SAXSdb — 2x61

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

CAMPYLOBACTER JEJUNI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 4	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 4 ACETATE ION × 8 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 ;N3-PROTONATED CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE ; × 4 1,2-ETHANEDIOL × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 4	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 4 ACETATE ION × 4 ;N3-PROTONATED CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE ; × 4 1,2-ETHANEDIOL × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9LAK3_CAMJE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–258； UniProt 1–258 作者链 B； PDB构建体 1–258； UniProt 1–258

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2x61
沉积日期 deposition_date	2010-02-16
结构标题 title	Crystal structure of the sialyltransferase CST-II in complex with trisaccharide acceptor and CMP
关键词 keywords	GTA, TRANSFERASE, GLYCOSYLTRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2x61__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2x61__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2x61__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.98 Å
Rg（电子密度）	35.00 Å
总 Rg	35.69 Å
原子数	8536
残基数	980
排除体积	153300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2x61__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2x61__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE
分子量 formula_weight	30403.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.99.-
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4512

MKKVIIAGNGPSLKEIDYSRLPNDFDVFRCNQFYFEDKYYLGKKCKAVFYNPSLFFEQYYTLKHLIQNQEYETELIMCSNYNQAHLENENFVKTFYDYFPDAHLGYDFFKQLKDFNAYFKFHEIYFNQRITSGVYMCAVAIALGYKEIYLSGIDFYQNGSSYAFDTKQKNLLKLAPNFKNDNSHYIGHSKNTDIKALEFLEKTYKIKLYCLCPNSLLANFIGLAPNLNSNFIIQEKNNYTKDILIPSSEAYGKFSKNI

来源 Source

来源生物 organism	CAMPYLOBACTER JEJUNI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	197
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	674.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;N3-PROTONATED CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	324.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	263

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2x61a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.130 — Alpha-2,3/8-sialyltransferase CstII
超家族 Superfamily superfamily	c.130.1 — Alpha-2,3/8-sialyltransferase CstII
家族 Family family	c.130.1.1 — Alpha-2,3/8-sialyltransferase CstII

结构域编号 domain_id	d2x61b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.130 — Alpha-2,3/8-sialyltransferase CstII
超家族 Superfamily superfamily	c.130.1 — Alpha-2,3/8-sialyltransferase CstII
家族 Family family	c.130.1.1 — Alpha-2,3/8-sialyltransferase CstII

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2x61A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1480 — sialyltransferase cstii, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-2,3-sialyltransferase

结构域编号 domain_id	2x61B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1480 — sialyltransferase cstii, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-2,3-sialyltransferase

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晶胞边长 a length_a	117.665 Å
晶胞边长 b length_b	117.665 Å
晶胞边长 c length_c	46.604 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 4
空间群编号 int_tables_number	75
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1655
R_work r_work	0.1639
R_free r_free	0.1975

Crystal structure of the sialyltransferase CST-II in complex with trisaccharide acceptor and CMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2x61__assembly_1__model_1

2x61__assembly_1__model_1 | I(q)

2x61__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the sialyltransferase CST-II in complex with trisaccharide acceptor and CMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2x61__assembly_1__model_1

2x61__assembly_1__model_1 | I(q)

2x61__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)