SAXSdb — 8f0a

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f0a
沉积日期 deposition_date	2022-11-02
结构标题 title	Client-bound structure of a DegP trimer within a 12mer cage
关键词 keywords	Protease, chaperone, hydrolase, cage, complex; CHAPERONE, HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.54 Å
零角强度 I(0) i0	245796000.00
分子量 molecular_weight	126630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159060 Å³
包络体积 envelope_volume	213720 Å³
水化壳体积 shell_volume	49592 Å³
包络直径 envelope_diameter	123.7 Å
壳层 Rg shell_rg	41.91 Å
包络 Rg envelope_rg	36.77 Å
形状 Rg shape_rg	36.50 Å
总 Rg total_rg	37.05 Å
总原子数 total_atoms	18060
残基数 n_residues	1212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	245800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8881
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.332
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.523
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	60630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.906

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Periplasmic serine endoprotease DegP
分子量 formula_weight	36376.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.107
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	18060

MPSLAPMLEKVMPSVVSINVEGSTTVNTPRMPRNFQQFFGDDSPFCQEGSPFQSSPFCQGGQGGNGGGQQQKFMALGSGVIIDADKGYVVTNNHVVDNATVIKVQLSDGRKFDAKMVGKDPRSDIALIQIQNPKNLTAIKMADSDALRVGDYTVAIGNPFGLGETVTSGIVSALGRSGLNAENYENFIQTDAAINRGNAGGALVNLNGELIGINTAILAPDGGNIGIGFAIPSNMVKNLTSQMVEYGQVKRGELGIMGTELNSELAKAMKVDAQRGAFVSQVLPNSSAAKAGIKAGDVITSLNGKPISSFAALRAQVGTMPVGSKLTLGLLRDGKQVNVNLELQQSSQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Periplasmic serine endoprotease DegP
分子量 formula_weight	7970.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.107
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

AEMSNKGKDQGVVVNNVKTGTPAAQIGLKKGDVIIGANQQAVKNIAELRKVLDSKPSVLALNIQRGDSTIYLLMQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Telomeric repeat-binding factor 1
分子量 formula_weight	3417.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c

SKILLHYKFNNRTSVMLKDRWRTMKKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8f0aD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	8f0aE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	8f0aF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	483190

fit	/app/data/saxs_computation/f0/8f0a/8f0a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f0/8f0a/8f0a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f0/8f0a/8f0a.dat

Client-bound structure of a DegP trimer within a 12mer cage

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)