SAXSdb — 3bip

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FACT complex subunit SPT16

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–465	片段：residues 1-465	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；25% Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH), 100mM Sodium Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.94 Å R-free 0.244
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–465	片段：residues 1-465	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；25% Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH), 100mM Sodium Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.94 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3BIP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3BIQ Crystal structure of yeast Spt16 N-terminal Domain 提交 2007-11-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–465（465 aa）片段：residues 1-465	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；25% Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH), 100mM Sodium Acetate, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.73 Å R-free 0.213
3BIT Crystal structure of yeast Spt16 N-terminal Domain 提交 2007-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–451（451 aa）片段：residues 1-451	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；278 K；35% PEG 300, 200mM NaCl, 100mM Sodium Acetate, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 278K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
3BIT Crystal structure of yeast Spt16 N-terminal Domain 提交 2007-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–451（451 aa）片段：residues 1-451	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；278 K；35% PEG 300, 200mM NaCl, 100mM Sodium Acetate, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 278K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
4IOY Structure of the Spt16 Middle Domain Reveals Functional Features of the Histone Chaperone FACT 提交 2013-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 675–958（284 aa）片段：Middle Domain (UNP residues 675-958)	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277.15 K；0.1 M sodium/potassium phosphate, pH 6.0, 0.2 M sodium chloride, 40% PEG400, 10 mM TCEP-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.95 Å R-free 0.197
7NKY RNA Polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure 提交 2021-02-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：27-meric	链 Q 1–1035（1035 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8XGC Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map 提交 2023-12-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 L 1–1035（1035 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPT16_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–467； UniProt 1–465 作者链 B； PDB构建体 3–467； UniProt 1–465

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3bip
沉积日期 deposition_date	2007-11-30
结构标题 title	Crystal structure of yeast Spt16 N-terminal Domain
关键词 keywords	;pita-bread, aminopeptidase, chromatin, replication, FACT, Activator, Chromosomal protein, Coiled coil, DNA damage, DNA repair, DNA replication, Nucleus, Phosphoprotein, Repressor, Transcription, Transcription regulation ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.86 Å
零角强度 I(0) i0	149151000.00
分子量 molecular_weight	101240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	128200 Å³
包络体积 envelope_volume	159610 Å³
水化壳体积 shell_volume	40708 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.3 Å
壳层 Rg shell_rg	39.30 Å
包络 Rg envelope_rg	32.74 Å
形状 Rg shape_rg	32.84 Å
总 Rg total_rg	33.46 Å
总原子数 total_atoms	7150
残基数 n_residues	886
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.5 Å
Rg (实空间) rg_real	33.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	149200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9023
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	105.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.240
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.541
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.920

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FACT complex subunit SPT16
分子量 formula_weight	53414.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8034

GHMEELNIDFDVFKKRIELLYSKYNEFEGSPNSLLFVLGSSNAENPYQKTTILHNWLLSYEFPATLIALVPGKVIIITSSAKAKHLQKAIDLFKDPESKITLELWQRNNKEPELNKKLFDDVIALINSAGKTVGIPEKDSYQGKFMTEWNPVWEAAVKENEFNVIDISLGLSKVWEVKDVNEQAFLSVSSKGSDKFMDLLSNEMVRAVDEELKITNAKLSDKIENKIDDVKFLKQLSPDLSALCPPNYKFNFDLLDWTYSPIIQSGKKFDLRVSARSTNDQLYGNGCILASCGIRYNNYCSNITRTFLIDPSEEMANNYDFLLTLQKEIVTNILKPGRTPKEVYESVIEYIEKTKPELVPNFTKNIGSLIGLEFRDSNFILNVKNDYRKIQRGDCFNISFGFNNLKDSQSANNYALQLADTVQIPLDETEPPRFLTNYTKAKSQISFYFNNEEEDNNKKKSSPATKV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	721

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3bipA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Creatinase/prolidase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3bipA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Creatine Amidinohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily

结构域编号 domain_id	3bipB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Creatinase/prolidase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3bipB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Creatine Amidinohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	51.142 Å
晶胞边长 b length_b	60.141 Å
晶胞边长 c length_c	85.931 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	72.59 °
晶胞夹角 β angle_beta	77.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.88 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	38.910 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2440

fit	/app/data/saxs_computation/bi/3bip/3bip.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bi/3bip/3bip.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bi/3bip/3bip.dat

Crystal structure of yeast Spt16 N-terminal Domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FACT complex subunit SPT16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction