2xb2

Crystal structure of the core Mago-Y14-eIF4AIII-Barentsz-UPF3b assembly shows how the EJC is bridged to the NMD machinery

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG × 1 （P61326） RNA-BINDING PROTEIN 8A × 1 （Q9Y5S9） RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE × 1 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B × 1 （Q9BZI7） PROTEIN CASC3 × 1 （O15234） MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG × 1 （P61326） RNA-BINDING PROTEIN 8A × 1 （Q9Y5S9） RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE × 1 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B × 1 （Q9BZI7） PROTEIN CASC3 × 1 （O15234） MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF4A3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–411； UniProt 1–411 作者链 X； PDB构建体 1–411； UniProt 1–411

PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG

HOMO SAPIENS

UniProt P61326

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III × 1 （P38919） RNA-BINDING PROTEIN 8A × 1 （Q9Y5S9） RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE × 1 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B × 1 （Q9BZI7） PROTEIN CASC3 × 1 （O15234） MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III × 1 （P38919） RNA-BINDING PROTEIN 8A × 1 （Q9Y5S9） RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE × 1 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B × 1 （Q9BZI7） PROTEIN CASC3 × 1 （O15234） MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MGN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146 作者链 Y； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

RNA-BINDING PROTEIN 8A

HOMO SAPIENS

UniProt Q9Y5S9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III × 1 （P38919） PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG × 1 （P61326） RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE × 1 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B × 1 （Q9BZI7） PROTEIN CASC3 × 1 （O15234） MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III × 1 （P38919） PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG × 1 （P61326） RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE × 1 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B × 1 （Q9BZI7） PROTEIN CASC3 × 1 （O15234） MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBM8A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–90； UniProt 66–155 作者链 Z； PDB构建体 1–90； UniProt 66–155

REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B

HOMO SAPIENS

UniProt Q9BZI7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III × 1 （P38919） PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG × 1 （P61326） RNA-BINDING PROTEIN 8A × 1 （Q9Y5S9） RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE × 1 PROTEIN CASC3 × 1 （O15234） MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III × 1 （P38919） PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG × 1 （P61326） RNA-BINDING PROTEIN 8A × 1 （Q9Y5S9） RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE × 1 PROTEIN CASC3 × 1 （O15234） MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	REN3B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–60； UniProt 411–470 作者链 U； PDB构建体 1–60； UniProt 411–470

PROTEIN CASC3

HOMO SAPIENS

UniProt O15234

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III × 1 （P38919） PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG × 1 （P61326） RNA-BINDING PROTEIN 8A × 1 （Q9Y5S9） RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE × 1 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B × 1 （Q9BZI7） MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III × 1 （P38919） PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG × 1 （P61326） RNA-BINDING PROTEIN 8A × 1 （Q9Y5S9） RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE × 1 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B × 1 （Q9BZI7） MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASC3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–150； UniProt 137–286 作者链 T； PDB构建体 1–150； UniProt 137–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xb2
沉积日期 deposition_date	2010-04-03
结构标题 title	Crystal structure of the core Mago-Y14-eIF4AIII-Barentsz-UPF3b assembly shows how the EJC is bridged to the NMD machinery
关键词 keywords	EXON JUNCTION COMPLEX, NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY, TRANSLATION, UPF3B, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2xb2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2xb2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2xb2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.98 Å
Rg（电子密度）	26.98 Å
总 Rg	27.67 Å
原子数	5823
残基数	703
排除体积	103020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2xb2__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2xb2__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2xb2__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III
分子量 formula_weight	46931.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,X
原子数 atom_count	11710

MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
分子量 formula_weight	17189.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,Y

MESDFYLRYYVGHKGKFGHEFLEFEFRPDGKLRYANNSNYKNDVMIRKEAYVHKSVMEELKRIIDDSEITKEDDALWPPPDRVGRQELEIVIGDEHISFTTSKIGSLIDVNQSKDPEGLRVFYYLVQDLKCLVFSLIGLHFKIKPI

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA-BINDING PROTEIN 8A
分子量 formula_weight	10313.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,Z

PQRSVEGWILFVTGVHEEATEEDIHDKFAEYGEIKNIHLNLDRRTGYLKGYTLVEYETYKEAQAAMEGLNGQDLMGQPISVDWCFVRGPP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	4547.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E,R

UUUUUUUUUUUUUUU

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	PUTATIVE REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B
分子量 formula_weight	375.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

AER

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B
分子量 formula_weight	6809.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,U

EVVKRDRIRNKDRPAMQLYQPGARSRNRLCPPDDSTKSGDSAAERKQESGISHRKEGGEE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	PROTEIN CASC3
分子量 formula_weight	17713.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T

DTKSTVTGERQSGDGQESTEPVENKVGKKGPKHLDDDEDRKNPAYIPRKGLFFEHDLRGQTQEEEVRPKGRQRKLWKDEGRWEHDKFREDEQAPKSRQELIALYGYDIRSAHNPDDIKPRRIRKPRYGSPPQRDPNWNGERLNKSHRHQG

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2xb2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2xb2A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2xb2C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1560 — Mago nashi protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mago nashi

结构域编号 domain_id	2xb2D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	2xb2X01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2xb2X02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2xb2Y00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1560 — Mago nashi protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mago nashi

结构域编号 domain_id	2xb2Z00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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晶胞边长 a length_a	134.800 Å
晶胞边长 b length_b	134.800 Å
晶胞边长 c length_c	227.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	60.000 Å
R 因子 r_factor	0.2204
R_work r_work	0.2204
R_free r_free	0.2604

Crystal structure of the core Mago-Y14-eIF4AIII-Barentsz-UPF3b assembly shows how the EJC is bridged to the NMD machinery

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA-BINDING PROTEIN 8A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN CASC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2xb2__assembly_1__model_1

2xb2__assembly_1__model_1 | I(q)

2xb2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)