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3bif

6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE EMPTY 6-PF-2K ACTIVE SITE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/ FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE)

Rattus norvegicus

UniProt P25114

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–468 突变：W15F, W64F, W299F, W320F BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4 SIN SUCCINIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 50MM SUCCINATE, PH 5.5, 50MM TRIS-PO4, PH 7.5, 11% PEG 4000, 100UM EDTA, 10MM DTT, 10% GLYCEROL, 3MM MGCL2., pH 7.0 分辨率 2.30 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3BIF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BIF 6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE BIFUNCTIONAL ENZYME COMPLEXED WITH ATP-G-S AND PHOSPHATE 提交 1996-11-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–468（468 aa）
突变：W15F, W64F, W299F, W320F MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 50MM SUCCINATE, PH 6.0, 10MM HEPES PH 7.0, 18% PEG 4000, 1% N-OCTYLGLUCOSIDE
分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2BIF 6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE H256A MUTANT WITH F6P IN PHOSPHATASE ACTIVE SITE 提交 1998-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–468（468 aa）
链 B 1–468（468 aa）
突变：W15F, W64F, H256A, W299F, W320F 突变：W15F, W64F, H256A, W299F, W320F BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 F6P 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 SIN SUCCINIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；90MM SUCCINATE, PH 6.0, 17% PEG4000, 1% B-OCTYLGLUCOSIDE, 10% GLYCEROL, pH 7.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.244

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F264_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3bif

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3bif
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3bif
沉积日期 deposition_date1999-05-05
结构标题 title6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE EMPTY 6-PF-2K ACTIVE SITE
关键词 keywordsKINASE, PHOSPHOTRANSFERASE, PHOSPHATASE, HYDROLASE (PHOSPHO), GLYCOLYSIS, BIFUNCTIONAL ENZYME, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.19 Å
零角强度 I(0) i043426800.00
分子量 molecular_weight50754.0 kDa
排除体积 excluded_volume63383 ų
包络体积 envelope_volume76527 ų
水化壳体积 shell_volume25837 ų
包络直径 envelope_diameter85.0 Å
壳层 Rg shell_rg31.98 Å
包络 Rg envelope_rg25.20 Å
形状 Rg shape_rg25.19 Å
总 Rg total_rg25.94 Å
总原子数 total_atoms3564
残基数 n_residues432
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.5 Å
Rg (实空间) rg_real26.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real4.3430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal43430000.0000
解质量估计 total_estimate0.9068
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.8 Å
偏度 Skewness skewness0.282
峰度 Kurtosis kurtosis-0.666
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11930000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.991
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3bifa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.7 — 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase, kinase domain
结构域编号 domain_idd3bifa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family familyc.60.1.4 — 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase, phosphatase domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3bifA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3bifA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1240 — Phosphoglycerate mutase-like
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)