3a1p

Structure of Ribosome maturation protein RimM and Ribosomal protein S19

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosome maturation factor rimM

Thermus thermophilus

UniProt Q5SJH5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 30S ribosomal protein S19 × 1 (Q5SHP2) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 30S ribosomal protein S19 × 1 (Q5SHP2) UNKNOWN ATOM OR ION × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RIMM_THET8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–162; UniProt 1–162 作者链 C; PDB构建体 1–162; UniProt 1–162

30S ribosomal protein S19

Thermus thermophilus

UniProt Q5SHP2

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Ribosome maturation factor rimM × 1 (Q5SJH5) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Ribosome maturation factor rimM × 1 (Q5SJH5) UNKNOWN ATOM OR ION × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RS19_THET8
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–93; UniProt 1–93 作者链 D; PDB构建体 1–93; UniProt 1–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3a1p
沉积日期 deposition_date2009-04-21
结构标题 titleStructure of Ribosome maturation protein RimM and Ribosomal protein S19
关键词 keywords;RimM N-terminal domain, PRC-barrel domain, beta barrels, ribosome, 30S ribosomal subunit, ribosome biogenesis, 16S rRNA processing, ribosomal protein, rRNA binding, protein-protein complex, Chaperone, Cytoplasm, Ribonucleoprotein, RNA-binding, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI ;; RIBOSOMAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3a1p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3a1p__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3a1p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.19 Å
Rg(电子密度)21.43 Å
总 Rg22.22 Å
原子数1955
残基数246
排除体积34999 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3a1p__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3a1p__assembly_2__model_1 dimeric (2) 排除 — —
排除原因: 来源记录无法明确判定原子或离子的元素,因此不能可靠计算。
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3a1pA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — RimM
结构域编号 domain_id3a1pA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily240 — PRC-barrel domain
结构域编号 domain_id3a1pB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology860 — 30s Ribosomal Protein S19; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribosomal protein S19/S15
结构域编号 domain_id3a1pC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — RimM
结构域编号 domain_id3a1pC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily240 — PRC-barrel domain
结构域编号 domain_id3a1pD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology860 — 30s Ribosomal Protein S19; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribosomal protein S19/S15
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7. 引用文献 (1)