2xfy

Crystal structure of Barley Beta-Amylase complexed with alpha- cyclodextrin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-AMYLASE

物种未注明

UniProt P16098

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–535 未记录 Cyclohexakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;291 K;CRYSTALS WERE GROWN AT 291 K USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD WITH PROTEIN AT 10 MG PER ML AND A PRECIPITANT COMPRISED OF 14 PERCENT PEG 3350 IN 100 MM BIS-TRIS PROPANE BUFFER AT PH 5.5 分辨率 1.21 Å R-free 0.153

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AMYB_HORVU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–535; UniProt 1–535

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2xfy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2xfy
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2xfy
沉积日期 deposition_date2010-05-28
结构标题 titleCrystal structure of Barley Beta-Amylase complexed with alpha- cyclodextrin
关键词 keywordsCARBOHYDRATE METABOLISM, HYDROLASE, GERMINATION; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.80
零角强度 I(0) i052014900.00
分子量 molecular_weight56049.0 kDa
排除体积 excluded_volume69986 ų
包络体积 envelope_volume79116 ų
水化壳体积 shell_volume29052 ų
包络直径 envelope_diameter70.5
壳层 Rg shell_rg29.69
包络 Rg envelope_rg21.96
形状 Rg shape_rg21.81
总 Rg total_rg22.66
总原子数 total_atoms3958
残基数 n_residues486
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.3
Rg (实空间) rg_real22.86
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real5.2010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal52020000.0000
解质量估计 total_estimate0.9010
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.2
偏度 Skewness skewness0.137
峰度 Kurtosis kurtosis-0.434
角度范围 angular_range— – 0.3450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18380000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2xfya_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2xfyA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)