SAXSdb — 2xbf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE NEDD4

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 519–900	片段：HECT DOMAIN, RESIDUES 519-900	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；100 MM NA-MES, PH 6.0, 4% PEG 400, 35 MM CACL2, 5 MM TCEP	分辨率 2.50 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2XBF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KPZ Human NEDD4 3RD WW Domain Complex with The Human T-cell Leukemia virus 1 GAG-Pro poliprotein Derived Peptide SDPQIPPPYVEP 提交 2009-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 834–878（45 aa）片段：3rd WW Domain, UNP residues 834-878	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；288 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] PROTEIN-1; 3 mM PEPTIDE-2; 20 mM sodium phosphate-3; 0.02 v/v sodium azide-4; 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN-5; 3 mM PEPTIDE-6; 20 mM sodium phosphate-7; 0.02 v/v sodium azide-8; 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KQ0 Human NEDD4 3rd WW Domain Complex with Ebola Zaire Virus Matrix Protein VP40 Derived Peptide ILPTAPPEYMEA 提交 2009-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 834–878（45 aa）片段：3rd WW Domain, UNP residues 834-878	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；288 K；压力 ambient NMR样品组成 1mM [U-100% 15N] PROTEIN; 10mM PEPTIDE; 20mM sodium phosphate; 0.02 v/v % sodium azide; 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M3O Structure and dynamics of a human Nedd4 WW domain-ENaC complex 提交 2013-01-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 W 838–877（40 aa）片段：third WW domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient NMR样品组成 1.1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nedd4 WW3* domain, 2.2 mM alpha ENaC PY peptide, 20 mM sodium phosphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM TSP, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 3.0 mM Nedd4 WW3* domain, 1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] alpha ENaC PY peptide, 20 mM sodium phosphate, 0.1 % sodium azide, 1.0 mM TSP, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 1.61 mM [U-99% 15N] Nedd4 WW3* domain, 4.38 mM alpha ENaC PY peptide, 20 mM sodium phosphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM TSP, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2XBB Nedd4 HECT:Ub complex 提交 2010-04-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 519–900（382 aa）片段：HECT DOMAIN, RESIDUES 519-900	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；100 MM NA-HEPES, PH 7.5, 10% PEG 2000 MME, 5 MM TCEP.	分辨率 2.68 Å R-free 0.249
2XBB Nedd4 HECT:Ub complex 提交 2010-04-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 519–900（382 aa）片段：HECT DOMAIN, RESIDUES 519-900	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；100 MM NA-HEPES, PH 7.5, 10% PEG 2000 MME, 5 MM TCEP.	分辨率 2.68 Å R-free 0.249
3B7Y Crystal structure of the C2 Domain of the E3 Ubiquitin-Protein Ligase NEDD4 提交 2007-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–252（152 aa）片段：C2 Domain: Residues 101-252	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；10% PEG 4000, 0.1 M Succinic acid pH 7.0, 0.01M Spermine tetra-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.209
3B7Y Crystal structure of the C2 Domain of the E3 Ubiquitin-Protein Ligase NEDD4 提交 2007-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 101–252（152 aa）片段：C2 Domain: Residues 101-252	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；10% PEG 4000, 0.1 M Succinic acid pH 7.0, 0.01M Spermine tetra-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.209
4BBN NEDD4 HECT-Ub:Ub complex 提交 2012-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 892–1318（427 aa）片段：HECT DOMAIN, RESIDUES 892-1318	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；2.5 SODIUM MALONATE, PH 6.0	分辨率 2.51 Å R-free 0.224
4BE8 NEDD4 HECT A889F structure 提交 2013-03-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 519–900（382 aa）片段：HECT DOMAIN, RESIDUES 519-900	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；1.15 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 9.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
4N7F Crystal structure of 3rd WW domain of human Nedd4-1 提交 2013-10-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 841–874（34 aa）片段：WW3 domain (UNP residues 841-874)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；3.0M NaCl, 100mM Tris-HCl 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.10 Å R-free 0.200
4N7F Crystal structure of 3rd WW domain of human Nedd4-1 提交 2013-10-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 841–874（34 aa）片段：WW3 domain (UNP residues 841-874)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；3.0M NaCl, 100mM Tris-HCl 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.10 Å R-free 0.200
4N7H Crystal Structure of the Complex of 3rd WW domain of Human Nedd4 and 1st PPXY Motif of ARRDC3 提交 2013-10-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 840–872（33 aa）片段：3rd WW domain (UNP residues 840-872)	未记录	GAI GUANIDINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；0.35M (NH4)SO4, 100mM Tris-HCl 8.0, 100mM Guanidine-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.70 Å R-free 0.233
5AHT Third WW domain from the E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4 提交 2015-02-09	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 838–877（40 aa）片段：WW3, UNP RESIDUES 838-877	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 1.0 NMR样品组成 1.5 MM [U-99% 13C NMR样品组成 U-99% 15N] NEDD4 WW3* DOMAIN, 20 MM SODIUM PHOSPHATE, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 MM DSS, 90% 2O/10% D2O	分辨率未提供
5C7J CRYSTAL STRUCTURE OF NEDD4 WITH A UB VARIANT 提交 2015-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 520–900（381 aa）片段：HECT DOMAIN (UNP RESIDUES 520-900)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；The NEDD4 and Ubiquitin Variant was mixed at molar ratio ~1:2, and then concentrated to 15mg/ml. The protein sample was mixed with Trypsin at a 1:1000 (W/W) Trypsin:protein ratio before setting up crystallization. Crystal was initially obtained from Molecular Dimentions Proplex screen condition E04. Crystal used for structure refinement was grown in 20% PEG8000, 10% Glycerol, 0.1M HEPES pH 7.0 in hanging drop setup, using 1.5uL protein, 1.5uL well solution over 0.5 mL reservoir buffer at 20 C. Crystals grow to mountable size in 4 days. Harvested crystal was flash-frozen in liquid nitrogen. 20% Glycerol was used as the cryo-protectant	分辨率 3.00 Å R-free 0.277
5C7J CRYSTAL STRUCTURE OF NEDD4 WITH A UB VARIANT 提交 2015-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 520–900（381 aa）片段：HECT DOMAIN (UNP RESIDUES 520-900)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；The NEDD4 and Ubiquitin Variant was mixed at molar ratio ~1:2, and then concentrated to 15mg/ml. The protein sample was mixed with Trypsin at a 1:1000 (W/W) Trypsin:protein ratio before setting up crystallization. Crystal was initially obtained from Molecular Dimentions Proplex screen condition E04. Crystal used for structure refinement was grown in 20% PEG8000, 10% Glycerol, 0.1M HEPES pH 7.0 in hanging drop setup, using 1.5uL protein, 1.5uL well solution over 0.5 mL reservoir buffer at 20 C. Crystals grow to mountable size in 4 days. Harvested crystal was flash-frozen in liquid nitrogen. 20% Glycerol was used as the cryo-protectant	分辨率 3.00 Å R-free 0.277
5C91 NEDD4 HECT with covalently bound indole-based inhibitor 提交 2015-06-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 938–1312（375 aa）片段：unp residues 938-1312	未记录	4YU methyl (2E)-4-{[(5-methoxy-1,2-dimethyl-1H-indol-3-yl)carbonyl]amino}but-2-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, 35 mM calcium chloride, 5 mM TCEP, 6% PEG400	分辨率 2.44 Å R-free 0.298
9H9O Crystal structure of NEDD4 HECT domain in complex with norclomipramine 提交 2024-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 519–893（375 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 A1ITH Norclomipramine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES pH 6.0 8-10% PEG 400 20% glycerol 1-4 mM inhibitor (0.25-1% DMSO)	分辨率 2.12 Å R-free 0.236
9H9T Crystal structure of NEDD4 HECT domain in complex with covalent inhibitor 提交 2024-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 519–893（375 aa）	未记录	A1ITT ethyl 4-[4-(2-chloranyl-5,6-dihydrobenzo[b][1]benzazepin-11-yl)butylamino]butanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES pH 6.0 8-10% PEG 400 20% glycerol 1-4 mM inhibitor (0.25-1% DMSO)	分辨率 2.17 Å R-free 0.252

