SAXSdb — 3ayk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (COLLAGENASE)

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 101–269	片段：CATALYTIC FRAGMENT	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 CGS N-HYDROXY-2(R)-[[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](3-PICOLYL)AMINO]-3-METHYLBUTANAMIDE HYDROCHLORIDE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；308 K；压力 1	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3AYK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AYK INHIBITOR-FREE CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1997-11-06	构建体不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；压力 1	分辨率未提供
1CGE CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT 19-KDA HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED TO ITSELF 提交 1994-02-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 102–269（168 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1CGF CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT 19-KDA HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED TO ITSELF 提交 1994-02-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 102–263（162 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1CGF CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT 19-KDA HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED TO ITSELF 提交 1994-02-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 102–263（162 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1HFC 1.56 ANGSTROM STRUCTURE OF MATURE TRUNCATED HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE 提交 1994-09-13	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 PLH METHYLAMINO-PHENYLALANYL-LEUCYL-HYDROXAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å
1SU3 X-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase action 提交 2004-03-26	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–469（450 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1SU3 X-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase action 提交 2004-03-26	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 20–469（450 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1SU3 X-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase action 提交 2004-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 20–469（450 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 32 CL CHLORIDE ION × 8 NA SODIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 16 SO4 SULFATE ION × 32 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
2AYK INHIBITOR-FREE CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-11-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM TRIS BASE, 100 mM NACL, 5 mM CACL2, 0.1 mM ZNCL2, 2mM NAN3, 10 mM DEUTERATED DTT, 90% H2O/10%D2O OR 100% D2O；压力 1	分辨率未提供
2CLT Crystal structure of the active form (full-length) of human fibroblast collagenase. 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 100–466（367 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS (7.5); 10% PEG 8000; 1.5M AMMONIUM FORMATE, pH 7.50	分辨率 2.67 Å R-free 0.259
2CLT Crystal structure of the active form (full-length) of human fibroblast collagenase. 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 100–466（367 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS (7.5); 10% PEG 8000; 1.5M AMMONIUM FORMATE, pH 7.50	分辨率 2.67 Å R-free 0.259
2J0T Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1 提交 2006-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 101-269	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2J0T Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1 提交 2006-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 101-269	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2J0T Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1 提交 2006-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 101-269	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2TCL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH AN INHIBITOR 提交 1994-09-07	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2 SM SAMARIUM (III) ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 RO4 [[1-[N-HYDROXY-ACETAMIDYL]-3-METHYL-BUTYL]-CARBONYL-LEUCINYL]-ALANINE ETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
3SHI Crystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution 提交 2011-06-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 106–261（156 aa）片段：UNP residues 106-261	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.278
3SHI Crystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution 提交 2011-06-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 106–261（156 aa）片段：UNP residues 106-261	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.278
3SHI Crystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution 提交 2011-06-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 M 106–261（156 aa）片段：UNP residues 106-261	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.278
4AUO Crystal structure of MMP-1(E200A) in complex with a triple-helical collagen peptide 提交 2012-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 100–466（367 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8	分辨率 3.00 Å R-free 0.273
4AUO Crystal structure of MMP-1(E200A) in complex with a triple-helical collagen peptide 提交 2012-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 100–466（367 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8	分辨率 3.00 Å R-free 0.273
4AYK CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH CGS-27023A, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1999-02-01	当前字段一致	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 CGS N-HYDROXY-2(R)-[[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](3-PICOLYL)AMINO]-3-METHYLBUTANAMIDE HYDROCHLORIDE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；压力 1	分辨率未提供
966C CRYSTAL STRUCTURE OF FIBROBLAST COLLAGENASE-1 COMPLEXED TO A DIPHENYL-ETHER SULPHONE BASED HYDROXAMIC ACID 提交 1998-08-07	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–264（157 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 RS2 N-HYDROXY-2-[4-(4-PHENOXY-BENZENESULFONYL)-TETRAHYDRO-PYRAN-4-YL]-ACETAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.330

共 13 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MMP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–169； UniProt 101–269

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ayk
沉积日期 deposition_date	1999-02-01
结构标题 title	CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH CGS-27023A, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
关键词 keywords	MATRIX METALLOPROTEINASE, HYDROLASE, METALLOPROTEASE, GLYCOPROTEIN; MATRIX METALLOPROTEINASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.22 Å
零角强度 I(0) i0	7037100.00
分子量 molecular_weight	18103.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22117 Å³
包络体积 envelope_volume	26986 Å³
水化壳体积 shell_volume	14813 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.4 Å
壳层 Rg shell_rg	21.28 Å
包络 Rg envelope_rg	15.42 Å
形状 Rg shape_rg	15.22 Å
总 Rg total_rg	16.36 Å
总原子数 total_atoms	2438
残基数 n_residues	157
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.1 Å
Rg (实空间) rg_real	16.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0370e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8370e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7037000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8970
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.082
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.421
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1491000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.991

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (COLLAGENASE)
分子量 formula_weight	18865.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2438

VLTEGNPRWEQTHLTYRIENYTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISFVRGDHRDNSPFDGPGGNLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMYPSYTFSGDVQLAQDDIDGIQAIYGRSQNPVQP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-HYDROXY-2(R)-[[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](3-PICOLYL)AMINO]-3-METHYLBUTANAMIDE HYDROCHLORIDE
分子量 formula_weight	393.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3ayka_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3aykA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/ay/3ayk/3ayk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ay/3ayk/3ayk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ay/3ayk/3ayk.dat

CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH CGS-27023A, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE