SAXSdb — 2xgb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-AMYLASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–535	未记录	EPG (2R)-oxiran-2-ylmethyl alpha-D-glucopyranoside × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 291 K USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD WITH PROTEIN AT 10 MG PER ML AND A PRECIPITANT COMPRISED OF 14 PERCENT PEG 3350 IN 100 MM BIS-TRIS PROPANE BUFFER AT PH 5.5	分辨率 1.20 Å R-free 0.141

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2XGB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B1Y SEVENFOLD MUTANT OF BARLEY BETA-AMYLASE 提交 1998-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–504（500 aa）	突变：M185L,S295A,I297V,S350P,S351P,Q352D,A376S	BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；HUNGING DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST 0.1 M PIPES PH 7.1, 0.1 M MGAC2 AND 14% PEG 6000 WITH A PROTEIN CONCENTRATION OF 3 MG/ML., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
2XFF Crystal structure of Barley Beta-Amylase complexed with acarbose 提交 2010-05-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–535（535 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 291 K USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD WITH PROTEIN AT 10 MG PER ML AND A PRECIPITANT COMPRISED OF 14 PERCENT PEG 3350 IN 100 MM BIS-TRIS PROPANE BUFFER AT PH 5.5	分辨率 1.31 Å R-free 0.155
2XFR Crystal structure of barley beta-amylase at atomic resolution 提交 2010-05-28	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–535（535 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 291 K USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD WITH PROTEIN AT 10 MG PER ML AND A PRECIPITANT COMPRISED OF 14 PERCENT PEG 3350 IN 100 MM BIS-TRIS PROPANE BUFFER AT PH 5.5	分辨率 0.97 Å R-free 0.130
2XFY Crystal structure of Barley Beta-Amylase complexed with alpha- cyclodextrin 提交 2010-05-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–535（535 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 291 K USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD WITH PROTEIN AT 10 MG PER ML AND A PRECIPITANT COMPRISED OF 14 PERCENT PEG 3350 IN 100 MM BIS-TRIS PROPANE BUFFER AT PH 5.5	分辨率 1.21 Å R-free 0.153
2XG9 Crystal structure of Barley Beta-Amylase complexed with 4-O-alpha-D- glucopyranosylmoranoline 提交 2010-06-02	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–535（535 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 291 K USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD WITH PROTEIN AT 10 MG PER ML AND A PRECIPITANT COMPRISED OF 14 PERCENT PEG 3350 IN 100 MM BIS-TRIS PROPANE BUFFER AT PH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.171
2XGI Crystal structure of Barley Beta-Amylase complexed with 3,4- epoxybutyl alpha-D-glucopyranoside 提交 2010-06-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–535（535 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 J5B (3R)-3-hydroxybutyl alpha-D-glucopyranoside × 1 EBQ (3S)-3-hydroxybutyl alpha-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 291 K USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD WITH PROTEIN AT 10 MG PER ML AND A PRECIPITANT COMPRISED OF 14 PERCENT PEG 3350 IN 100 MM BIS-TRIS PROPANE BUFFER AT PH 5.5	分辨率 1.30 Å R-free 0.158

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMYB_HORVU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–535； UniProt 1–535

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xgb
沉积日期 deposition_date	2010-06-02
结构标题 title	Crystal structure of Barley Beta-Amylase complexed with 2,3- epoxypropyl-alpha-D-glucopyranoside
关键词 keywords	CARBOHYDRATE METABOLISM, HYDROLASE, GERMINATION; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.73 Å
零角强度 I(0) i0	50440200.00
分子量 molecular_weight	55326.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69144 Å³
包络体积 envelope_volume	77537 Å³
水化壳体积 shell_volume	28548 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.4 Å
壳层 Rg shell_rg	29.65 Å
包络 Rg envelope_rg	21.98 Å
形状 Rg shape_rg	21.74 Å
总 Rg total_rg	22.60 Å
总原子数 total_atoms	3909
残基数 n_residues	486
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.9 Å
Rg (实空间) rg_real	22.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8112
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.148
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BETA-AMYLASE
分子量 formula_weight	59670.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4890

MEVNVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVGPTGGMGGQAEGPTCGMGGQVKGPTGGMGGQAEDPTSGIGGELPATM

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2R)-oxiran-2-ylmethyl alpha-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	236.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	729

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2xgba_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2xgbA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.622 Å
晶胞边长 b length_b	71.068 Å
晶胞边长 c length_c	92.309 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.200 Å
最低分辨率 resolution_low	33.168 Å
R 因子 r_factor	0.1180
R_work r_work	0.1167
R_free r_free	0.1407

fit	/app/data/saxs_computation/xg/2xgb/2xgb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xg/2xgb/2xgb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xg/2xgb/2xgb.dat

Crystal structure of Barley Beta-Amylase complexed with 2,3- epoxypropyl-alpha-D-glucopyranoside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-AMYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction