2ybr

Crystal structure of the human derived single chain antibody fragment (scFv) 9004G in complex with Cn2 toxin from the scorpion Centruroides noxius Hoffmann

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 109.2 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-MAMMAL TOXIN CN2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 17–82	未记录	SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G × 1 SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；100 MM BIS-TRIS, PH 5.5, 25% PEG 3350 AND 200 MM (NH4)2SO4.	分辨率 2.55 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 17–82	未记录	SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G × 1 SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；100 MM BIS-TRIS, PH 5.5, 25% PEG 3350 AND 200 MM (NH4)2SO4.	分辨率 2.55 Å R-free 0.247
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 17–82	未记录	SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G × 1 SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；100 MM BIS-TRIS, PH 5.5, 25% PEG 3350 AND 200 MM (NH4)2SO4.	分辨率 2.55 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YBR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CN2 SOLUTION STRUCTURE OF TOXIN 2 FROM CENTRUROIDES NOXIUS HOFFMANN, A BETA SCORPION NEUROTOXIN ACTING ON SODIUM CHANNELS, NMR, 15 STRUCTURES 提交 1998-06-21	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–82（66 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；303 K；压力 1 NMR样品组成 H2O/D2O	分辨率未提供
25IH Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with Cn2 提交 2026-04-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 17–82（66 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 CLR CHOLESTEROL × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
2YC1 Crystal structure of the human derived single chain antibody fragment (scFv) 9004G in complex with Cn2 toxin from the scorpion Centruroides noxius Hoffmann 提交 2011-03-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 17–82（66 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；1.4 M SODIUM / POTASSIUM PHOSPHATE PH 5.6	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
2YC1 Crystal structure of the human derived single chain antibody fragment (scFv) 9004G in complex with Cn2 toxin from the scorpion Centruroides noxius Hoffmann 提交 2011-03-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 17–82（66 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；1.4 M SODIUM / POTASSIUM PHOSPHATE PH 5.6	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
4V1D Ternary complex among two human derived single chain antibody fragments and Cn2 toxin from scorpion Centruroides noxius. 提交 2014-09-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 17–82（66 aa）片段：UNP RESIDUES 17-82	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1M SPG PH 8.5, 25%(W/V) PEG 1500	分辨率 3.10 Å R-free 0.229

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCX2_CENNO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–66； UniProt 17–82 作者链 F； PDB构建体 1–66； UniProt 17–82 作者链 I； PDB构建体 1–66； UniProt 17–82

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ybr
沉积日期 deposition_date	2011-03-09
结构标题 title	Crystal structure of the human derived single chain antibody fragment (scFv) 9004G in complex with Cn2 toxin from the scorpion Centruroides noxius Hoffmann
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM-TOXIN COMPLEX, SCORPION TOXIN; IMMUNE SYSTEM/TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.92 Å
零角强度 I(0) i0	153793000.00
分子量 molecular_weight	95687.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118250 Å³
包络体积 envelope_volume	157330 Å³
水化壳体积 shell_volume	40471 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.5 Å
壳层 Rg shell_rg	39.18 Å
包络 Rg envelope_rg	32.34 Å
形状 Rg shape_rg	32.89 Å
总 Rg total_rg	33.48 Å
总原子数 total_atoms	6721
残基数 n_residues	875
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.2 Å
Rg (实空间) rg_real	33.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	153800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9025
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.169
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.571
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.961

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
分子量 formula_weight	12533.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	6941

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCTGSGFTFDNYAMHWLRQVPGEGLEWVSGISRSSGDIDYADSVKGRFTISRDDAKKTLSLQMNSLRAEDTAVYYCARGGVGSFDTWGQGTMVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
分子量 formula_weight	15418.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H

GGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPATLSVSPGERATLSCRASQSVRSYLAWYQQKPGQAPRLLFSDASNRATGIPARFTGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAIYYCQQYRYSPRTFGQGTKVEIKRAAAEQKLISEEDLNGAAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	BETA-MAMMAL TOXIN CN2
分子量 formula_weight	7607.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

KEGYLVDKNTGCKYECLKLGDNDYCLRECKQQYGKGAGGYCYAFACWCTHLYEQAIVWPLPNKRCS

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	220

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2ybra_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2ybrb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ybrb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ybrc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.7 — Scorpion toxin-like
家族 Family family	g.3.7.1 — Long-chain scorpion toxins

结构域编号 domain_id	d2ybrd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2ybre1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ybre2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ybrf_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.7 — Scorpion toxin-like
家族 Family family	g.3.7.1 — Long-chain scorpion toxins

结构域编号 domain_id	d2ybrg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2ybrh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ybrh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ybri_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.7 — Scorpion toxin-like
家族 Family family	g.3.7.1 — Long-chain scorpion toxins

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	2ybrA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ybrB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ybrC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Knottin, scorpion toxin-like

结构域编号 domain_id	2ybrD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ybrE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ybrF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Knottin, scorpion toxin-like

结构域编号 domain_id	2ybrG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ybrH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ybrI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Knottin, scorpion toxin-like

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	69.844 Å
晶胞边长 b length_b	104.494 Å
晶胞边长 c length_c	152.550 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	45.720 Å
R 因子 r_factor	0.1946
R_work r_work	0.1918
R_free r_free	0.2467

fit	/app/data/saxs_computation/yb/2ybr/2ybr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yb/2ybr/2ybr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yb/2ybr/2ybr.dat

Crystal structure of the human derived single chain antibody fragment (scFv) 9004G in complex with Cn2 toxin from the scorpion Centruroides noxius Hoffmann

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-MAMMAL TOXIN CN2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)