SAXSdb — 3b3r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cholesterol oxidase

Streptomyces sp.

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 42–546	突变：E361Q/H447Q	SO4 SULFATE ION × 2 FAE FLAVIN-N7 PROTONATED-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；10% PEG 8000, 75mM magnesium sulfate, 100mM cacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 0.98 Å R-free 0.159

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3B3R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B4V CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES 提交 1998-12-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；PRECIPITANT CONDITIONS: 10- 12% PEG 8000, 100MM SODIUM CACODYLATE PH 5.2, 75MM MNSO4 PROTEIN CONCENTRATION 8.5MG/ML, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.50 Å R-free 0.200
1B8S CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES GLU361GLN MUTANT 提交 1999-02-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–536（491 aa）	突变：GLU361GLN	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；PRECIPITANT CONDITIONS: 10-12% PEG 8000, 100MM SODIUM CACODYLATE PH 5.2, 75MM MNSO4 PROTEIN CONCENTRATION 8.5MG/ML , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.65 Å R-free 0.231
1CBO CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES HIS447ASN MUTANT 提交 1999-02-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	突变：H447N	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: VAPOUR DIFFUSION USING THE HANGING DROP TECHNIQUE, PRECIPITANT CONDITIONS: 10-12% PEG 8000, 100MM SODIUM CACODYLATE PH 5.2, 75MM MNSO4 PROTEIN CONCENTRATION 8.5MG/ML	分辨率 1.80 Å R-free 0.194
1CC2 CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES HIS447GLN MUTANT 提交 1999-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	突变：H447Q	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: VAPOUR DIFFUSION USING THE HANGING DROP TECHNIQUE, PRECIPITANT CONDITIONS: 10-12% PEG 8000 100MM SODIUM CACODYLATE PH 5.2, 75MM MNSO4 PROTEIN CONCENTRATION 8.5MG/ML	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1IJH CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES ASN485LEU MUTANT 提交 2001-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	突变：N485L	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；290 K；PEG 8000, SODIUM CACODYLATE, MNSO4, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.53 Å R-free 0.213
1MXT Atomic resolution structure of Cholesterol oxidase (Streptomyces sp. SA-COO) 提交 2002-10-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 FAE FLAVIN-N7 PROTONATED-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；290 K；PEG 8000, manganese sulfate, cacodylate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 0.95 Å R-free 0.132
1N1P ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF CHOLESTEROL OXIDASE @ pH 7.4 (STREPTOMYCES SP. SA-COO) 提交 2002-10-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；PEG 8000, MANGANESE SULFATE,GLYCINE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 0.95 Å R-free 0.119
1N4U CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES @ pH 4.5 (STREPTOMYCES SP. SA-COO) 提交 2002-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 5 FAE FLAVIN-N7 PROTONATED-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 0.95 Å R-free 0.136
1N4V ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF CHOLESTEROL OXIDASE @pH 5.8 (STREPTOMYCES SP. SA-COO) 提交 2002-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；PEG 8000, MANGANESE SULFATE, CACODYLATE, pH 5.8	分辨率 1.00 Å R-free 0.147
1N4W ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF CHOLESTEROL OXIDASE @ pH 7.3 (STREPTOMYCES SP. SA-COO) 提交 2002-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.3；PEG 8000, MANGANESE SULFATE, MES, pH 7.3	分辨率 0.92 Å R-free 0.122
2GEW Atomic resolution structure of cholesterol oxidase @ pH 9.0 (Streptomyces sp. SA-COO) 提交 2006-03-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, PIPES PH 7.5,VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, SOAK CONDITION STEP 1: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, HEPES PH 8.0 SOAK CONDITION STEP 2: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, TRICINE PH 8.5 SOAK CONDITION STEP 3: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, CHES PH 9.0,	分辨率 0.97 Å R-free 0.140
3B6D Crystal Structure of Streptomyces Cholesterol Oxidase H447Q/E361Q mutant (1.2A) 提交 2007-10-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	突变：H447Q/E361Q	SO4 SULFATE ION × 1 FAE FLAVIN-N7 PROTONATED-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；10% PEG 8000, 75mM MnSO4, 100mM CACODYLATE pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.20 Å R-free 0.172
3CNJ Cholesterol oxidase from Streptomyces sp. F359W mutant (0.95A) 提交 2008-03-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 45–543（499 aa）	突变：F359W	SO4 SULFATE ION × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；PEG 8000, MANGANESE SULFATE, CACODYLATE (PH 5.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 0.95 Å R-free 0.175
3GYI Cholesterol oxidase from Streptomyces sp. N485D mutant (1.0A) 提交 2009-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	突变：N485D	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；9-11% PEG 8000, 75 mM MnSO4, 100 mM cacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.00 Å R-free 0.158
3GYJ Cholesterol oxidase from Streptomyces sp. N485L mutant (0.92A) 提交 2009-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	突变：N485L	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；9-11% PEG 8000, 75 mM MnSO4, 100 mM cacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 0.92 Å R-free 0.151
4REK Crystal structure and charge density studies of cholesterol oxidase from Brevibacterium sterolicum at 0.74 ultra-high resolution 提交 2014-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–544（499 aa）片段：UNP residues 64-544	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；290.15 K；The crystallization solution was composed of 9-11% poly(ethylene glycol) (PEG) MW 8000, 75mM MnSO4 and 100mM sodium cacodylate buffer., pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K	分辨率 0.74 Å R-free 0.123
4U2L Dithionite reduced cholesterol in complex with sulfite 提交 2014-07-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 SFD (S)-10-((2S,3S,4R)-5-((S)-((S)-(((2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYLOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYLOXY)-2,3,4-TRIHYDROXYPENTYL)-7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-2,3,4,4A-TETRAHYDROBENZO[G]PTERIDINE-5(10H)-SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；PEG 8000, manganese chloride, cacodylate	分辨率 1.34 Å R-free 0.133
4U2S Cholesterol oxidase in the reduced state complexed with isopropanol 提交 2014-07-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 FDA DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 8000, manganese sulfate, cacodylate	分辨率 1.12 Å R-free 0.107
4U2T Cholesterol oxidase in the oxidised state complexed with isopropanol 提交 2014-07-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 8000, manganese sulfate, cacodylate	分辨率 1.22 Å R-free 0.149
4XWR X-ray structure of perdeuterated Cholesterol Oxidase from Streptomyces SA-COO 提交 2015-01-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；293 K；PEG 8K, MnSO4, sodium cacodylate	分辨率 1.10 Å R-free 0.107
4XXG Structure of protonated Cholesterol Oxidase from Streptomyces SA-COO 提交 2015-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 8K, MnSO4, sodium cacodylate	分辨率 0.85 Å R-free 0.124
5KWF Joint X-ray Neutron Structure of Cholesterol Oxidase 提交 2016-07-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–546（504 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	实验方法未声明 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；7% PEG 8000, 100mM MnSO4, 100mM cacodylic acid pH 5.2	分辨率未提供

