SAXSdb — 2zzp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine protease ATG4B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B × 1 （Q62625） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATG4B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–357； UniProt 1–354

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

Rattus norvegicus

UniProt Q62625

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cysteine protease ATG4B × 1 （Q9Y4P1） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MLP3B_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–129； UniProt 1–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zzp
沉积日期 deposition_date	2009-02-22
结构标题 title	The crystal structure of human Atg4B(C74S)- LC3(1-124) complex
关键词 keywords	;papain-like fold, ubiquitin fold, Alternative splicing, Autophagy, Cytoplasm, Hydrolase, Phosphoprotein, Polymorphism, Protease, Protein transport, Thiol protease, Transport, Ubl conjugation pathway, Cytoplasmic vesicle, Lipoprotein, Membrane, Microtubule, HYDROLASE-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX ;; HYDROLASE/STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zzp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zzp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zzp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.41 Å
Rg（电子密度）	23.59 Å
总 Rg	24.28 Å
原子数	3421
残基数	430
排除体积	61070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2zzp__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine protease ATG4B
分子量 formula_weight	40162.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
突变 mutation	C74S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3574

GPHMDAATLTYDTLRFAEFEDFPETSEPVWILGRKYSIFTEKDEILSDVASRLWFTYRKNFPAIGGTGPTSDTGWGSMLRCGQMIFAQALVCRHLGRDWRWTQRKRQPDSYFSVLNAFIDRKDSYYSIHQIAQMGVGEGKSIGQWYGPNTVAQVLKKLAVFDTWSSLAVHIAMDNTVVMEEIRRLCRTSVPCAGATAFPADSDRHCNGFPAGAEVTNRPSPWRPLVLLIPLRLGLTDINEAYVETLKHCFMMPQSLGVIGGKPNSAHYFIGYVGEELIYLDPHTTQPAVEPTDGCFIPDESFHCQHPPCRMSIAELDPSIAVGFFCKTEDDFNDWCQQVKKLSLLGGALPMFELVEQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
分子量 formula_weight	14932.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPLGSMPSEKTFKQRRSFEQRVEDVRLIREQHPTKIPVIIERYKGEKQLPVLDKTKFLVPDHVNMSELIKIIRRRLQLNANQAFFLLVNGHSMVSVSTPISEVYESERDEDGFLYMVYASQETFGTALA

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	153

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2zzpa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.22 — Autophagin-like

结构域编号 domain_id	d2zzpb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2zzpB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	49.250 Å
晶胞边长 b length_b	93.146 Å
晶胞边长 c length_c	101.999 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	25.440 Å
R 因子 r_factor	0.2080
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2510

The crystal structure of human Atg4B(C74S)- LC3(1-124) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine protease ATG4B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zzp__assembly_1__model_1

2zzp__assembly_1__model_1 | I(q)

2zzp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of human Atg4B(C74S)- LC3(1-124) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine protease ATG4B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zzp__assembly_1__model_1

2zzp__assembly_1__model_1 | I(q)

2zzp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)