2zle

Cryo-EM structure of DegP12/OMP

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 162.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease do

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–474 链 B； UniProt 27–474 链 C； UniProt 27–474 链 E； UniProt 27–474 链 F； UniProt 27–474 链 G； UniProt 27–474 链 H； UniProt 27–474 链 I； UniProt 27–474 链 J； UniProt 27–474 链 K； UniProt 27–474 链 L； UniProt 27–474 链 M； UniProt 27–474	未记录	Outer membrane protein C × 1 （P06996）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Embedded in vitreous ice using C-flat holey carbon grids (CF-2/2-4C-100, Protochip) and a Vitrobot (FEI) at 20 temperature and 100% relative humidity	分辨率 28.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2ZLE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KY9 Crystal Structure of DegP (HtrA) 提交 2002-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–474（448 aa）	突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Isopropanol, PEG 2000 MME, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
1KY9 Crystal Structure of DegP (HtrA) 提交 2002-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 27–474（448 aa）	突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Isopropanol, PEG 2000 MME, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
3CS0 Crystal structure of DegP24 提交 2008-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 A 27–474（448 aa）	突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；PEG 550 MME, NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 292K	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
3MH4 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–474（448 aa）	突变：S210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.309
3MH4 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 27–474（448 aa）	突变：S210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.309
3MH5 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–474（448 aa）	未记录	DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.309
3MH5 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 27–474（448 aa）	未记录	DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.309
3MH6 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 27–474（448 aa）	未记录	DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.309
3MH7 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 27–474（448 aa）	突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；PEG 550 MME, NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.96 Å R-free 0.249
3OTP Crystal structure of the DegP dodecamer with a model substrate 提交 2010-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 27–474（448 aa）片段：UNP residues 27-474 链 B 27–474（448 aa）片段：UNP residues 27-474 链 C 27–474（448 aa）片段：UNP residues 27-474 链 D 27–474（448 aa）片段：UNP residues 27-474 链 E 27–474（448 aa）片段：UNP residues 27-474 链 F 27–474（448 aa）片段：UNP residues 27-474	突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；291 K；65 mM citric acid, 35 mM Bis-Tris propane, 8% PEG3350, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K, temperature 291K	分辨率 3.76 Å R-free 0.251
3OU0 re-refined 3CS0 提交 2010-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 27–474（448 aa）片段：DegP, UNP residues 27-474	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.229
4A8D DegP dodecamer with bound OMP 提交 2011-11-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 B 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 C 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 D 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 E 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 F 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 G 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 H 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 I 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 J 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 K 27–474（448 aa）片段：DEGP 链 L 27–474（448 aa）片段：DEGP	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 300MM NACL, 50MM HEPES- NAOH；pH 8；300MM NACL, 50MM HEPES- NAOH cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；EMBEDDED IN VITREOUS ICE USING C-FLAT HOLEY CARBON GRIDS AND A VITROBOT AT 20C.	分辨率 28.00 Å
6JJK Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator 提交 2019-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 35–474（440 aa）链 B 35–474（440 aa）链 C 35–474（440 aa）链 D 35–474（440 aa）链 E 35–474（440 aa）链 F 35–474（440 aa）	突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；10% PEG3350 and 0.1 M tacsimate pH 3.4	分辨率 3.60 Å R-free 0.265
6JJL Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator 提交 2019-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 35–474（440 aa）链 B 35–474（440 aa）链 C 35–474（440 aa）链 D 35–474（440 aa）链 E 35–474（440 aa）链 F 35–474（440 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；11% PEG3350, 0.1 M tacsimate pH 3.5	分辨率 4.20 Å R-free 0.326
6JJO Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator 提交 2019-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 27–474（448 aa）链 B 27–474（448 aa）链 C 27–474（448 aa）链 D 27–474（448 aa）链 E 27–474（448 aa）链 F 27–474（448 aa）	突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；11% PEG3350 and 0.1 M tacsimate pH 3.5	分辨率 4.16 Å R-free 0.278
8F0A Client-bound structure of a DegP trimer within a 12mer cage 提交 2022-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.60 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 12.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 12.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 12.10 Å
8F1U Structure of a 24mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 13.80 Å
8F1U Structure of a 24mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 13.80 Å
8F1U Structure of a 24mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 13.80 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 90 PDB 声明：90-meric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 14.10 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 14.10 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 B 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 C 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 E 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) 链 F 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 14.10 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–385（348 aa）片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 链 D 400–474（75 aa）片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.70 Å

共 18 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DEGP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 B； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 C； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 E； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 F； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 G； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 H； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 I； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 J； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 K； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 L； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 M； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474

Outer membrane protein C

Escherichia coli

UniProt P06996

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 22–367	未记录	Protease do × 12 （P0C0V0）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Embedded in vitreous ice using C-flat holey carbon grids (CF-2/2-4C-100, Protochip) and a Vitrobot (FEI) at 20 temperature and 100% relative humidity	分辨率 28.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2ZLE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2J1N osmoporin OmpC 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 22–367（346 aa）链 B 22–367（346 aa）链 C 22–367（346 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 D12 DODECANE × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 25 MG/ML OMPC IN 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0), 0.5 M NACL, 1.8 % (W/W) N-OCTYL-2- HYDROXYETHYLSULFOXIDE (C8HESO), 0.3 % (V/V) OCTYL-POLYOXYETHYLENE (OCTYL-POE) WERE EQUILIBRATED AGAINST A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0), 0.5 M NACL AND 28% PEG2000.	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
2J4U E.coli OmpC - camel Lactoferrin complex 提交 2006-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 22–367（346 aa）片段：RESIDUES 22-367 链 Q 22–367（346 aa）片段：RESIDUES 22-367 链 R 22–367（346 aa）片段：RESIDUES 22-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.99 Å R-free 0.282
2J4U E.coli OmpC - camel Lactoferrin complex 提交 2006-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 U 22–367（346 aa）片段：RESIDUES 22-367 链 V 22–367（346 aa）片段：RESIDUES 22-367 链 W 22–367（346 aa）片段：RESIDUES 22-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.99 Å R-free 0.282
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC	链 D 22–367（346 aa）片段：outer membrane protein C	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 22–367（346 aa）片段：outer membrane protein C	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 D 22–367（346 aa）片段：outer membrane protein C	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 D 22–367（346 aa）片段：outer membrane protein C	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 22–367（346 aa）片段：outer membrane protein C	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
4A8D DegP dodecamer with bound OMP 提交 2011-11-20	实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 M 22–367（346 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 300MM NACL, 50MM HEPES- NAOH；pH 8；300MM NACL, 50MM HEPES- NAOH cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；EMBEDDED IN VITREOUS ICE USING C-FLAT HOLEY CARBON GRIDS AND A VITROBOT AT 20C.	分辨率 28.00 Å
8I8R Cryo-EM Structure of OmpC3-MlaA Complex in MSP2N2 Nanodiscs 提交 2023-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–367（346 aa）链 B 22–367（346 aa）链 C 22–367（346 aa）	未记录	KDL (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；Tris-buffered saline (TBS) buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
8I8X Cryo-EM Structure of OmpC3-MlaA-MlaC Complex in MSP2N2 Nanodiscs 提交 2023-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 22–367（346 aa）链 B 22–367（346 aa）链 C 22–367（346 aa）	未记录	KDL (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；Tris-buffered saline (TBS) buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OMPC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–346； UniProt 22–367

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zle
沉积日期 deposition_date	2008-04-09
结构标题 title	Cryo-EM structure of DegP12/OMP
关键词 keywords	;DegP, HtrA, protease, chaperone, PDZ, outer membrane protein, OMP, periplasm, Hydrolase, Serine protease, Stress response, Ion transport, Phage recognition, Porin, Transmembrane, Transport ;; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.35 Å
零角强度 I(0) i0	4163330000.00
分子量 molecular_weight	538040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	673140 Å³
包络体积 envelope_volume	1068000 Å³
水化壳体积 shell_volume	150680 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.4 Å
壳层 Rg shell_rg	65.96 Å
包络 Rg envelope_rg	53.39 Å
形状 Rg shape_rg	56.28 Å
总 Rg total_rg	56.79 Å
总原子数 total_atoms	37730
残基数 n_residues	5098
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	162.7 Å
Rg (实空间) rg_real	56.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1630e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4169000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8511
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	69.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.068
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.623
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	496300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.341

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protease do
分子量 formula_weight	46868.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,E,F,G,H,I,J,K,L,M
原子数 atom_count	37730

AETSSATTAQQMPSLAPMLEKVMPSVVSINVEGSTTVNTPRMPRNFQQFFGDDSPFCQEGSPFQSSPFCQGGQGGNGGGQQQKFMALGSGVIIDADKGYVVTNNHVVDNATVIKVQLSDGRKFDAKMVGKDPRSDIALIQIQNPKNLTAIKMADSDALRVGDYTVAIGNPFGLGETVTSGIVSALGRSGLNAENYENFIQTDAAINRGNSGGALVNLNGELIGINTAILAPDGGNIGIGFAIPSNMVKNLTSQMVEYGQVKRGELGIMGTELNSELAKAMKVDAQRGAFVSQVLPNSSAAKAGIKAGDVITSLNGKPISSFAALRAQVGTMPVGSKLTLGLLRDGKQVNVNLELQQSSQNQVDSSSIFNGIEGAEMSNKGKDQGVVVNNVKTGTPAAQIGLKKGDVIIGANQQAVKNIAELRKVLDSKPSVLALNIQRGDSTIYLLMQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Outer membrane protein C
分子量 formula_weight	38336.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

AEVYNKDGNKLDLYGKVDGLHYFSDNKDVDGDQTYMRLGFKGETQVTDQLTGYGQWEYQIQGNSAENENNSWTRVAFAGLKFQDVGSFDYGRNYGVVYDVTSWTDVLPEFGGDTYGSDNFMQQRGNGFATYRNTDFFGLVDGLNFAVQYQGKNGNPSGEGFTSGVTNNGRDALRQNGDGVGGSITYDYEGFGIGGAISSSKRTDAQNTAAYIGNGDRAETYTGGLKYDANNIYLAAQYTQTYNATRVGSLGWANKAQNFEAVAQYQFDFGLRPSLAYLQSKGKNLGRGYDDEDILKYVDVGATYYFNKNMSTYVDYKINLLDDNQFTRDAGINTDNIVALGLVYQF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (36 domains)

结构域编号 domain_id	d2zlea1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlea2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlea3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zleb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zleb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zleb3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlec1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlec2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlec3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlee1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlee2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlee3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlef1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlef2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

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类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
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家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

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类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

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类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

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类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
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家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

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类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

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类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zleh3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlei1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlei2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlei3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlej1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlej2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlej3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlek1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlek2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlek3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlel1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlel2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlel3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlem1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlem2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlem3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	28.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	6285

fit	/app/data/saxs_computation/zl/2zle/2zle.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zl/2zle/2zle.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zl/2zle/2zle.dat

Cryo-EM structure of DegP12/OMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease do

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer membrane protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (36 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)