SAXSdb — 2znv

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AMSH-like protease

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 264–436	片段：MPN domain, DUB domain, UNP residues 264-436 突变：E292A	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；180mM tri-ammonium citrate (pH 7.0), 24% PEG 3350, 3% 1,6-Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 264–436	片段：MPN domain, DUB domain, UNP residues 264-436 突变：E292A	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；180mM tri-ammonium citrate (pH 7.0), 24% PEG 3350, 3% 1,6-Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2ZNV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2ZNR Crystal structure of the DUB domain of human AMSH-LP 提交 2008-05-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 264–436（173 aa）片段：MPN domain, DUB domain, Unp residues 264-436	未记录	ZN ZINC ION × 2 PR PRASEODYMIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；45mM sodium acetate buffer (pH 4.6), 22% PEG 4000, 90mM ammonium acetate, 10mM praseodymium (III) acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.20 Å R-free 0.165
7L97 Crystal structure of STAMBPL1 in complex with an engineered binder 提交 2021-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 263–436（174 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 1500, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES pH7.5	分辨率 2.01 Å R-free 0.214

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STALP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–178； UniProt 264–436 作者链 D； PDB构建体 6–178； UniProt 264–436

Ubiquitin

Mus musculus

UniProt P62991

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–76	突变：K63R 突变：M77D	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；180mM tri-ammonium citrate (pH 7.0), 24% PEG 3350, 3% 1,6-Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–76	突变：K63R 突变：M77D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；180mM tri-ammonium citrate (pH 7.0), 24% PEG 3350, 3% 1,6-Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–76	突变：K63R 突变：M77D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；180mM tri-ammonium citrate (pH 7.0), 24% PEG 3350, 3% 1,6-Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–76	突变：K63R 突变：M77D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；180mM tri-ammonium citrate (pH 7.0), 24% PEG 3350, 3% 1,6-Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2ZNV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3A1Q Crystal structure of the mouse RAP80 UIMs in complex with Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2009-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	突变：77D 突变：K63R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100mM Tris-HCl(pH8.5), 32% PEG4000, 200mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3A1Q Crystal structure of the mouse RAP80 UIMs in complex with Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2009-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–76（76 aa）链 E 1–76（76 aa）	突变：77D 突变：K63R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100mM Tris-HCl(pH8.5), 32% PEG4000, 200mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3A9J Crystal structure of the mouse TAB2-NZF in complex with Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2009-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	突变：K63R 突变：77D	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；90mM Bis-Tris-HCl (pH 6.5), 180mM ammonium acetate, 21% PE3350, 4% pentaerythritol ethoxylate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.18 Å R-free 0.191
3A9K Crystal structure of the mouse TAB3-NZF in complex with Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2009-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	突变：K63R 突变：77D	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM Bis-Tris-HCl (pH 6.5), 21% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.40 Å R-free 0.218

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBIQ_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 C； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 F； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2znv
沉积日期 deposition_date	2008-05-01
结构标题 title	Crystal structure of human AMSH-LP DUB domain in complex with Lys63-linked ubiquitin dimer
关键词 keywords	;protein complex, metal binding protein, Alternative splicing, Hydrolase, Metal-binding, Metalloprotease, Protease, Ubl conjugation pathway, Zinc, Cytoplasm, Nucleus, Phosphoprotein, HYDROLASE-Signaling Protein COMPLEX ;; HYDROLASE/Signaling Protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.84 Å
零角强度 I(0) i0	82237600.00
分子量 molecular_weight	72305.0 kDa
排除体积 excluded_volume	91006 Å³
包络体积 envelope_volume	114170 Å³
水化壳体积 shell_volume	32481 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.41 Å
包络 Rg envelope_rg	29.52 Å
形状 Rg shape_rg	29.84 Å
总 Rg total_rg	30.45 Å
总原子数 total_atoms	5065
残基数 n_residues	640
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	82240000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8924
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.345
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.512
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.903

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AMSH-like protease
分子量 formula_weight	19916.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.2.15
突变 mutation	E292A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	5691

GPGHMEGLRCVVLPEDLCHKFLQLAESNTVRGIATCGILCGKLTHNEFTITHVIVPKQSAGPDYCDMENVEELFNVQDQHDLLTLGWIHTHPTQTAFLSSVDLHTHCSYQLMLPEAIAIVCSPKHKDTGIFRLTNAGMLEVSACKKKGFHPHTKEPRLFSICKHVLVKDIKIIVLDLR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8604.8 kDa
突变 mutation	K63R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQRESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8691.9 kDa
突变 mutation	M77D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	605

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2znva_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.97 — Cytidine deaminase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.97.3 — JAB1/MPN domain
家族 Family family	c.97.3.1 — JAB1/MPN domain

结构域编号 domain_id	d2znvb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d2znvc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d2znvd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.97 — Cytidine deaminase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.97.3 — JAB1/MPN domain
家族 Family family	c.97.3.1 — JAB1/MPN domain

结构域编号 domain_id	d2znve_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d2znvf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2znvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

结构域编号 domain_id	2znvB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2znvC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2znvD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

结构域编号 domain_id	2znvE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2znvF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	38.089 Å
晶胞边长 b length_b	97.363 Å
晶胞边长 c length_c	87.894 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	32.470 Å
R 因子 r_factor	0.1851
R_work r_work	0.1835
R_free r_free	0.2152

fit	/app/data/saxs_computation/zn/2znv/2znv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zn/2znv/2znv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zn/2znv/2znv.dat

Crystal structure of human AMSH-LP DUB domain in complex with Lys63-linked ubiquitin dimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AMSH-like protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)