2zle

Cryo-EM structure of DegP12/OMP

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease do

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	Outer membrane protein C × 1 （P06996）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DEGP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 B； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 C； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 E； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 F； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 G； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 H； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 I； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 J； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 K； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 L； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 M； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474

Outer membrane protein C

Escherichia coli

UniProt P06996

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	Protease do × 12 （P0C0V0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OMPC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–346； UniProt 22–367

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zle
沉积日期 deposition_date	2008-04-09
结构标题 title	Cryo-EM structure of DegP12/OMP
关键词 keywords	;DegP, HtrA, protease, chaperone, PDZ, outer membrane protein, OMP, periplasm, Hydrolase, Serine protease, Stress response, Ion transport, Phage recognition, Porin, Transmembrane, Transport ;; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zle__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zle__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zle__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	56.76 Å
Rg（电子密度）	56.35 Å
总 Rg	56.79 Å
原子数	37730
残基数	5098
排除体积	673140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2zle__assembly_1__model_1`	tridecameric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protease do
分子量 formula_weight	46868.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,E,F,G,H,I,J,K,L,M
原子数 atom_count	37730

AETSSATTAQQMPSLAPMLEKVMPSVVSINVEGSTTVNTPRMPRNFQQFFGDDSPFCQEGSPFQSSPFCQGGQGGNGGGQQQKFMALGSGVIIDADKGYVVTNNHVVDNATVIKVQLSDGRKFDAKMVGKDPRSDIALIQIQNPKNLTAIKMADSDALRVGDYTVAIGNPFGLGETVTSGIVSALGRSGLNAENYENFIQTDAAINRGNSGGALVNLNGELIGINTAILAPDGGNIGIGFAIPSNMVKNLTSQMVEYGQVKRGELGIMGTELNSELAKAMKVDAQRGAFVSQVLPNSSAAKAGIKAGDVITSLNGKPISSFAALRAQVGTMPVGSKLTLGLLRDGKQVNVNLELQQSSQNQVDSSSIFNGIEGAEMSNKGKDQGVVVNNVKTGTPAAQIGLKKGDVIIGANQQAVKNIAELRKVLDSKPSVLALNIQRGDSTIYLLMQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Outer membrane protein C
分子量 formula_weight	38336.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

AEVYNKDGNKLDLYGKVDGLHYFSDNKDVDGDQTYMRLGFKGETQVTDQLTGYGQWEYQIQGNSAENENNSWTRVAFAGLKFQDVGSFDYGRNYGVVYDVTSWTDVLPEFGGDTYGSDNFMQQRGNGFATYRNTDFFGLVDGLNFAVQYQGKNGNPSGEGFTSGVTNNGRDALRQNGDGVGGSITYDYEGFGIGGAISSSKRTDAQNTAAYIGNGDRAETYTGGLKYDANNIYLAAQYTQTYNATRVGSLGWANKAQNFEAVAQYQFDFGLRPSLAYLQSKGKNLGRGYDDEDILKYVDVGATYYFNKNMSTYVDYKINLLDDNQFTRDAGINTDNIVALGLVYQF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (36 domains)

结构域编号 domain_id	d2zlea1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlea2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlea3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zleb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zleb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zleb3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlec1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlec2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlec3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlee1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlee2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlee3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlef1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlef2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlef3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zleg1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zleg2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zleg3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zleh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zleh2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zleh3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlei1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlei2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlei3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlej1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlej2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlej3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlek1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlek2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlek3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlel1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlel2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlel3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2zlem1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlem2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.4 — HtrA-like serine proteases

结构域编号 domain_id	d2zlem3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

▶

分辨率 resolution	28.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	6285

Cryo-EM structure of DegP12/OMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease do

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer membrane protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zle__assembly_1__model_1

2zle__assembly_1__model_1 | I(q)

2zle__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (36 domains)

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of DegP12/OMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease do

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zle__assembly_1__model_1

2zle__assembly_1__model_1 | I(q)

2zle__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (36 domains)

7. 引用文献 (1)