SAXSdb — 3apc

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-(7-Methanesulfonyl-2-morpholin-4-yl-6,7-dihydro-5H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)-pyrimidin-2-ylamine × 1 SULFATE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PK3CG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–966； UniProt 144–1102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3apc
沉积日期 deposition_date	2010-10-14
结构标题 title	Crystal structure of human PI3K-gamma in complex with CH5132799
关键词 keywords	phosphoinositide 3-kinase gamma, Kinase, Transferase, Transferase-Transferase inhibitor complex; Transferase/Transferase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3apc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3apc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3apc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.65 Å
Rg（电子密度）	28.59 Å
总 Rg	29.40 Å
原子数	6630
残基数	839
排除体积	118470 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3apc__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
分子量 formula_weight	110447.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.153
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6652

GPLHMGSSEESQAFQRQLTALIGYDVTDVSNVHDDELEFTRRGLVTPRMAEVASRDPKLYAMHPWVTSKPLPEYLWKKIANNCIFIVIHRSTTSQTIKVSPDDTPGAILQSFFTKMAKKKSLMDIPESQSEQDFVLRVCGRDEYLVGETPIKNFQWVRHCLKNGEEIHVVLDTPPDPALDEVRKEEWPLVDDCTGVTGYHEQLTIHGKDHESVFTVSLWDCDRKFRVKIRGIDIPVLPRNTDLTVFVEANIQHGQQVLCQRRTSPKPFTEEVLWNVWLEFSIKIKDLPKGALLNLQIYCGKAPALSSKASAESPSSESKGKVQLLYYVNLLLIDHRFLLRRGEYVLHMWQISGKGEDQGSFNADKLTSATNPDKENSMSISILLDNYCHPIALPKHQPTPDPEGDRVRAEMPNQLRKQLEAIIATDPLNPLTAEDKELLWHFRYESLKHPKAYPKLFSSVKWGQQEIVAKTYQLLARREVWDQSALDVGLTMQLLDCNFSDENVRAIAVQKLESLEDDDVLHYLLQLVQAVKFEPYHDSALARFLLKRGLRNKRIGHFLFWFLRSEIAQSRHYQQRFAVILEAYLRGCGTAMLHDFTQQVQVIEMLQKVTLDIKSLSAEKYDVSSQVISQLKQKLENLQNSQLPESFRVPYDPGLKAGALAIEKCKVMASKKKPLWLEFKCADPTALSNETIGIIFKHGDDLRQDMLILQILRIMESIWETESLDLCLLPYGCISTGDKIGMIEIVKDATTIAKIQQSTVGNTGAFKDEVLNHWLKEKSPTEEKFQAAVERFVYSCAGYCVATFVLGIGDRHNDNIMITETGNLFHIDFGHILGNYKSFLGINKERVPFVLTPDFLFVMGTSGKKTSPHFQKFQDICVKAYLALRHHTNLLIILFSMMLMTGMPQLTSKEDIEYIRDALTVGKNEEDAKKYFLDQIEVCRDKGWTVQFNWFLHLVLGIKQGEKHSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5-(7-Methanesulfonyl-2-morpholin-4-yl-6,7-dihydro-5H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)-pyrimidin-2-ylamine
分子量 formula_weight	377.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	22

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3apca1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.5 — Ras-binding domain, RBD

结构域编号 domain_id	d3apca2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.1 — PLC-like (P variant)

结构域编号 domain_id	d3apca3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.6 — Phoshoinositide 3-kinase (PI3K) helical domain

结构域编号 domain_id	d3apca4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.4 — Phoshoinositide 3-kinase (PI3K), catalytic domain

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	3apcA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3apcA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	3apcA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK)

结构域编号 domain_id	3apcA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1010 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4

结构域编号 domain_id	3apcA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain

▶

晶胞边长 a length_a	142.910 Å
晶胞边长 b length_b	67.550 Å
晶胞边长 c length_c	106.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.544 Å
最低分辨率 resolution_low	51.920 Å
R 因子 r_factor	0.2387
R_work r_work	0.2360
R_free r_free	0.2899

Crystal structure of human PI3K-gamma in complex with CH5132799

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3apc__assembly_1__model_1

3apc__assembly_1__model_1 | I(q)

3apc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human PI3K-gamma in complex with CH5132799

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3apc__assembly_1__model_1

3apc__assembly_1__model_1 | I(q)

3apc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)