共 14 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEDD4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–386； UniProt 519–900

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xbf
沉积日期 deposition_date	2010-04-09
结构标题 title	Nedd4 HECT structure
关键词 keywords	LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.13 Å
零角强度 I(0) i0	32478600.00
分子量 molecular_weight	44828.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56472 Å³
包络体积 envelope_volume	68986 Å³
水化壳体积 shell_volume	24559 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.5 Å
壳层 Rg shell_rg	30.43 Å
包络 Rg envelope_rg	24.10 Å
形状 Rg shape_rg	24.12 Å
总 Rg total_rg	24.94 Å
总原子数 total_atoms	3165
残基数 n_residues	375
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.2 Å
Rg (实空间) rg_real	25.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9120
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.185
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.588
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE NEDD4
分子量 formula_weight	45782.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3390

GPLGSRDYKRKYEFFRRKLKKQNDIPNKFEMKLRRATVLEDSYRRIMGVKRADFLKARLWIEFDGEKGLDYGGVAREWFFLISKEMFNPYYGLFEYSATDNYTLQINPNSGLCNEDHLSYFKFIGRVAGMAVYHGKLLDGFFIRPFYKMMLHKPITLHDMESVDSEYYNSLRWILENDPTELDLRFIIDEELFGQTHQHELKNGGSEIVVTNKNKKEYIYLVIQWRFVNRIQKQMAAFKEGFFELIPQDLIKIFDENELELLMCGLGDVDVNDWREHTKYKNGYSANHQVIQWFWKAVLMMDSEKRIRLLQFVTGTSRVPMNGFAELYGSNGPQSFTVEQWGTPEKLPRAHTCFNRLDLPPYESFEELWDKLQMAIENTQGFDGVD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	197

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2xbfa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.148 — Hect, E3 ligase catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	d.148.1 — Hect, E3 ligase catalytic domain
家族 Family family	d.148.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2xbfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1750 — Hect, E3 ligase catalytic domain fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hect, E3 ligase catalytic domains

结构域编号 domain_id	2xbfA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2160 — Hect, E3 ligase catalytic domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hect, E3 ligase catalytic domain

结构域编号 domain_id	2xbfA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2410 — Hect, E3 ligase catalytic fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hect, E3 ligase catalytic domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	175.405 Å
晶胞边长 b length_b	38.843 Å
晶胞边长 c length_c	60.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.503 Å
最低分辨率 resolution_low	48.576 Å
R 因子 r_factor	0.1997
R_work r_work	0.1968
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/xb/2xbf/2xbf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xb/2xbf/2xbf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xb/2xbf/2xbf.dat

Nedd4 HECT structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE NEDD4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction