2yfw

Heterotetramer structure of Kluyveromyces lactis Cse4,H4

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.8 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HISTONE H3-LIKE CENTROMERIC PROTEIN CSE4

KLUYVEROMYCES LACTIS NRRL Y-1140

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 93–184 链 G； UniProt 93–184	片段：HISTONE-FOLD DOMAIN, RESIDUES 93-184	HISTONE H4 × 2 （Q6CMU6）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH8.5, 0.2 M NACL, AND 25% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 93–184 链 E； UniProt 93–184	片段：HISTONE-FOLD DOMAIN, RESIDUES 93-184	HISTONE H4 × 2 （Q6CMU6）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH8.5, 0.2 M NACL, AND 25% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YFW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2YFV The heterotrimeric complex of Kluyveromyces lactis Scm3, Cse4 and H4 提交 2011-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 81–180（100 aa）片段：RESIDUES 81-180	未记录	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1 M SODIUM CITRATE, PH4.5, 6% PEG 4000, AND 0.1 M SODIUM IODIDE	分辨率 2.32 Å R-free 0.257

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPA_KLULA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–92； UniProt 93–184 作者链 C； PDB构建体 1–92； UniProt 93–184 作者链 E； PDB构建体 1–92； UniProt 93–184 作者链 G； PDB构建体 1–92； UniProt 93–184

HISTONE H4

KLUYVEROMYCES LACTIS NRRL Y-1140

UniProt Q6CMU6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–103 链 H； UniProt 1–103	未记录	HISTONE H3-LIKE CENTROMERIC PROTEIN CSE4 × 2 （Q6CTI2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH8.5, 0.2 M NACL, AND 25% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–103 链 F； UniProt 1–103	未记录	HISTONE H3-LIKE CENTROMERIC PROTEIN CSE4 × 2 （Q6CTI2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH8.5, 0.2 M NACL, AND 25% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2YFW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2YFV The heterotrimeric complex of Kluyveromyces lactis Scm3, Cse4 and H4 提交 2011-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 25–98（74 aa）片段：RESIDUES 25-98	未记录	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1 M SODIUM CITRATE, PH4.5, 6% PEG 4000, AND 0.1 M SODIUM IODIDE	分辨率 2.32 Å R-free 0.257
6UPH Structure of a Yeast Centromeric Nucleosome at 2.7 Angstrom resolution 提交 2019-10-17	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6CMU6_KLULA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 D； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 H； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2yfw
沉积日期 deposition_date	2011-04-08
结构标题 title	Heterotetramer structure of Kluyveromyces lactis Cse4,H4
关键词 keywords	CELL CYCLE, KINETOCHORE, CENTROMERE, HISTONE CHAPERONE, BUDDING YEAST; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.06 Å
零角强度 I(0) i0	74337600.00
分子量 molecular_weight	68448.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86745 Å³
包络体积 envelope_volume	108430 Å³
水化壳体积 shell_volume	33730 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.26 Å
包络 Rg envelope_rg	25.85 Å
形状 Rg shape_rg	25.98 Å
总 Rg total_rg	27.25 Å
总原子数 total_atoms	4808
残基数 n_residues	604
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.8 Å
Rg (实空间) rg_real	26.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	74340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9131
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.077
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.593
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.985

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HISTONE H3-LIKE CENTROMERIC PROTEIN CSE4
分子量 formula_weight	10746.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	4822

ALAEIRKYQRSTDLLISRMPFARLVKEVTDQFTTESEPLRWQSMAIMALQEASEAYLVGLLEHTNLLALHAKRITIMRKDMQLARRIRGQFI

来源 Source

来源生物 organism	KLUYVEROMYCES LACTIS NRRL Y-1140
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HISTONE H4
分子量 formula_weight	11436.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRNVLKTFLESVIRDAVTYTEHAKRKTVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	KLUYVEROMYCES LACTIS NRRL Y-1140
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2yfwa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d2yfwb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d2yfwc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d2yfwd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d2yfwe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d2yfwf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d2yfwg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d2yfwh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2yfwA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	2yfwB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	2yfwC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	2yfwD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	2yfwE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	2yfwF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	2yfwG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	2yfwH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	169.479 Å
晶胞边长 b length_b	169.479 Å
晶胞边长 c length_c	81.215 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2211
R_work r_work	0.2183
R_free r_free	0.2763

fit	/app/data/saxs_computation/yf/2yfw/2yfw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yf/2yfw/2yfw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yf/2yfw/2yfw.dat

Heterotetramer structure of Kluyveromyces lactis Cse4,H4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HISTONE H3-LIKE CENTROMERIC PROTEIN CSE4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HISTONE H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)