SAXSdb — 2yps

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SORTING NEXIN-3

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–155	片段：PX DOMAIN, RESIDUES 24-155	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：3.5M FORMATE	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 24–155	片段：PX DOMAIN, RESIDUES 24-155	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：3.5M FORMATE	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 24–155	片段：PX DOMAIN, RESIDUES 24-155	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：3.5M FORMATE	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 24–155	片段：PX DOMAIN, RESIDUES 24-155	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：3.5M FORMATE	分辨率 2.60 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YPS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MXC Solution structure of the full length sorting nexin 3 提交 2014-12-20	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–162（161 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.100；压力 1.000 NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SNX3FL, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5F0J Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 提交 2015-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–162（162 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.9 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
5F0L Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1 提交 2015-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–162（162 aa）片段：Residues 14-470	未记录	SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.75 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 15% Glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
5F0M Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1 (SeMet labeled) 提交 2015-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–162（162 aa）片段：Residues 14-470	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 5% Glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.254
5F0P Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1(L557M) (SeMet labeled) 提交 2015-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–162（162 aa）片段：Residues 1-162	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 10% Glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.261

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNX3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–134； UniProt 24–155 作者链 B； PDB构建体 3–134； UniProt 24–155 作者链 C； PDB构建体 3–134； UniProt 24–155 作者链 D； PDB构建体 3–134； UniProt 24–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2yps
沉积日期 deposition_date	2012-10-31
结构标题 title	Crystal structure of the PX domain of human sorting nexin 3
关键词 keywords	PROTEIN TRANSPORT, ENDOSOME; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.81 Å
零角强度 I(0) i0	31333900.00
分子量 molecular_weight	43650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54931 Å³
包络体积 envelope_volume	68705 Å³
水化壳体积 shell_volume	25183 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.4 Å
壳层 Rg shell_rg	29.83 Å
包络 Rg envelope_rg	22.63 Å
形状 Rg shape_rg	22.81 Å
总 Rg total_rg	23.72 Å
总原子数 total_atoms	3092
残基数 n_residues	407
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.0 Å
Rg (实空间) rg_real	23.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	31330000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6944
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.251
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.288
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	5.9810
最高正则化参数 α highest_alpha	11060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 0.925; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.559

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d2ypsa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.189 — PX domain
超家族 Superfamily superfamily	d.189.1 — PX domain
家族 Family family	d.189.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ypsa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ypsb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.189 — PX domain
超家族 Superfamily superfamily	d.189.1 — PX domain
家族 Family family	d.189.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ypsc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.189 — PX domain
超家族 Superfamily superfamily	d.189.1 — PX domain
家族 Family family	d.189.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ypsd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.189 — PX domain
超家族 Superfamily superfamily	d.189.1 — PX domain
家族 Family family	d.189.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2ypsA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1520 — PX Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phox-like domain

结构域编号 domain_id	2ypsB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1520 — PX Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phox-like domain

结构域编号 domain_id	2ypsC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1520 — PX Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phox-like domain

结构域编号 domain_id	2ypsD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1520 — PX Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phox-like domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.840 Å
晶胞边长 b length_b	81.700 Å
晶胞边长 c length_c	184.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	51.020 Å
R 因子 r_factor	0.2131
R_work r_work	0.2109
R_free r_free	0.2551

描述 description	SORTING NEXIN-3
分子量 formula_weight	15652.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3102

Crystal structure of the PX domain of human sorting nexin 3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SORTING NEXIN-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

fit	/app/data/saxs_computation/yp/2yps/2yps.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yp/2yps/2yps.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yp/2yps/2yps.dat