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2yr3

Solution structure of the fourth Ig-like domain from myosin light chain kinase, smooth muscle

Method: SOLUTION NMR Dmax: 42.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin light chain kinase, smooth muscle

Homo sapiens

UniProt Q15746

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 510–601 片段：Ig domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1.13mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2YR3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2CQV Solution structure of the eighth Ig-like domain of human myosin light chain kinase 提交 2005-05-20 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1238–1338（101 aa） 片段：Immunoglobulin I-set domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.64mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl (pH7.0); 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2K0F Calmodulin complexed with calmodulin-binding peptide from smooth muscle myosin light chain kinase 提交 2008-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1742–1760（19 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
5JQA CaM:RM20 complex 提交 2016-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1691–1710（20 aa） 片段：UNP residues 1691-1710
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 25% w/v PEG4000
分辨率 1.80 Å R-free 0.188
5JTH Crystal structure of E67A calmodulin - CaM:RM20 analog complex 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1691–1710（20 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1M Sodium Acetate pH 4.6, 25%(w/v) PEG 4000, 20mM CaCl2
分辨率 1.84 Å R-free 0.196
6C6M IgCam3 of human MLCK1 提交 2018-01-19 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 405–507（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200mM ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
6C6M IgCam3 of human MLCK1 提交 2018-01-19 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 405–507（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200mM ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
6C6M IgCam3 of human MLCK1 提交 2018-01-19 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 405–507（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200mM ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
9MVW Crystal structure of S101F calmodulin - CaM:RM20 analog complex 提交 2025-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1691–1710（20 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；0.1M Sodium Acetate pH 4.6, 25%(w/v) PEG 4000, 20mM CaCl2
分辨率 1.58 Å R-free 0.237
9MXD Human E104A calmodulin:MLCK RM20 complex 提交 2025-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1742–1761（20 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium Acetate pH 4.6, 25%(w/v) PEG 4000, 20mM CaCl2
分辨率 1.17 Å R-free 0.178

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYLK_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–99； UniProt 510–601

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2yr3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2yr3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2yr3
沉积日期 deposition_date2007-04-02
结构标题 titleSolution structure of the fourth Ig-like domain from myosin light chain kinase, smooth muscle
关键词 keywords;Ig domain, Myosin light chain kinase, smooth muscle, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.38 Å
零角强度 I(0) i0664147000.00
分子量 molecular_weight208550.0 kDa
排除体积 excluded_volume256780 ų
包络体积 envelope_volume29734 ų
水化壳体积 shell_volume13766 ų
包络直径 envelope_diameter71.2 Å
壳层 Rg shell_rg25.08 Å
包络 Rg envelope_rg23.02 Å
形状 Rg shape_rg15.37 Å
总 Rg total_rg15.63 Å
总原子数 total_atoms28680
残基数 n_residues1980
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax42.1 Å
Rg (实空间) rg_real14.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.09 Å
I(0) (实空间) i0_real6.2960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal664100000.0000
解质量估计 total_estimate0.6774
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary16.5 Å
偏度 Skewness skewness0.400
峰度 Kurtosis kurtosis-0.234
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha2.4080
最高正则化参数 α highest_alpha185900.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.013; Oscil: 0.952; Stabil: 0.988; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2yr3a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2yr3a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2yr3A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)