SAXSdb — 2xo2

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANNEXIN A5

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–320	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；2.0 M AMMONIUM SULFATE, 20 MM CALCIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS/HCL, PH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2XO2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ANW THE EFFECT OF METAL BINDING ON THE STRUCTURE OF ANNEXIN V AND IMPLICATIONS FOR MEMBRANE BINDING 提交 1993-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1ANW THE EFFECT OF METAL BINDING ON THE STRUCTURE OF ANNEXIN V AND IMPLICATIONS FOR MEMBRANE BINDING 提交 1993-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1ANX THE CRYSTAL STRUCTURE OF A NEW HIGH-CALCIUM FORM OF ANNEXIN V 提交 1993-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1ANX THE CRYSTAL STRUCTURE OF A NEW HIGH-CALCIUM FORM OF ANNEXIN V 提交 1993-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1ANX THE CRYSTAL STRUCTURE OF A NEW HIGH-CALCIUM FORM OF ANNEXIN V 提交 1993-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1AVH CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN ANNEXIN V AFTER REFINEMENT. IMPLICATIONS FOR STRUCTURE, MEMBRANE BINDING AND ION CHANNEL FORMATION OF THE ANNEXIN FAMILY OF PROTEINS 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1AVH CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN ANNEXIN V AFTER REFINEMENT. IMPLICATIONS FOR STRUCTURE, MEMBRANE BINDING AND ION CHANNEL FORMATION OF THE ANNEXIN FAMILY OF PROTEINS 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1AVH CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN ANNEXIN V AFTER REFINEMENT. IMPLICATIONS FOR STRUCTURE, MEMBRANE BINDING AND ION CHANNEL FORMATION OF THE ANNEXIN FAMILY OF PROTEINS 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–319（319 aa）链 B 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1AVH CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN ANNEXIN V AFTER REFINEMENT. IMPLICATIONS FOR STRUCTURE, MEMBRANE BINDING AND ION CHANNEL FORMATION OF THE ANNEXIN FAMILY OF PROTEINS 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–319（319 aa）链 B 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1AVR CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN ANNEXIN V AFTER REFINEMENT. IMPLICATIONS FOR STRUCTURE, MEMBRANE BINDING AND ION CHANNEL FORMATION OF THE ANNEXIN FAMILY OF PROTEINS 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1HAK CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN PLACENTAL ANNEXIN V COMPLEXED WITH K-201 AS A CALCIUM CHANNEL ACTIVITY INHIBITOR 提交 1997-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–319（319 aa）片段：ANNEXIN FOLD 链 B 1–319（319 aa）片段：ANNEXIN FOLD	未记录	K21 4-[3-{1-(4-BENZYL)PIPERODINYL}PROPIONYL]-7-METHOXY-2,3,4,5-TERTRAHYDRO-1,4-BENZOTHIAZEPINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.331
1HVD STRUCTURAL AND ELECTROPHYSIOLOGICAL ANALYSIS OF ANNEXIN V MUTANTS. MUTAGENESIS OF HUMAN ANNEXIN V, AN IN VITRO VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL, PROVIDES INFORMATION ABOUT THE STRUCTURAL FEATURES OF THE ION PATHWAY, THE VOLTAGE SENSOR AND THE ION SELECTIVITY FILTER 提交 1994-06-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1HVE STRUCTURAL AND ELECTROPHYSIOLOGICAL ANALYSIS OF ANNEXIN V MUTANTS. MUTAGENESIS OF HUMAN ANNEXIN V, AN IN VITRO VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL, PROVIDES INFORMATION ABOUT THE STRUCTURAL FEATURES OF THE ION PATHWAY, THE VOLTAGE SENSOR AND THE ION SELECTIVITY FILTER 提交 1994-06-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1HVF STRUCTURAL AND ELECTROPHYSIOLOGICAL ANALYSIS OF ANNEXIN V MUTANTS. MUTAGENESIS OF HUMAN ANNEXIN V, AN IN VITRO VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL, PROVIDES INFORMATION ABOUT THE STRUCTURAL FEATURES OF THE ION PATHWAY, THE VOLTAGE SENSOR AND THE ION SELECTIVITY FILTER 提交 1994-06-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1HVG STRUCTURAL AND ELECTROPHYSIOLOGICAL ANALYSIS OF ANNEXIN V MUTANTS. MUTAGENESIS OF HUMAN ANNEXIN V, AN IN VITRO VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL, PROVIDES INFORMATION ABOUT THE STRUCTURAL FEATURES OF THE ION PATHWAY, THE VOLTAGE SENSOR AND THE ION SELECTIVITY FILTER 提交 1994-06-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1SAV HUMAN ANNEXIN V WITH PROLINE SUBSTITUTION BY THIOPROLINE 提交 1997-11-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）	突变：P13, P87, P119, P163, AND P248 SUBSTITUTED WITH THIOPROLINE (PRS) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.1 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.259
2XO3 Human Annexin V with incorporated Methionine analogue Homopropargylglycine 提交 2010-08-09	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–320（320 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；2.0 M AMMONIUM SULFATE, 20 MM CALCIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS/HCL, PH 8.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.291
6K22 Crystal structure of Ca-bound human Annexin A5 in low salt condition 提交 2019-05-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–320（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.2 M Potassium Citrate Tribasic pH 8.3 0.1 M HEPES pH 7.5 17% PEG3350 50uM CaCl2 2mM TCEP	分辨率 2.75 Å R-free 0.306
6K25 Crystal structure of Ca-unbound human Annexin A5 in low salt condition 提交 2019-05-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–320（319 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.2 M Sodium phosphate dibasic dehydrate 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 2 mM TCEP	分辨率 2.40 Å R-free 0.292
8GYC Annexin A5 protein dimer mutant 提交 2022-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–320（319 aa）链 B 2–320（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；PEG 3350, sodium chloride, 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid	分辨率 1.80 Å R-free 0.288
8H0J Annexin A5 mutant 提交 2022-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–320（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；PEG 3350, sodium chloride, 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid	分辨率 2.23 Å R-free 0.246
8H9Z Annexin A5 protein mutant 提交 2022-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–320（319 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；PEG 3350, sodium chloride, 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid	分辨率 1.42 Å R-free 0.265

