2x72

CRYSTAL STRUCTURE OF THE CONSTITUTIVELY ACTIVE E113Q,D2C,D282C RHODOPSIN MUTANT WITH BOUND GALPHACT PEPTIDE.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RHODOPSIN

BOS TAURUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 2	GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-1 × 2 （P04695） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 octyl beta-D-glucopyranoside × 2 PALMITIC ACID × 4 RETINAL × 2 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE × 2 ACETATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OPSD_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–349； UniProt 1–348

GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-1

物种未注明

UniProt P04695

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 2	RHODOPSIN × 2 （P02699） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 octyl beta-D-glucopyranoside × 2 PALMITIC ACID × 4 RETINAL × 2 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE × 2 ACETATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GNAT1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–11； UniProt 340–350

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2x72
沉积日期 deposition_date	2010-02-22
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE CONSTITUTIVELY ACTIVE E113Q,D2C,D282C RHODOPSIN MUTANT WITH BOUND GALPHACT PEPTIDE.
关键词 keywords	;SIGNALING PROTEIN, CHROMOPHORE, LIPOPROTEIN, GLYCOPROTEIN, TRANSMEMBRANE, RETINAL PROTEIN, G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR, SENSORY TRANSDUCTION, PHOTORECEPTOR PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2x72__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2x72__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2x72__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.92 Å
Rg（电子密度）	29.26 Å
总 Rg	30.01 Å
原子数	5806
残基数	674
排除体积	107360 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2x72__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RHODOPSIN
分子量 formula_weight	39033.6 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2932

XMCGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLQGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSCFGPIFMTIPAFFAKTSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPA

来源 Source

来源生物 organism	BOS TAURUS
通用名 common_name	CATTLE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-1
分子量 formula_weight	1265.5 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ILENLKDCGLF

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	692.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
分子量 formula_weight	648.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2x72A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

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晶胞边长 a length_a	243.986 Å
晶胞边长 b length_b	243.986 Å
晶胞边长 c length_c	109.156 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	39.940 Å
R 因子 r_factor	0.2120
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2440

CRYSTAL STRUCTURE OF THE CONSTITUTIVELY ACTIVE E113Q,D2C,D282C RHODOPSIN MUTANT WITH BOUND GALPHACT PEPTIDE.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RHODOPSIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2x72__assembly_1__model_1

2x72__assembly_1__model_1 | I(q)

2x72__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)

CRYSTAL STRUCTURE OF THE CONSTITUTIVELY ACTIVE E113Q,D2C,D282C RHODOPSIN MUTANT WITH BOUND GALPHACT PEPTIDE.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RHODOPSIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2x72__assembly_1__model_1

2x72__assembly_1__model_1 | I(q)

2x72__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)