SAXSdb — 2xqb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INTERLEUKIN 15

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 49–162	未记录	ANTI-IL-15 ANTIBODY × 1 ANTI-IL-15 ANTIBODY × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 9.5；PCTP 100MM, PH 9.5, 25 %W/V PEG-3350, 200MM AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.60 Å R-free 0.318

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2XQB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Z3Q Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 49–162（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.85 Å R-free 0.252
2Z3Q Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 49–162（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.85 Å R-free 0.252
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 49–162（114 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 49–162（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 49–162（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 49–162（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 49–162（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 49–162（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 49–162（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 49–162（114 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
4GS7 Structure of the Interleukin-15 quaternary complex 提交 2012-08-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 49–162（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.75；298 K；22.5% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS propane, 0.2M sodium acetate, pH 8.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.227

共 3 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL15_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–114； UniProt 49–162

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xqb
沉积日期 deposition_date	2010-09-01
结构标题 title	Crystal Structure of anti-IL-15 Antibody in Complex with human IL-15
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM, AFFINITY MATURATION; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.85 Å
零角强度 I(0) i0	54252900.00
分子量 molecular_weight	56828.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70650 Å³
包络体积 envelope_volume	88345 Å³
水化壳体积 shell_volume	27852 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.70 Å
包络 Rg envelope_rg	27.65 Å
形状 Rg shape_rg	27.82 Å
总 Rg total_rg	28.53 Å
总原子数 total_atoms	3997
残基数 n_residues	520
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8643
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.291
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.859; Smooth: 0.958

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	INTERLEUKIN 15
分子量 formula_weight	12784.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4063

NWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ANTI-IL-15 ANTIBODY
分子量 formula_weight	25390.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFSSFGISWVRQAPGQGLEWLGWISAFNGYTKYAQKFQDRVTMTTDTSTSTAYMELRSLRSDDTAVYYCARDPAAWPLQQSLAWFDPWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHQYVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ANTI-IL-15 ANTIBODY
分子量 formula_weight	22915.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

TQPPSASGTPGQRVTISCSGSTSNLKRNYVYWYQQLPGTAPKLLIYRDRRRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAWYDRELSEWVFGGGTKLTVLQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	66

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2xqba_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.2 — Short-chain cytokines

结构域编号 domain_id	d2xqbh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2xqbl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2xqbl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2xqbA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Interleukin-15/Interleukin-21

结构域编号 domain_id	2xqbH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2xqbH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2xqbL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2xqbL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	185.186 Å
晶胞边长 b length_b	43.754 Å
晶胞边长 c length_c	70.087 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	69.710 Å
R 因子 r_factor	0.2481
R_work r_work	0.2444
R_free r_free	0.3181

fit	/app/data/saxs_computation/xq/2xqb/2xqb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xq/2xqb/2xqb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xq/2xqb/2xqb.dat

Crystal Structure of anti-IL-15 Antibody in Complex with human IL-15

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INTERLEUKIN 15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)