共 16 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ANXA5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xo2
沉积日期 deposition_date	2010-08-09
结构标题 title	Human Annexin V with incorporated Methionine analogue Azidohomoalanine
关键词 keywords	MEMBRANE BINDING PROTEIN, POPTOSIS, ION CHANNEL; MEMBRANE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.44 Å
零角强度 I(0) i0	23143800.00
分子量 molecular_weight	35915.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44713 Å³
包络体积 envelope_volume	52461 Å³
水化壳体积 shell_volume	21214 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.0 Å
壳层 Rg shell_rg	27.57 Å
包络 Rg envelope_rg	21.59 Å
形状 Rg shape_rg	21.42 Å
总 Rg total_rg	22.31 Å
总原子数 total_atoms	2526
残基数 n_residues	311
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8721
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	74.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.456
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.093
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7325000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.787; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.998

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ANNEXIN A5
分子量 formula_weight	35948.1 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2635

AAQVLRGTVTDFPGFDERADAETLRKAAKGLGTDEESILTLLTSRSNAQRQEISAAFKTLFGRDLLDDLKSELTGKFEKLIVALAKPSRLYDAYELKHALKGAGTNEKVLTEIIASRTPEELRAIKQVYEEEYGSSLEDDVVGDTSGYYQRALVVLLQANRDPDAGIDEAQVEQDAQALFQAGELKWGTDEEKFITIFGTRSVSHLRKVFDKYATISGFQIEETIDRETSGNLEQLLLAVVKSIRSIPAYLAETLYYAAKGAGTDDHTLIRVAVSRSEIDLFNIRKEFRKNFATSLYSAIKGDTSGDYKKALLLLCGEDD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	109

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2xo2a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.65 — Annexin
超家族 Superfamily superfamily	a.65.1 — Annexin
家族 Family family	a.65.1.1 — Annexin

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2xo2A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Annexin

结构域编号 domain_id	2xo2A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Annexin

结构域编号 domain_id	2xo2A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Annexin

结构域编号 domain_id	2xo2A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Annexin

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	152.708 Å
晶胞边长 b length_b	152.708 Å
晶胞边长 c length_c	33.603 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.090 Å
R 因子 r_factor	0.2740
R_work r_work	0.2740
R_free r_free	0.2960

fit	/app/data/saxs_computation/xo/2xo2/2xo2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xo/2xo2/2xo2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xo/2xo2/2xo2.dat

Human Annexin V with incorporated Methionine analogue Azidohomoalanine