3.2 × 1 （Q71DI3） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HISTONE H3.2 × 1 （Q71DI3） water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HISTONE H3.2 × 1 （Q71DI3） water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HISTONE H3.2 × 1 （Q71DI3） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BRPF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–132； UniProt 1076–1205 作者链 C； PDB构建体 3–132； UniProt 1076–1205 作者链 E； PDB构建体 3–132； UniProt 1076–1205 作者链 G； PDB构建体 3–132； UniProt 1076–1205 作者链 I； PDB构建体 3–132； UniProt 1076–1205 作者链 K； PDB构建体 3–132； UniProt 1076–1205 作者链 M； PDB构建体 3–132； UniProt 1076–1205 作者链 O； PDB构建体 3–132； UniProt 1076–1205

HISTONE H3.2

物种未注明

UniProt Q71DI3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PEREGRIN × 1 （P55201） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PEREGRIN × 1 （P55201） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PEREGRIN × 1 （P55201） SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PEREGRIN × 1 （P55201） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PEREGRIN × 1 （P55201） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PEREGRIN × 1 （P55201） water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PEREGRIN × 1 （P55201） water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PEREGRIN × 1 （P55201） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–21； UniProt 23–43 作者链 D； PDB构建体 1–21； UniProt 23–43 作者链 F； PDB构建体 1–21； UniProt 23–43 作者链 H； PDB构建体 1–21； UniProt 23–43 作者链 J； PDB构建体 1–21； UniProt 23–43 作者链 L； PDB构建体 1–21； UniProt 23–43 作者链 N； PDB构建体 1–21； UniProt 23–43 作者链 P； PDB构建体 1–21； UniProt 23–43

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2x4y
沉积日期 deposition_date	2010-02-02
结构标题 title	Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1.
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, METAL-BINDING, ZINC-FINGER, CHROMATIN REGULATOR, TRANSCRIPTION REGULATION, NUCLEOSOME; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2x4y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2x4y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2x4y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.10 Å
Rg（电子密度）	14.71 Å
总 Rg	15.98 Å
原子数	1101
残基数	135
排除体积	19849 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2x4y__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2x4y__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2x4y__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2x4y__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2x4y__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2x4y__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`2x4y__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`2x4y__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PEREGRIN
分子量 formula_weight	15249.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	10140

GGSEDEDSPLDALDLVWAKCRGYPSYPALIIDPKMPREGMFHHGVPIPVPPLEVLKLGEQMTQEAREHLYLVLFFDNKRTWQWLPRTKLVPLGVNQDLDKEKMLEGRKSNIRKSVQIAYHRALQHRSKVQGE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HISTONE H3.2
分子量 formula_weight	2330.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

TKAARKSAPATGGVKKPHRYR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1078

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2x4yA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2x4yC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2x4yE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2x4yG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2x4yI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2x4yK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2x4yM01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2x4yO01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

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晶胞边长 a length_a	35.757 Å
晶胞边长 b length_b	97.906 Å
晶胞边长 c length_c	102.524 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	86.80 °
晶胞夹角 β angle_beta	80.96 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	87.24 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	24.771 Å
R 因子 r_factor	0.1922
R_work r_work	0.1904
R_free r_free	0.2267

Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEREGRIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HISTONE H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2x4y__assembly_1__model_1

2x4y__assembly_1__model_1 | I(q)

2x4y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEREGRIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HISTONE H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2x4y__assembly_1__model_1

2x4y__assembly_1__model_1 | I(q)

2x4y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)