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3a9k

Crystal structure of the mouse TAB3-NZF in complex with Lys63-linked di-ubiquitin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

Mus musculus

UniProt P62991

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–76 链 B； UniProt 1–76 突变：K63R 突变：77D Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 3 × 1 （Q571K4） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM Bis-Tris-HCl (pH 6.5), 21% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.40 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3A9K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2ZNV Crystal structure of human AMSH-LP DUB domain in complex with Lys63-linked ubiquitin dimer 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：K63R EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；180mM tri-ammonium citrate (pH 7.0), 24% PEG 3350, 3% 1,6-Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.215
2ZNV Crystal structure of human AMSH-LP DUB domain in complex with Lys63-linked ubiquitin dimer 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：M77D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；180mM tri-ammonium citrate (pH 7.0), 24% PEG 3350, 3% 1,6-Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.215
2ZNV Crystal structure of human AMSH-LP DUB domain in complex with Lys63-linked ubiquitin dimer 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–76（76 aa）
突变：K63R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；180mM tri-ammonium citrate (pH 7.0), 24% PEG 3350, 3% 1,6-Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.215
2ZNV Crystal structure of human AMSH-LP DUB domain in complex with Lys63-linked ubiquitin dimer 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 1–76（76 aa）
突变：M77D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；180mM tri-ammonium citrate (pH 7.0), 24% PEG 3350, 3% 1,6-Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.215
3A1Q Crystal structure of the mouse RAP80 UIMs in complex with Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2009-04-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：77D 突变：K63R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100mM Tris-HCl(pH8.5), 32% PEG4000, 200mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3A1Q Crystal structure of the mouse RAP80 UIMs in complex with Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2009-04-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
突变：77D 突变：K63R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100mM Tris-HCl(pH8.5), 32% PEG4000, 200mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3A9J Crystal structure of the mouse TAB2-NZF in complex with Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2009-10-29 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：K63R 突变：77D ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；90mM Bis-Tris-HCl (pH 6.5), 180mM ammonium acetate, 21% PE3350, 4% pentaerythritol ethoxylate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.18 Å R-free 0.191

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBIQ_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 3

Mus musculus

UniProt Q571K4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 688–716 片段：RanBP2-type, residues 688-716 Ubiquitin × 1 （P62991） Ubiquitin × 1 （P62991） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM Bis-Tris-HCl (pH 6.5), 21% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.40 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TAB3_MOUSE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 6–34； UniProt 688–716

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3a9k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3a9k
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3a9k
沉积日期 deposition_date2009-10-29
结构标题 titleCrystal structure of the mouse TAB3-NZF in complex with Lys63-linked di-ubiquitin
关键词 keywordsprotein complex, Cytoplasm, Isopeptide bond, Metal-binding, Zinc, Zinc-finger, SIGNALING PROTEIN-METAL BINDING PROTEIN complex; SIGNALING PROTEIN/METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.58 Å
零角强度 I(0) i08248820.00
分子量 molecular_weight20677.0 kDa
排除体积 excluded_volume25776 ų
包络体积 envelope_volume30493 ų
水化壳体积 shell_volume15101 ų
包络直径 envelope_diameter58.9 Å
壳层 Rg shell_rg22.68 Å
包络 Rg envelope_rg17.58 Å
形状 Rg shape_rg17.59 Å
总 Rg total_rg18.42 Å
总原子数 total_atoms1446
残基数 n_residues182
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.0 Å
Rg (实空间) rg_real18.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real8.2490e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8249000.0000
解质量估计 total_estimate0.8163
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.2 Å
偏度 Skewness skewness0.306
峰度 Kurtosis kurtosis-0.326
角度范围 angular_range— – 0.4300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1285000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3a9ka_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd3a9kb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3a9kA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3a9kB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)