E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 414–617 | 片段：SRA Domain: Residues 414-617 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 UNL UNKNOWN LIGAND × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；1:1 ratio of protein (34 mg/ml) solution and well solution consisting of 1.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M NaCl, 1 mM TCEP. Crystals cryoprotected by immersion in the well solution mixed in 1:1 ratio with a water solution containing 20% (w/v) Sucrose, 4% (w/v) Glucose, 18% (v/v) Glycerol and 18% (v/v) Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | 分辨率 1.70 Å R-free 0.197 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 3BI7 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2FAZ Ubiquitin-Like Domain of Human Nuclear Zinc Finger Protein NP95 提交 2005-12-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Well Solution: 20.0% P3350, 0.2 M tri-Li Citrate; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM beta-
mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.252 |
| 2FAZ Ubiquitin-Like Domain of Human Nuclear Zinc Finger Protein NP95 提交 2005-12-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–76（76 aa）
片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Well Solution: 20.0% P3350, 0.2 M tri-Li Citrate; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM beta-
mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.252 |
| 2L3R NMR structure of UHRF1 Tandem Tudor Domains in a complex with Histone H3 peptide 提交 2010-09-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
126–285（160 aa）
片段：unp residues 126-285
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR样品组成
0.6 mM [U-100% 15N] protein, 0.6 mM [U-100% 13C] protein, 3 mM protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LGG Structure of PHD domain of UHRF1 in complex with H3 peptide 提交 2011-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
298–366（69 aa）
片段：UNP RESIDUES 298-366
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LGK NMR Structure of UHRF1 PHD domains in a complex with histone H3 peptide 提交 2011-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
298–366（69 aa）
片段：UNP RESIDUES 298-366
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；293.13 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient
NMR样品组成
1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 1.8 mM entity_2-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LGL NMR structure of the UHRF1 PHD domain 提交 2011-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
298–366（69 aa）
片段：PHD domain (UNP RESIDUES 298-366)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成
1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 137 mM sodium chloride-2, 10 mM potassium phosphate-3, 3 mM DTT-4, 2.7 mM potassium chloride-5, 0.1 mM sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2PB7 Crystal Structure of the SRA domain of the human UHRF1 protein 提交 2007-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
408–643（236 aa）
片段：SRA domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；14-19% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.227 |
| 3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
134–367（234 aa）
片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)
|
突变：residues 167-175 was deleted. | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.286 |
| 3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
134–367（234 aa）
片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)
|
突变：residues 167-175 was deleted. | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.286 |
| 3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
134–367（234 aa）
片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)
|
突变：residues 167-175 was deleted. | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.286 |
| 3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
134–367（234 aa）
片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)
|
突变：residues 167-175 was deleted. | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.286 |
| 3ASL Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
298–367（70 aa）
片段：PHD finger domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10mM sodium citrate, 42% PEGMME2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.196 |
| 3CLZ The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA 提交 2008-03-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric |
链 A
414–617（204 aa）
片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.231 |
| 3CLZ The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA 提交 2008-03-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric |
链 B
414–617（204 aa）
片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.231 |
| 3CLZ The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA 提交 2008-03-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric |
链 C
414–617（204 aa）
片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.231 |
| 3CLZ The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA 提交 2008-03-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric |
链 D
414–617（204 aa）
片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.231 |
| 3DB3 Crystal structure of the tandem tudor domains of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 in complex with trimethylated histone H3-K9 peptide 提交 2008-05-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
126–285（160 aa）
片段：Tandem Tudor Domains (UNP residues 126-285)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；3 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.282 |
| 3DB4 Crystal structure of the tandem tudor domains of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 提交 2008-05-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
126–285（160 aa）
片段：Tandem Tudor Domains (UNP residues 126-285)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；10 % PEG 8000, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.001 M TCEP, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.285 |
| 3DWH Structural and Functional Analysis of SRA domain 提交 2008-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
414–617（204 aa）
片段：SRA domain, YDG Domain, residues 414-617
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；100mM Tris-Hcl
1.2M ammonium Sulfate
0.2M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.253 |
| 3FL2 Crystal structure of the ring domain of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 提交 2008-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
672–793（122 aa）
片段：ring domain (UNP residues 672-793)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；27% PEG MME 2000, 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.250 |
| 3SHB Crystal Structure of PHD Domain of UHRF1 提交 2011-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
298–366（69 aa）
片段：PHD domain (UNP RESIDUES 298-366)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M TRIS hydrochloride (pH8.5), 30% w/v Polyethylene glycerol 4000, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.228 |
| 3SOU Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3 1-9 peptide 提交 2011-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
298–367（70 aa）
片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.243 |
| 3SOU Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3 1-9 peptide 提交 2011-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
298–367（70 aa）
片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.243 |
| 3SOU Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3 1-9 peptide 提交 2011-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
298–367（70 aa）
片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
链 B
298–367（70 aa）
片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.243 |
| 3SOW Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3K4me3 1-9 peptide 提交 2011-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
298–367（70 aa）
片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.247 |
| 3SOW Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3K4me3 1-9 peptide 提交 2011-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
298–367（70 aa）
片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.247 |
| 3SOW Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3K4me3 1-9 peptide 提交 2011-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
298–367（70 aa）
片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
链 B
298–367（70 aa）
片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.247 |
| 3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
298–367（70 aa）
片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.294 |
| 3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
298–367（70 aa）
片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.294 |
| 3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
298–367（70 aa）
片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.294 |
| 3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
298–367（70 aa）
片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.294 |
| 3T6R Structure of UHRF1 in complex with unmodified H3 N-terminal tail 提交 2011-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
299–364（66 aa）
片段：UNP residues 299-364
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, 25% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.229 |
| 3T6R Structure of UHRF1 in complex with unmodified H3 N-terminal tail 提交 2011-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
299–364（66 aa）
片段：UNP residues 299-364
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, 25% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.229 |
| 3ZVY PHD finger of human UHRF1 in complex with unmodified histone H3 N- terminal tail 提交 2011-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
296–367（72 aa）
片段：PHD FINGER, RESIDUES 296-367
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；290 K；CRYSTALS WERE OBTAINED AT 17 DEGREES USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING A PROTEIN SOLUTION AT A CONCENTRATION OF 606 MICROM (IN 20 MM TRIS PH 7, 150 MM NACL, 0.5 MM TCEP, 25 MICROM ZNCL2 AND 0.1 MM PMSF) AND 10-FOLD EXCESS OF PEPTIDE WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M MGCL2, 30 % PEG 4000). CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 15 % MPD AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN.