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHOD_STRS0
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–506； UniProt 42–546

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3b3r
沉积日期 deposition_date	2007-10-22
结构标题 title	Crystal structure of Streptomyces cholesterol oxidase H447Q/E361Q mutant bound to glycerol (0.98A)
关键词 keywords	;flavoenzyme, flavin, cholesterol oxidase, covalently-modified flavin, Cholesterol metabolism, FAD, Flavoprotein, Lipid metabolism, Oxidoreductase, Secreted, Steroid metabolism ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.95 Å
零角强度 I(0) i0	53090100.00
分子量 molecular_weight	55678.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69106 Å³
包络体积 envelope_volume	77568 Å³
水化壳体积 shell_volume	28484 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.5 Å
壳层 Rg shell_rg	29.80 Å
包络 Rg envelope_rg	22.17 Å
形状 Rg shape_rg	21.94 Å
总 Rg total_rg	22.79 Å
总原子数 total_atoms	7263
残基数 n_residues	503
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6802
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.234
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.296
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.171; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.987

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cholesterol oxidase
分子量 formula_weight	55116.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.3.6
突变 mutation	E361Q/H447Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9242

SADNGGYVPAVVIGTGYGAAVSALRLGEAGVQTLMLEMGQLWNQPGPDGNIFCGMLNPDKRSSWFKNRTEAPLGSFLWLDVVNRNIDPYAGVLDRVNYDQMSVYVGRGVGGGSLVNGGMAVEPKRSYFEEILPRVDSSEMYDRYFPRANSMLRVNHIDTKWFEDTEWYKFARVSREQAGKAGLGTVFVPNVYDFGYMQREAAGEVPKSALATEVIYGNNHGKQSLDKTYLAAALGTGKVTIQTLHQVKTIRQTKDGGYALTVEQKDTDGKLLATKEISCRYLFLGAGSLGSTELLVRARDTGTLPNLNSEVGAGWGPNGNIMTARANHMWNPTGAHQSSIPALGIDAWDNSDSSVFAQIAPMPAGLETWVSLYLAITKNPQRGTFVYDAATDRAKLNWTRDQNAPAVNAAKALFDRINKANGTIYRYDLFGTQLKAFADDFCYQPLGGCVLGKATDDYGRVAGYKNLYVTDGSLIPGSVGVNPFVTITALAERNVERIIKQDVTAS

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	74576
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-N7 PROTONATED-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	786.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	754

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3b3ra1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3b3ra2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.1 — GMC oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d3b3ra3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3b3rA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	3b3rA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	410 — Cholesterol Oxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholesterol Oxidase; domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.314 Å
晶胞边长 b length_b	73.643 Å
晶胞边长 c length_c	63.275 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	0.980 Å
最低分辨率 resolution_low	34.400 Å
R 因子 r_factor	0.1292
R_work r_work	—
R_free r_free	0.1589

fit	/app/data/saxs_computation/b3/3b3r/3b3r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b3/3b3r/3b3r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b3/3b3r/3b3r.dat

Crystal structure of Streptomyces cholesterol oxidase H447Q/E361Q mutant bound to glycerol (0.98A)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cholesterol oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction