SAXSdb — 30hu

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A3a； UniProt 1–598 链 A3b； UniProt 1–598 链 A3c； UniProt 1–598 链 A3d； UniProt 1–598	未记录	Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5 × 1 （A0QTE6） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL × 1	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 30HU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9T97 cryo-EM structure of AccA3/AccD4/AccD5/AccE5 complex from Mycobacterium smegmatis 提交 2025-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：15-meric	链 A3a 1–598（598 aa）链 A3b 1–598（598 aa）链 A3c 1–598（598 aa）链 A3d 1–598（598 aa）链 A3f 1–598（598 aa）链 A3g 1–598（598 aa）链 A3i 1–598（598 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.35 Å
9TDM Cryo-EM structure of AccA3/AccD4/AccD5/AccE5 in complex with Propionyl-CoA 提交 2025-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 A3a 1–598（598 aa）链 A3b 1–598（598 aa）链 A3c 1–598（598 aa）链 A3d 1–598（598 aa）链 A3e 1–598（598 aa）链 A3f 1–598（598 aa）链 A3g 1–598（598 aa）链 A3h 1–598（598 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
9YX1 Structure of the long chain acyl-CoA carboxylase complex from Mycobacterium smegmatis 提交 2025-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric	链 A 1–598（598 aa）链 B 1–598（598 aa）链 C 1–598（598 aa）链 D 1–598（598 aa）链 I 1–598（598 aa）链 J 1–598（598 aa）链 K 1–598（598 aa）链 L 1–598（598 aa）链 Q 1–598（598 aa）链 R 1–598（598 aa）链 S 1–598（598 aa）链 T 1–598（598 aa）	未记录	BTN BIOTIN × 6 BCT BICARBONATE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9YX2 Structure of the long chain acyl-CoA carboxylase complex from Mycobacterium smegmatis with ATP, bicarbonate, and propionyl-CoA 提交 2025-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric	链 A 1–598（598 aa）链 B 1–598（598 aa）链 C 1–598（598 aa）链 D 1–598（598 aa）链 I 1–598（598 aa）链 J 1–598（598 aa）链 K 1–598（598 aa）链 L 1–598（598 aa）链 Q 1–598（598 aa）链 R 1–598（598 aa）链 S 1–598（598 aa）链 T 1–598（598 aa）	未记录	BTN BIOTIN × 6 BCT BICARBONATE ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 1VU propionyl Coenzyme A × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9YX4 Structure of the long chain acyl-CoA carboxylase complex from Mycobacterium smegmatis with ATP, bicarbonate, arachidoyl-CoA, and propionyl-CoA 提交 2025-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric	链 A 1–598（598 aa）链 B 1–598（598 aa）链 C 1–598（598 aa）链 D 1–598（598 aa）链 I 1–598（598 aa）链 J 1–598（598 aa）链 K 1–598（598 aa）链 L 1–598（598 aa）链 Q 1–598（598 aa）链 R 1–598（598 aa）链 S 1–598（598 aa）链 T 1–598（598 aa）	未记录	BTN BIOTIN × 6 BCT BICARBONATE ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 A1CZD S-{(3S,5S,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5,10,14-tetraoxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (11E,14E,16E)-icosa-11,14,16-trienethioate (non-preferred name) × 2 1VU propionyl Coenzyme A × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
9YX5 Structure of the long chain acyl-CoA carboxylase complex from Mycobacterium smegmatis with MSMEG_0435-MSMEG_0436 bound 提交 2025-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：26-meric	链 A 1–598（598 aa）链 B 1–598（598 aa）链 C 1–598（598 aa）链 D 1–598（598 aa）链 I 1–598（598 aa）链 J 1–598（598 aa）链 K 1–598（598 aa）链 L 1–598（598 aa）链 Q 1–598（598 aa）链 R 1–598（598 aa）链 S 1–598（598 aa）链 T 1–598（598 aa）链 U 1–598（598 aa）链 X 1–598（598 aa）	未记录	A1CZD S-{(3S,5S,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5,10,14-tetraoxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (11E,14E,16E)-icosa-11,14,16-trienethioate (non-preferred name) × 2 1VU propionyl Coenzyme A × 4 BTN BIOTIN × 5 BCT BICARBONATE ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0QTE1_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A3a； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598 作者链 A3b； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598 作者链 A3c； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598 作者链 A3d； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598

Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5

物种未注明

UniProt A0QTE6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 E5a； UniProt 1–94	未记录	Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit × 4 （A0QTE1） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL × 1	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 30HU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9T97 cryo-EM structure of AccA3/AccD4/AccD5/AccE5 complex from Mycobacterium smegmatis 提交 2025-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：15-meric	链 E5a 1–94（94 aa）链 E5b 1–94（94 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.35 Å
9TDM Cryo-EM structure of AccA3/AccD4/AccD5/AccE5 in complex with Propionyl-CoA 提交 2025-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 E5a 1–94（94 aa）链 E5b 1–94（94 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
9YX1 Structure of the long chain acyl-CoA carboxylase complex from Mycobacterium smegmatis 提交 2025-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric	链 E 1–94（94 aa）链 P 1–94（94 aa）	未记录	BTN BIOTIN × 6 BCT BICARBONATE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9YX2 Structure of the long chain acyl-CoA carboxylase complex from Mycobacterium smegmatis with ATP, bicarbonate, and propionyl-CoA 提交 2025-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric	链 E 1–94（94 aa）链 P 1–94（94 aa）	未记录	BTN BIOTIN × 6 BCT BICARBONATE ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 1VU propionyl Coenzyme A × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9YX4 Structure of the long chain acyl-CoA carboxylase complex from Mycobacterium smegmatis with ATP, bicarbonate, arachidoyl-CoA, and propionyl-CoA 提交 2025-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric	链 E 1–94（94 aa）链 P 1–94（94 aa）	未记录	BTN BIOTIN × 6 BCT BICARBONATE ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 A1CZD S-{(3S,5S,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5,10,14-tetraoxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (11E,14E,16E)-icosa-11,14,16-trienethioate (non-preferred name) × 2 1VU propionyl Coenzyme A × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
9YX5 Structure of the long chain acyl-CoA carboxylase complex from Mycobacterium smegmatis with MSMEG_0435-MSMEG_0436 bound 提交 2025-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：26-meric	链 E 1–94（94 aa）链 P 1–94（94 aa）	未记录	A1CZD S-{(3S,5S,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5,10,14-tetraoxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (11E,14E,16E)-icosa-11,14,16-trienethioate (non-preferred name) × 2 1VU propionyl Coenzyme A × 4 BTN BIOTIN × 5 BCT BICARBONATE ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0QTE6_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E5a； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	30hu
沉积日期 deposition_date	2026-04-27
结构标题 title	cryo-EM structure of AccA3-AccE5 complex in the presence of Arachidyl-CoA
关键词 keywords	Bio-dependent acyl-CoA carboxylase, AccA3-AccE5 complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.91 Å
零角强度 I(0) i0	712231000.00
分子量 molecular_weight	219720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	274220 Å³
包络体积 envelope_volume	406310 Å³
水化壳体积 shell_volume	66605 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.4 Å
壳层 Rg shell_rg	54.12 Å
包络 Rg envelope_rg	49.44 Å
形状 Rg shape_rg	50.91 Å
总 Rg total_rg	50.99 Å
总原子数 total_atoms	15502
残基数 n_residues	2045
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.6 Å
Rg (实空间) rg_real	51.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	712100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8393
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.229
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.797
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	120200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.981; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.001

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
分子量 formula_weight	63215.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.4.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A3a,A3b,A3c,A3d
原子数 atom_count	15502

MANHASSKISKVLVANRGEIAVRVIRAAKDAGLASVAVYAEPDADAPHVRLADEAFALGGQTSAESYLVFEKILDAAEKSGANAIHPGYGFLSENADFAQAVIDAGLIWIGPSPQSIRDLGDKVTARHIAARAKAPLVPGTPDPVKDADEVVAFAKEHGVPVAIKAAFGGGGRGMKVARTLEEIPELFESATREAIAAFGRGECFVERYLDKPRHVEAQVIADQHGNVVVAGTRDCSLQRRFQKLVEEAPAPFLTDAQRKEIHESAKRICKEAGYYGAGTVEYLVGQDGLISFLEVNTRLQVEHPVTEETSGIDLVRQQFKIANGEPLDITEDPTPRGHSFEFRINGEDAGRGFLPAPGPVTKFVAPTGPGVRMDSGVETGSVIGGQFDSMLAKLIVTGATREEALERSRRALAEFTVEGLATVIPFHRAVVSDPAFIGDGEKFDVHTRWIETEWNNTVEPFTGGDPIEEEDTVPRQTVVVEVGGRRLEVSLPGDLAIGGGGGAAAPGVVRKKPKPRKRGGGGAKAASGDAVTAPMQGTVVKVAVEEGQEVSAGDLVVVLEAMKMENPVTAHKDGTITGLAVEAGAAITQGTVIAEIK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5
分子量 formula_weight	10357.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E5a

MSGANDSTTVSGEVQADVTDEAKADHEAHIKVLRGEPTPEEMAALMAVLASAGGGPAEPVKKERNMWGHPVDKLRYSVFSWQRVTLLERTHMRR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL
分子量 formula_weight	228.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	375.200 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	76111

fit	/app/data/saxs_computation/0h/30hu/30hu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/0h/30hu/30hu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/0h/30hu/30hu.dat

cryo-EM structure of AccA3-AccE5 complex in the presence of Arachidyl-CoA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)