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.227 |
| 3ZVY PHD finger of human UHRF1 in complex with unmodified histone H3 N- terminal tail 提交 2011-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
296–367（72 aa）
片段：PHD FINGER, RESIDUES 296-367
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；290 K；CRYSTALS WERE OBTAINED AT 17 DEGREES USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING A PROTEIN SOLUTION AT A CONCENTRATION OF 606 MICROM (IN 20 MM TRIS PH 7, 150 MM NACL, 0.5 MM TCEP, 25 MICROM ZNCL2 AND 0.1 MM PMSF) AND 10-FOLD EXCESS OF PEPTIDE WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M MGCL2, 30 % PEG 4000). CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 15 % MPD AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN.
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.227 |
| 3ZVZ PHD finger of human UHRF1 提交 2011-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
314–367（54 aa）
片段：PHD FINGER, RESIDUES 314-367
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.45 Å R-free 0.197 |
| 4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
134–366（233 aa）
片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.288 |
| 4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
134–366（233 aa）
片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.288 |
| 4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
134–366（233 aa）
片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.288 |
| 4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
134–366（233 aa）
片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.288 |
| 4QQD Crystal Structure of tandem tudor domains of UHRF1 in complex with a small organic molecule 提交 2014-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
126–285（160 aa）
片段：unp residues 126-285
|
未记录 | 36X 4-methyl-2,3,4,5,6,7-hexahydrodicyclopenta[b,e]pyridin-8(1H)-imine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；20% PEG-3350, 0.2 M magnesium nitrate, vapor diffusion, sitting drop
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.250 |
| 4QQD Crystal Structure of tandem tudor domains of UHRF1 in complex with a small organic molecule 提交 2014-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
126–285（160 aa）
片段：unp residues 126-285
|
未记录 | 36X 4-methyl-2,3,4,5,6,7-hexahydrodicyclopenta[b,e]pyridin-8(1H)-imine × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；20% PEG-3350, 0.2 M magnesium nitrate, vapor diffusion, sitting drop
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.250 |
| 5C6D Crystal structure of USP7 in complex with UHRF1 提交 2015-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
634–665（32 aa）
片段：UNP residues 634-665
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM CHES (pH 9.0), 20% PEG8000
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.234 |
| 5C6D Crystal structure of USP7 in complex with UHRF1 提交 2015-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
634–665（32 aa）
片段：UNP residues 634-665
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM CHES (pH 9.0), 20% PEG8000
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.234 |
| 5IAY NMR structure of UHRF1 Tandem Tudor Domains in a complex with Spacer peptide 提交 2016-02-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
134–285（152 aa）
片段：UNP residues 134-285
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；297.15 K
NMR样品组成
1.0 mM [U-13C; U-15N] TTD, 1.2 mM Spacer, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.0 mM [U-15N] Spacer, TTD, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5XPI Structure of UHRF1 TTD in complex with NV01 提交 2017-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
127–283（157 aa）
片段：UNP residues 127-283
|
未记录 | 8C3 N-[3-(diethylamino)propyl]-2-(12-methyl-9-oxidanylidene-5-thia-1,10,11-triazatricyclo[6.4.0.0^2,6]dodeca-2(6),3,7,11-tetraen-10-yl)ethanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；293 K；2.7 M Na formate and 0.1 M Na acetate pH 5.2
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.219 |
| 5YY9 Crystal structure of Tandem Tudor Domain of human UHRF1 in complex with LIG1-K126me3 提交 2017-12-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
123–285（163 aa）
片段：Tandem Tudor Domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；00 mM Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM tri-potassium phosphate and 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.288 |
| 5YY9 Crystal structure of Tandem Tudor Domain of human UHRF1 in complex with LIG1-K126me3 提交 2017-12-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
123–285（163 aa）
片段：Tandem Tudor Domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；00 mM Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM tri-potassium phosphate and 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.288 |
| 5YYA Crystal structure of Tandem Tudor Domain of human UHRF1 提交 2017-12-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
123–285（163 aa）
片段：Tandem Tudor Domain
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 200 mM ammonium acetate, 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.205 |
| 6B9M Crystal structure of UHRF1 TTD domain in complex with the polybasic region 提交 2017-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
638–678（41 aa）
片段：unp residues 638-678
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Succinic acid pH7.0, 15% (v/v) Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.207 |
| 6IIW Crystal structure of human UHRF1 PHD finger in complex with PAF15 提交 2018-10-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
299–366（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 70% (v/v) MPD
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.189 |
| 6VCS SRA domain of UHRF1 in complex with DNA 提交 2019-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
427–630（204 aa）
链 B
427–630（204 aa）
链 E
427–630（204 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 66 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M sodium malonate, 12% PEG3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.258 |
| 6VED Solution structure of the TTD and linker region of UHRF1 提交 2019-12-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
146–313（168 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
250 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] TTD-linker, 150 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 2 mM beta-mercaptoethanol, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6VYJ Human UHRF1 TTD domain in complex with a fragment 提交 2020-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
122–283（162 aa）
|
未记录 | RVV 2,4-dimethylpyridine × 2 BGC beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM Bis-Tris, pH 5.75, 35 % w/v PEG 3350. The crystals were cryo-preserved by 25% glucose
|
分辨率 1.39 Å R-free 0.226 |
| 6W92 Human UHRF1 TTD domain 提交 2020-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
135–296（162 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；295 K；0.1 M Bis-Tris, pH = 5.5, 25 % w/v PEG 3350
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.185 |
| 7FB7 Crystal structure of human UHRF1 TTD in complex with 5-amino-2,4-dimethylpyridine 提交 2021-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
123–285（163 aa）
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 8NF 5-amino-2,4-dimethylpyridine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 45% v/v MPD, 0.2 M Ammonium acetate
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.173 |
| 7FB7 Crystal structure of human UHRF1 TTD in complex with 5-amino-2,4-dimethylpyridine 提交 2021-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
123–285（163 aa）
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 8NF 5-amino-2,4-dimethylpyridine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 45% v/v MPD, 0.2 M Ammonium acetate
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.173 |
| 8JIG A Novel UHRF1-Targeted Compound 提交 2023-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
414–617（204 aa）
|
未记录 | 8JA N-[2,4-bis(oxidanylidene)-1H-pyrimidin-5-yl]-N'-oxidanyl-octanediamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bris-Tris, pH 6.0, 0.2M NaCl, 1mM TCEP, 2.2-2.4mM ammonium sulfate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.244 |
| 8JIG A Novel UHRF1-Targeted Compound 提交 2023-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
414–617（204 aa）
|
未记录 | 8JA N-[2,4-bis(oxidanylidene)-1H-pyrimidin-5-yl]-N'-oxidanyl-octanediamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bris-Tris, pH 6.0, 0.2M NaCl, 1mM TCEP, 2.2-2.4mM ammonium sulfate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.244 |
| 8WMS Crystal structure of human DPPA3 in complex with human UHRF1 PHD domain 提交 2023-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
299–366（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM tri-potassium phosphate and 20% (w/v) PEG3,350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.266 |
| 8XV4 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
134–366（233 aa）
片段：TTD-PHD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.6 M NaCl, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG4000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.266 |
| 8XV4 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
134–366（233 aa）
片段：TTD-PHD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.6 M NaCl, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG4000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.266 |
| 8XV6 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
298–367（70 aa）
片段：PHD domain
|
未记录 | SCN THIOCYANATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 30% PEG MME2000
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.168 |
| 8XV6 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
298–367（70 aa）
片段：PHD domain
|
未记录 | SCN THIOCYANATE ION × 3 ZN ZINC ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 30% PEG MME2000
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.168 |
| 8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
134–366（233 aa）
片段：TTD-PHD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 ACY ACETIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.226 |
| 8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
134–366（233 aa）
片段：TTD-PHD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.226 |
| 8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
134–366（233 aa）
片段：TTD-PHD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.226 |
| 8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
134–366（233 aa）
片段：TTD-PHD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.226 |
| 8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
298–367（70 aa）
片段：PHD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.207 |
| 8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
298–367（70 aa）
片段：PHD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.207 |
| 8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
298–367（70 aa）
片段：PHD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.207 |
| 8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
298–367（70 aa）
片段：PHD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.207 |
| 9LN6 Structure of human NLRP14-UHRF1 complex 提交 2025-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–78（78 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.49 Å |
| 9LPK Structure of human PADI6-UHRF1-UBE2D3 complex 提交 2025-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–793（793 aa）
链 F
1–793（793 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.03 Å |
| 9M76 UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain. 提交 2025-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
1–793（793 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.10 Å |
| 9M77 The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered. 提交 2025-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
1–793（793 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.70 Å |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | UHRF1_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 2–205； UniProt 414–617 |