Methanocaldococcus jannaschii
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 | 单体 | 蛋白 1 | 无其他共同聚合物 | 与蛋白数一致 |
| 4 | 蛋白异源复合物 | 异源复合物 | 蛋白 3 | Preprotein translocase subunit secE × 1 （Q57817） Preprotein translocase secG subunit × 1 （P60460） | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | SECY_METJA |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–426； UniProt 1–436 |
Methanocaldococcus jannaschii
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 2 | 蛋白单体 | 单体 | 蛋白 1 | 无其他共同聚合物 | 与蛋白数一致 |
| 4 | 蛋白异源复合物 | 异源复合物 | 蛋白 3 | Preprotein translocase subunit secY × 1 （Q60175） Preprotein translocase secG subunit × 1 （P60460） | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | SECE_METJA |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 2 |
| 链与序列区间 | 作者链 B； PDB构建体 1–74； UniProt 1–74 |
Methanocaldococcus jannaschii
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 3 | 蛋白单体 | 单体 | 蛋白 1 | 无其他共同聚合物 | 与蛋白数一致 |
| 4 | 蛋白异源复合物 | 异源复合物 | 蛋白 3 | Preprotein translocase subunit secY × 1 （Q60175） Preprotein translocase subunit secE × 1 （Q57817） | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | SECG_METJA |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 3 |
| 链与序列区间 | 作者链 C； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 |
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
| 条目编号 entry_id | 2yxr |
| 沉积日期 deposition_date | 2007-04-27 |
| 结构标题 title | The plug domain of the SecY protein stablizes the closed state of the translocation channel and maintains a membrane seal |
| 关键词 keywords | translocon, protein translocation, signal peptide, membrane protein, protein secretion, prl mutation, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 24.35 Å |
| Rg（电子密度） | 23.53 Å |
| 总 Rg | 24.53 Å |
| 原子数 | 3218 |
| 残基数 | 422 |
| 排除体积 | 59701 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| Assembly | Model | 结构单元 | 聚集说明 | 状态 | CRYSOL | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1 | 2yxr__assembly_1__model_1 |
monomeric （1） | 成功 | 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) | 查看 下载 |
| 2 | 1 | 2yxr__assembly_2__model_1 |
monomeric （1） | 成功 | 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) | 查看 下载 |
| 3 | 1 | 2yxr__assembly_3__model_1 |
monomeric （1） | 成功 | 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) | 查看 下载 |
| 4 | 1 | 2yxr__assembly_4__model_1 |
trimeric （3） | 成功 | 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) | 查看 下载 |
| 结构域编号 domain_id | d2yxrb1 |
| 类 Class class | f — Membrane and cell surface proteins and peptides |
| 折叠类型 Fold fold | f.23 — Single transmembrane helix |
| 超家族 Superfamily superfamily | f.23.28 — Preprotein translocase SecE subunit |
| 家族 Family family | f.23.28.1 — Preprotein translocase SecE subunit |
| 结构域编号 domain_id | d2yxrc1 |
| 类 Class class | f — Membrane and cell surface proteins and peptides |
| 折叠类型 Fold fold | f.17 — Transmembrane helix hairpin |
| 超家族 Superfamily superfamily | f.17.6 — Sec-beta or SecG subunit of protein translocation channel |
| 家族 Family family | f.17.6.1 — Sec-beta subunit |
| 结构域编号 domain_id | 2yxrA00 |
| 类 Class class | 1 — Mainly Alpha |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Orthogonal Bundle |
| 拓扑 Topology topology | 3370 — Preprotein translocase SecY subunit |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — SecY subunit domain |
| 结构域编号 domain_id | 2yxrB00 |
| 类 Class class | 1 — Mainly Alpha |
| 架构 Architecture architecture | 20 — Up-down Bundle |
| 拓扑 Topology topology | 5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 820 — Preprotein translocase SecE subunit |