SAXSdb — 2zl7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

58 kd capsid protein

Norwalk virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 1	alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose × 1 CALCIUM ION × 1 MAGNESIUM ION × 2 ACETATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q83884_9CALI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–295； UniProt 225–519 作者链 B； PDB构建体 1–295； UniProt 225–519

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zl7
沉积日期 deposition_date	2008-04-02
结构标题 title	Atomic resolution structural characterization of recognition of histo-blood group antigens by Norwalk virus
关键词 keywords	Norovirus, Norwalk virus, HBGA, histo-blood group antigen, carbohydrate, VP1, P-domain, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zl7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zl7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zl7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.45 Å
Rg（电子密度）	23.27 Å
总 Rg	24.11 Å
原子数	4355
残基数	571
排除体积	77252 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2zl7__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	58 kd capsid protein
分子量 formula_weight	31529.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5106

EQKTRPFTLPNLPLSSLSNSRAPLPISSMGISPDNVQSVQFQNGRCTLDGRLVGTTPVSLSHVAKIRGTSNGTVINLTELDGTPFHPFEGPAPIGFPDLGGCDWHINMTQFGHSSQTQYDVDTTPDTFVPHLGSIQANGIGSGNYVGVLSWISPPSHPSGSQVDLWKIPNYGSSITEATHLAPSVYPPGFGEVLVFFMSKMPGPGAYNLPCLLPQEYISHLASEQAPTVGEAALLHYVDPDTGRNLGEFKAYPDGFLTCVPNGASSGPQQLPINGVFVFVSWVSRFYQLKPVGTA

来源 Source

来源生物 organism	Norwalk virus
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	529.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	736

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2zl7A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	510 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Positive stranded ssRNA viruses

结构域编号 domain_id	2zl7A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Positive stranded ssRNA viruses

结构域编号 domain_id	2zl7B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	510 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Positive stranded ssRNA viruses

结构域编号 domain_id	2zl7B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Positive stranded ssRNA viruses

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晶胞边长 a length_a	83.069 Å
晶胞边长 b length_b	83.069 Å
晶胞边长 c length_c	164.316 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.350 Å
最低分辨率 resolution_low	30.070 Å
R 因子 r_factor	0.1716
R_work r_work	0.1708
R_free r_free	0.1880

Atomic resolution structural characterization of recognition of histo-blood group antigens by Norwalk virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

58 kd capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zl7__assembly_1__model_1

2zl7__assembly_1__model_1 | I(q)

2zl7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Atomic resolution structural characterization of recognition of histo-blood group antigens by Norwalk virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

58 kd capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zl7__assembly_1__model_1

2zl7__assembly_1__model_1 | I(q)

2zl7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)