SAXSdb — 2yvr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription intermediary factor 1-beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 201–250 链 B； UniProt 201–250	片段：zf-B_box domain, residues in database 201-250	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；HEPES, PEG4000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YVR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FP0 SOLUTION STRUCTURE OF THE PHD DOMAIN FROM THE KAP-1 COREPRESSOR 提交 2000-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 619–679（61 aa）片段：PHD DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；303 K；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.5-3.0 mM 15N-labelled or unlabelled KAP-1 PHD, 20 mM NaH2PO4, 500 mM NaCl, 5 mM DTT, pH 7.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5-3.0 mM unlabelled KAP-1 PHD, 20 mM NaH2PO4, 500 mM NaCl, 5 mM DTT, pH 7.5 \| 100% D2O	分辨率未提供
2RO1 NMR Solution Structures of Human KAP1 PHD finger-bromodomain 提交 2008-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 624–812（189 aa）片段：UNP residues 624-812	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6H3A Crystal structure of the KAP1 RBCC domain in complex with the SMARCAD1 CUE1 domain. 提交 2018-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 53–434（382 aa）链 F 53–434（382 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.2 M Sodium Malonate, 0.5 % Jeffamine ED-2003 and 0.1 M HEPES pH 7.0	分辨率 5.50 Å R-free 0.303
6I9H Solution structure of TRIM28 RING domain 提交 2018-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 54–145（92 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 1 mM [U-15N] TRIM28 RING, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] TRIM28 RING, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6QAJ Structure of the tripartite motif of KAP1/TRIM28 提交 2018-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 56–413（358 aa）链 B 56–413（358 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；15% (w/v) PEG 3350, 75 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.291
6QU1 Crystal structure of the KAP1 RBCC domain in complex with the SMARCAD1 CUE1 domain at 3.7 angstrom resolution. 提交 2019-02-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 53–142（90 aa）链 A 203–434（232 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25 % PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 3.70 Å R-free 0.346
7Z36 Crystal structure of the KAP1 tripartite motif in complex with the ZNF93 KRAB domain 提交 2022-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 56–140（85 aa）链 B 56–140（85 aa）	突变：KAP1 B-box 1 domain (residues 141-202) deleted 突变：KAP1 B-box 1 domain (residues 141-202) deleted	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；11% (w/v) PEG 5000 MME 5% Tacsimate 0.1 M HEPES pH 7	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
9CDW Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2024-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 485–490（6 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
9CDW Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2024-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 485–490（6 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
9OSC Crystal structure of HP1gamma chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2025-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 483–493（11 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.0 M LiCl2, 0.1 M citrate buffer pH 4.0, and 20% PEG6000	分辨率 1.77 Å R-free 0.236

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIF1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–50； UniProt 201–250 作者链 B； PDB构建体 1–50； UniProt 201–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2yvr
沉积日期 deposition_date	2007-04-13
结构标题 title	Crystal structure of MS1043
关键词 keywords	;zf-B_box domain, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, METAL BINDING PROTEIN ;; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.13 Å
零角强度 I(0) i0	3086270.00
分子量 molecular_weight	10899.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12997 Å³
包络体积 envelope_volume	15536 Å³
水化壳体积 shell_volume	10331 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.6 Å
壳层 Rg shell_rg	18.34 Å
包络 Rg envelope_rg	13.42 Å
形状 Rg shape_rg	13.13 Å
总 Rg total_rg	14.23 Å
总原子数 total_atoms	746
残基数 n_residues	90
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.9 Å
Rg (实空间) rg_real	14.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0860e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5840e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3086000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8021
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	19.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.162
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.350
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	306600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.815; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcription intermediary factor 1-beta
分子量 formula_weight	5947.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	841

RDGERTVYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDHQYQFLEDAVR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	95

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2yvrA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	2yvrB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.950 Å
晶胞边长 b length_b	38.950 Å
晶胞边长 c length_c	125.835 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	33.120 Å
R 因子 r_factor	0.1870
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.2180

fit	/app/data/saxs_computation/yv/2yvr/2yvr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yv/2yvr/2yvr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yv/2yvr/2yvr.dat

Crystal structure of MS1043

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription intermediary factor 1-beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction