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3bp3

Crystal structure of EIIB

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 57.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIB component

Escherichia coli

UniProt P69786

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 396–477 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.65 Å R-free 0.241
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 396–477 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.65 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3BP3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IBA GLUCOSE PERMEASE (DOMAIN IIB), NMR, 11 STRUCTURES 提交 1996-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 391–476（86 aa） 片段：DOMAIN IIB
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1O2F COMPLEX OF ENZYME IIAGLC AND IIBGLC PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI NMR, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE 提交 2003-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 387–476（90 aa）
未记录 PO3 PHOSPHITE ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM SODIUM PHOSPHATE
分辨率未提供
3BP8 Crystal structure of Mlc/EIIB complex 提交 2007-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 401–475（75 aa） 片段：UNP residues 401-475
链 D 401–475（75 aa） 片段：UNP residues 401-475
未记录 ACT ACETATE ION × 3 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；6% PEG 6K, 0.1M MgCl2, 0.1M sodium acetate, pH5.5
分辨率 2.85 Å R-free 0.301
3BP8 Crystal structure of Mlc/EIIB complex 提交 2007-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 401–475（75 aa） 片段：UNP residues 401-475
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；6% PEG 6K, 0.1M MgCl2, 0.1M sodium acetate, pH5.5
分辨率 2.85 Å R-free 0.301
3BP8 Crystal structure of Mlc/EIIB complex 提交 2007-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 401–475（75 aa） 片段：UNP residues 401-475
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；6% PEG 6K, 0.1M MgCl2, 0.1M sodium acetate, pH5.5
分辨率 2.85 Å R-free 0.301
8QSR Cryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IICB from E. coli in the inward-facing conformation 提交 2023-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–477（477 aa）
链 B 1–477（477 aa）
未记录 BGC beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.56 Å
8QST Cryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IICB from E. coli in the inward- and outward-facing conformation 提交 2023-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–477（477 aa）
链 B 1–477（477 aa）
未记录 BGC beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
9HNP Cryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IICB from E. coli in an intermediate state 提交 2024-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–477（477 aa）
链 B 1–477（477 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.53 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTGCB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–82； UniProt 396–477 作者链 B； PDB构建体 1–82； UniProt 396–477

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3bp3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3bp3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3bp3
沉积日期 deposition_date2007-12-18
结构标题 titleCrystal structure of EIIB
关键词 keywords;transcription regulation, Inner membrane, Kinase, Membrane, Phosphoprotein, Phosphotransferase system, Sugar transport, Transferase, Transmembrane, Transport ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.27 Å
零角强度 I(0) i05654010.00
分子量 molecular_weight16590.0 kDa
排除体积 excluded_volume20461 ų
包络体积 envelope_volume23774 ų
水化壳体积 shell_volume12841 ų
包络直径 envelope_diameter57.9 Å
壳层 Rg shell_rg21.40 Å
包络 Rg envelope_rg16.56 Å
形状 Rg shape_rg16.24 Å
总 Rg total_rg17.23 Å
总原子数 total_atoms1144
残基数 n_residues158
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.6 Å
Rg (实空间) rg_real17.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real5.6540e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7850e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5654000.0000
解质量估计 total_estimate0.7959
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary19.0 Å
偏度 Skewness skewness0.347
峰度 Kurtosis kurtosis-0.408
角度范围 angular_range— – 0.4650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1568000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.793; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3bp3a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyd.95.1 — Glucose permease domain IIB
家族 Family familyd.95.1.1 — Glucose permease domain IIB
结构域编号 domain_idd3bp3b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyd.95.1 — Glucose permease domain IIB
家族 Family familyd.95.1.1 — Glucose permease domain IIB

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3bp3A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Glucose permease domain IIB
结构域编号 domain_id3bp3B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Glucose permease domain IIB
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)