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2yvf

Crystal structure of ferredoxin reductase BPHA4 (hydroquinone)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferredoxin reductase

Pseudomonas sp.

UniProt Q52437

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–408 未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 FMT FORMIC ACID × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；2M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 5.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.60 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2YVF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D7Y CRYSTAL STRUCTURE OF NADH-DEPENDENT FERREDOXIN REDUCTASE, BPHA4 提交 1999-10-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–408（408 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Sodium formate Acetate buffer, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.228
1F3P FERREDOXIN REDUCTASE (BPHA4)-NADH COMPLEX 提交 2000-06-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–408（408 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2.0M Sodium formate, 100mM Na acetate buffer, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.291
2YVG crystal structure of ferredoxin reductase, BPHA4 (blue-semiquinone) 提交 2007-04-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–408（408 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；2M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 5.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.220
2YVJ Crystal structure of the ferredoxin-ferredoxin reductase (BPHA3-BPHA4)complex 提交 2007-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–408（408 aa）
链 P 1–408（408 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 30%(W/V) PEG4000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.262
8PXK Structure of NADH-DEPENDENT FERREDOXIN REDUCTASE, BPHA4, solved at wavelength 5.76 A 提交 2023-07-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–408（408 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium formate Acetate buffer, pH 4.6
分辨率 3.77 Å R-free 0.191
8PXL Structure of NADH-DEPENDENT FERREDOXIN REDUCTASE, BPHA4, solved at wavelength 1.37 A 提交 2023-07-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–408（408 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium formate Acetate buffer, pH 4.6
分辨率 1.60 Å R-free 0.204

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q52437_PSES1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–408； UniProt 1–408

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2yvf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2yvf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2yvf
沉积日期 deposition_date2007-04-12
结构标题 titleCrystal structure of ferredoxin reductase BPHA4 (hydroquinone)
关键词 keywordsFLAVOPROTEIN, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.80 Å
零角强度 I(0) i034088800.00
分子量 molecular_weight43736.0 kDa
排除体积 excluded_volume54285 ų
包络体积 envelope_volume63392 ų
水化壳体积 shell_volume24104 ų
包络直径 envelope_diameter71.1 Å
壳层 Rg shell_rg28.75 Å
包络 Rg envelope_rg22.06 Å
形状 Rg shape_rg21.80 Å
总 Rg total_rg22.64 Å
总原子数 total_atoms3075
残基数 n_residues401
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.2 Å
Rg (实空间) rg_real22.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real3.4090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal34090000.0000
解质量估计 total_estimate0.9032
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.9 Å
偏度 Skewness skewness0.211
峰度 Kurtosis kurtosis-0.522
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10140000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.967
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2yvfa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd2yvfa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd2yvfa3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.87 — CO dehydrogenase flavoprotein C-domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.87.1 — FAD/NAD-linked reductases, dimerisation (C-terminal) domain
家族 Family familyd.87.1.1 — FAD/NAD-linked reductases, dimerisation (C-terminal) domain
结构域编号 domain_idd2yvfa4
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2yvfA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id2yvfA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id2yvfA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)