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3be8

Crystal structure of the synaptic protein neuroligin 4

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 133.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuroligin-4, X-linked

Homo sapiens

UniProt Q8N0W4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 44–619 链 B； UniProt 44–619 片段：extracellular cholinesterase-like domain NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FLC CITRATE ANION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 6 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；277 K；10% PEG-3000, 0.1M sodium phosphate-citrate, 0.3M sodium chloride, 0.01M calcium chloride, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.20 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3BE8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2WQZ Crystal structure of synaptic protein neuroligin-4 in complex with neurexin-beta 1: alternative refinement 提交 2009-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 43–619（577 aa） 片段：ACETYLCHOLINESTERASE-LIKE DOMAIN, RESIDUES 43-619
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；8% PEG 20000, 0.1M MES PH6.5
分辨率 3.90 Å R-free 0.276
2WQZ Crystal structure of synaptic protein neuroligin-4 in complex with neurexin-beta 1: alternative refinement 提交 2009-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 43–619（577 aa） 片段：ACETYLCHOLINESTERASE-LIKE DOMAIN, RESIDUES 43-619
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；8% PEG 20000, 0.1M MES PH6.5
分辨率 3.90 Å R-free 0.276
2XB6 Revisited crystal structure of Neurexin1beta-Neuroligin4 complex 提交 2010-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 44–619（576 aa） 片段：CHOLINESTERASE-LIKE DOMAIN, RESIDUES 43-619
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 CL CHLORIDE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.3；100MM MES PH6.3,10% PEG 20000, 2MM CACL2
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
2XB6 Revisited crystal structure of Neurexin1beta-Neuroligin4 complex 提交 2010-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 44–619（576 aa） 片段：CHOLINESTERASE-LIKE DOMAIN, RESIDUES 43-619
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 CL CHLORIDE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.3；100MM MES PH6.3,10% PEG 20000, 2MM CACL2
分辨率 2.60 Å R-free 0.236

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NLGNX_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 13–588； UniProt 44–619 作者链 B； PDB构建体 13–588； UniProt 44–619

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3be8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3be8
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3be8
沉积日期 deposition_date2007-11-16
结构标题 titleCrystal structure of the synaptic protein neuroligin 4
关键词 keywords;Neuroligin, cell adhesion protein, synaptic protein, a/b-hydrolase fold, four-helix bundle, Glycoprotein, Membrane, Transmembrane, CELL ADHESION ;; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.17 Å
零角强度 I(0) i0223150000.00
分子量 molecular_weight122290.0 kDa
排除体积 excluded_volume152890 ų
包络体积 envelope_volume191770 ų
水化壳体积 shell_volume42779 ų
包络直径 envelope_diameter144.7 Å
壳层 Rg shell_rg42.50 Å
包络 Rg envelope_rg39.20 Å
形状 Rg shape_rg39.10 Å
总 Rg total_rg39.57 Å
总原子数 total_atoms8615
残基数 n_residues1077
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax133.0 Å
Rg (实空间) rg_real39.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal223100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7819
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.3 Å
偏度 Skewness skewness0.515
峰度 Kurtosis kurtosis-0.545
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha62390000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.594; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.681; Smooth: 0.699
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3be8a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3be8a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3be8b1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3be8b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3be8A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id3be8B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)