SAXSdb — 2zah

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 180	CALCIUM ION × 240 UNKNOWN ATOM OR ION × 60 water × 180	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	CALCIUM ION × 4 UNKNOWN ATOM OR ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 15	CALCIUM ION × 20 UNKNOWN ATOM OR ION × 5 water × 15	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 18	CALCIUM ION × 24 UNKNOWN ATOM OR ION × 6 water × 18	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	CALCIUM ION × 4 UNKNOWN ATOM OR ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 15	CALCIUM ION × 20 UNKNOWN ATOM OR ION × 5 water × 15	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3LHM1_MNSV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–331； UniProt 60–390 作者链 B； PDB构建体 1–331； UniProt 60–390 作者链 C； PDB构建体 1–331； UniProt 60–390

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zah
沉积日期 deposition_date	2007-10-05
结构标题 title	X-ray structure of Melon necrotic spot virus
关键词 keywords	plant virus, coat protein, b-annulus, tombusvirus, carmovirus, fungal vector, MNSV, Capsid protein, ICOSAHEDRAL VIRUS, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2zah__assembly_1__model_1`	180-meric （180）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`2zah__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`2zah__assembly_3__model_1`	pentadecameric （15）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`2zah__assembly_4__model_1`	octadecameric （18）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`2zah__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`2zah__assembly_6__model_1`	pentadecameric （15）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Coat protein
分子量 formula_weight	35783.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7095

NISYTEGAKPGAISAPVAISRRVAGMKPRFVRSEGSVKIVHREFIASVLPSNDLTVNNGDVNIGKYRVNPSNNALFTWLQGQAQLYDMYRFTRLRFTYIPTTGSTSTGRVSILWDRDSQDPLPIDRAAISSYAHYADSAPWAENVLVVPCDNTWRYMNDTNAVDRKLVDFGQFLFATYSGAGATAHGDLYVEYAVEFKDPQPIAGMVCMFDRLVSFSEVGSTIKGVNYIADRDVITTGGNIGVNINIPGTYLVTIVLNATSIGSLTFTGNSKLVGNSLNVTSSGASALTFTLNSTGVPNSSNSSFSVGTVVALTRVRMTITRCSPETAYLA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	39

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2zahA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2zahA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4030 —

结构域编号 domain_id	2zahB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2zahB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4030 —

结构域编号 domain_id	2zahC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2zahC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4030 —

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晶胞边长 a length_a	375.004 Å
晶胞边长 b length_b	375.004 Å
晶胞边长 c length_c	375.004 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	360

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	187.500 Å
R 因子 r_factor	0.2092
R_work r_work	0.2084
R_free r_free	0.2237

X-ray structure of Melon necrotic spot virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

X-ray structure of Melon necrotic spot virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)