3bh9

Crystal Structure of RTY Phosphopeptide Bound to Human Class I MHC HLA-A2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01892

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–299 片段:Alpha-1, Alpha-2, Alpha-3 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) decameric peptide from Protein POF1B × 1 (Q8WVV4) NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;21% PEG 3350, 0.1M sodium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.70 Å R-free 0.229
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–299 片段:Alpha-1, Alpha-2, Alpha-3 Beta-2-microglobulin × 2 (P61769) decameric peptide from Protein POF1B × 2 (Q8WVV4) NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;21% PEG 3350, 0.1M sodium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.70 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 271 个其他 PDB 条目、464 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1A02_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–275; UniProt 25–299

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) decameric peptide from Protein POF1B × 1 (Q8WVV4) NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;21% PEG 3350, 0.1M sodium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.70 Å R-free 0.229
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 2 (P01892) decameric peptide from Protein POF1B × 2 (Q8WVV4) NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;21% PEG 3350, 0.1M sodium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.70 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1997 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

decameric peptide from Protein POF1B

物种未注明

UniProt Q8WVV4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 53–62 片段:UNP residues 53-62 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;21% PEG 3350, 0.1M sodium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.70 Å R-free 0.229
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 53–62 片段:UNP residues 53-62 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 2 (P01892) Beta-2-microglobulin × 2 (P61769) NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;21% PEG 3350, 0.1M sodium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.70 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POF1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–10; UniProt 53–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3bh9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3bh9
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3bh9
沉积日期 deposition_date2007-11-28
结构标题 titleCrystal Structure of RTY Phosphopeptide Bound to Human Class I MHC HLA-A2
关键词 keywords;PHOSPHOSERINE, PHOSPHOPEPTIDE, MHC, HLA-A2, ANCHOR RESIDUE, TUMOR ANTIGEN, GLYCOPROTEIN, HOST-VIRUS INTERACTION, IMMUNE RESPONSE, MHC I, POLYMORPHISM, TRANSMEMBRANE, UBL CONJUGATION, IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, PHOSPHOPROTEIN, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.96
零角强度 I(0) i037057800.00
分子量 molecular_weight45044.0 kDa
排除体积 excluded_volume55476 ų
包络体积 envelope_volume68248 ų
水化壳体积 shell_volume24827 ų
包络直径 envelope_diameter77.7
壳层 Rg shell_rg29.93
包络 Rg envelope_rg23.05
形状 Rg shape_rg22.94
总 Rg total_rg23.84
总原子数 total_atoms3177
残基数 n_residues384
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.2
Rg (实空间) rg_real24.09
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49
I(0) (实空间) i0_real3.7060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.11
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37060000.0000
解质量估计 total_estimate0.9133
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.2
偏度 Skewness skewness0.223
峰度 Kurtosis kurtosis-0.504
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9643000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.985

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3bh9a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd3bh9a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd3bh9b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd3bh9b3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3bh9A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id3bh9A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3bh9B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)