SAXSdb — 2z0e

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine protease ATG4B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–354	片段：residues (-2)-354 突变：H280A	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B × 1 （Q62625）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2Z0E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CY7 The crystal structure of human Atg4B 提交 2005-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；potassium phosphate, sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.247
2D1I Structure of human Atg4b 提交 2005-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；0.65M tri-Sodium citrate dihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.00 Å R-free 0.283
2D1I Structure of human Atg4b 提交 2005-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；0.65M tri-Sodium citrate dihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.00 Å R-free 0.283
2Z0D The crystal structure of human Atg4B- LC3(1-120) complex 提交 2007-05-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–354（354 aa）片段：residues (-2)-354	突变：H280A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
2ZZP The crystal structure of human Atg4B(C74S)- LC3(1-124) complex 提交 2009-02-22	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–354（354 aa）片段：residues in database 1-354	突变：C74S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.251
5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 384–393（10 aa）片段：UNP residues 384-393	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol	分辨率 1.58 Å R-free 0.237
5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 384–393（10 aa）片段：UNP residues 384-393	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol	分辨率 1.58 Å R-free 0.237
5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 384–393（10 aa）片段：UNP residues 384-393	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol	分辨率 1.58 Å R-free 0.237
5LXI GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 384–393（10 aa）片段：UNP residues 384-393 链 E 384–393（10 aa）片段：UNP residues 384-393	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PER PEROXIDE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MgCl2, 24.6 % PEG 400, 29.5 % PEG 8000, 0.1M TRIS 8.5	分辨率 1.44 Å R-free 0.230

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATG4B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–357； UniProt 1–354

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

Rattus norvegicus

UniProt Q62625

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–124	未记录	Cysteine protease ATG4B × 1 （Q9Y4P1）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2Z0E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1UGM Crystal Structure of LC3 提交 2003-06-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 0–119（120 aa）片段：residues -4-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 3350, Sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.249
2K6Q LC3 p62 complex structure 提交 2008-07-17	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.125；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] LC3, 1.2 mM p62 peptide, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] p62 peptide, 1.2 mM LC3, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2Z0D The crystal structure of human Atg4B- LC3(1-120) complex 提交 2007-05-07	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
2ZZP The crystal structure of human Atg4B(C74S)- LC3(1-124) complex 提交 2009-02-22	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.251

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MLP3B_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–129； UniProt 1–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2z0e
沉积日期 deposition_date	2007-05-07
结构标题 title	The crystal structure of human Atg4B- LC3(1-124) complex
关键词 keywords	papain-like fold, ubiquitin fold, HYDROLASE-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX; HYDROLASE/STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.54 Å
零角强度 I(0) i0	37843900.00
分子量 molecular_weight	48095.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60356 Å³
包络体积 envelope_volume	71375 Å³
水化壳体积 shell_volume	25917 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.3 Å
壳层 Rg shell_rg	29.98 Å
包络 Rg envelope_rg	24.25 Å
形状 Rg shape_rg	23.56 Å
总 Rg total_rg	24.20 Å
总原子数 total_atoms	3393
残基数 n_residues	433
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7848
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.546
峰度 Kurtosis kurtosis	0.153
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.503; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.729; Smooth: 0.961

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine protease ATG4B
分子量 formula_weight	40111.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
突变 mutation	H280A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3584

GPHMDAATLTYDTLRFAEFEDFPETSEPVWILGRKYSIFTEKDEILSDVASRLWFTYRKNFPAIGGTGPTSDTGWGCMLRCGQMIFAQALVCRHLGRDWRWTQRKRQPDSYFSVLNAFIDRKDSYYSIHQIAQMGVGEGKSIGQWYGPNTVAQVLKKLAVFDTWSSLAVHIAMDNTVVMEEIRRLCRTSVPCAGATAFPADSDRHCNGFPAGAEVTNRPSPWRPLVLLIPLRLGLTDINEAYVETLKHCFMMPQSLGVIGGKPNSAHYFIGYVGEELIYLDPATTQPAVEPTDGCFIPDESFHCQHPPCRMSIAELDPSIAVGFFCKTEDDFNDWCQQVKKLSLLGGALPMFELVEQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
分子量 formula_weight	14932.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPLGSMPSEKTFKQRRSFEQRVEDVRLIREQHPTKIPVIIERYKGEKQLPVLDKTKFLVPDHVNMSELIKIIRRRLQLNANQAFFLLVNGHSMVSVSTPISEVYESERDEDGFLYMVYASQETFGTALA

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	184

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2z0ea_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.22 — Autophagin-like

结构域编号 domain_id	d2z0eb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2z0eB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	46.850 Å
晶胞边长 b length_b	90.883 Å
晶胞边长 c length_c	102.472 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	44.630 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2290

fit	/app/data/saxs_computation/z0/2z0e/2z0e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z0/2z0e/2z0e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z0/2z0e/2z0e.dat

The crystal structure of human Atg4B- LC3(1-124) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine protease ATG4B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)