Escherichia coli K12
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA | 单体 | 蛋白 1 DNA 2 | ;DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*(MA7)P*AP*(2YR)P*CP*GP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*DAP*DAP*DCP*DGP*DGP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DCP*DCP*DT)-3') ; × 1 MANGANESE (II) ION × 1 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 water × 3 | 与全部聚合物一致 |
| UniProt名称 | ALKB_ECOLI |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–201； UniProt 13–213 |
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| 条目编号 entry_id | 3bi3 |
| 沉积日期 deposition_date | 2007-11-29 |
| 结构标题 title | X-ray structure of AlkB protein bound to dsDNA containing 1meA/A with cofactors |
| 关键词 keywords | ;Dioxygenase, protein DNA interaction, alkylation repair, DNA damage, DNA repair, Iron, Metal-binding, Oxidoreductase, Oxidoreductase-DNA COMPLEX ;; Oxidoreductase/DNA |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 19.35 Å |
| Rg（电子密度） | 18.09 Å |
| 总 Rg | 19.02 Å |
| 原子数 | 2098 |
| 残基数 | 224 |
| 排除体积 | 35602 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d3bi3a_ |
| 类 Class class | b — All beta proteins |
| 折叠类型 Fold fold | b.82 — Double-stranded beta-helix |
| 超家族 Superfamily superfamily | b.82.2 — Clavaminate synthase-like |
| 家族 Family family | b.82.2.10 — AlkB-like |
| 结构域编号 domain_id | 3bi3A00 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 60 — Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 120 — Jelly Rolls |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 590 — Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like |